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标题: 关于不同版本高斯版本计算差异问题 [打印本页]

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-17 22:09
标题: 关于不同版本高斯版本计算差异问题
本帖最后由 GHL 于 2022-10-18 09:56 编辑

采用高斯16，linux版本计算计算同一化合物的 IP值，对比实验结果与参考文献结果趋势相反（高斯03 或09）

后期对比同一化合物，相同方法基组计算，高斯09 window与高斯16计算的 Sum of electronic and zero-point Energies结果相差比较大
请问一下是什么原因，有什么办法校正吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-17 22:43
上传完整输入输出文件，否则无法回答。导致程序不同版本之间数值差异的可能因素太多了

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-18 00:26
这个是同一个结构，差别就是软件版本不同

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-18 00:30
文件太大了。无法上传，只能粘贴一部分结果了
个、G09结果为
Zero-point correction=                         0.439025 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                   0.468941
Thermal correction to Enthalpy=                0.469885
Thermal correction to Gibbs Free Energy=       0.378239
Sum of electronic and zero-point Energies=       -1679.097589
Sum of electronic and thermal Energies=          -1679.067673
Sum of electronic and thermal Enthalpies=          -1679.066729
Sum of electronic and thermal Free Energies=       -1679.158375

G16结果为
Zero-point correction=                         0.437460 (Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy=                   0.467638
Thermal correction to Enthalpy=                0.468582
Thermal correction to Gibbs Free Energy=       0.376476
Sum of electronic and zero-point Energies=       -1679.164603
Sum of electronic and thermal Energies=          -1679.134425
Sum of electronic and thermal Enthalpies=          -1679.133481
Sum of electronic and thermal Free Energies=       -1679.225587

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-18 00:31
虽然两者的值差别在小数点后面，后期乘以系数就有很大差别了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-18 00:44

GHL 发表于 2022-10-18 00:30
文件太大了。无法上传，只能粘贴一部分结果了
个、G09结果为
Zero-point correction= ...

置顶的新社员必读贴明确说了，较大的文本型必须压缩后再上传。这种问题没有完整的输出文件根本没法说

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
论坛不是QQ群，要一次性把问题交代全面，不要靠发额外的回帖代替编辑帖子

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-18 02:02

GHL 发表于 2022-10-17 17:26
这个是同一个结构，差别就是软件版本不同

这两个输入文件的初始结构不同，可能是分别收敛到了两个不同的构象。可以检查一下收敛的结构是否相同

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-18 09:41

sobereva 发表于 2022-10-18 00:44
置顶的新社员必读贴明确说了，较大的文本型必须压缩后再上传。这种问题没有完整的输出文件根本没法说

...

好的，大佬，记住了！

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-18 09:54

wzkchem5 发表于 2022-10-18 02:02
这两个输入文件的初始结构不同，可能是分别收敛到了两个不同的构象。可以检查一下收敛的结构是否相同

两个gif文件初始结构不同，结构优化后，结果完全收敛，还会产生不同构象吗？
我记得这里面要分α和β糖苷键，怎样能检查和确保构象固定？大佬，我也是首次遇到这些问题。请多指教！！

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-18 10:45
本帖最后由乐平于 2022-10-18 10:48 编辑

GHL 发表于 2022-10-18 00:26
这个是同一个结构，差别就是软件版本不同

首先，你的差别并不只是版本不同……

你的 g09.gjf 输入文件里

# opt freq b3lyp/6-31g(d) scrf=(solvent=water) em=gd3bj

复制代码

而你的 g16.gjf 输入文件里

# opt freq b3lyp/6-31+g(d) scrf=(solvent=water) em=gd3bj

复制代码

看出区别了吗？ 基组不同

其次，你的两个结构中戊碳糖的朝向也不同。
举个最简单了例子，顺式-1,3-丁二烯，反式-1,3-丁二烯，这两个分子用相同方法相同基组计算得到的能量是不同的。

再次，G16 默认用的积分格点精度是 int=ultrafine，自洽场收敛标准默认是 scf=tight，这些默认值都比 G09 的默认精度高。
而你的 G09 输入文件里关键词里并没有指定 int 和 scf 的精度。所以即使是相同的计算参数（更何况你的基组还不同……），得到的结果也会由于默认值的差异而不同。

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-18 12:40

乐平发表于 2022-10-18 10:45
首先，你的差别并不只是版本不同……

你的 g09.gjf 输入文件里

感谢大佬的详细解答，我明白了。十分感谢！！
就是有一点，怎样确保同一个结构在结构优化后的结构一致？
保证初始结构一致就可以吗？
有时候结果不收敛，我会在此基础上再做优化，不知道会不会造成结果的偏差

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-18 15:57

GHL 发表于 2022-10-18 09:54
两个gif文件初始结构不同，结构优化后，结果完全收敛，还会产生不同构象吗？
我记得这里面要分α和β糖 ...

分清楚gif和gjf

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-18 15:58

乐平发表于 2022-10-18 10:45
首先，你的差别并不只是版本不同……

你的 g09.gjf 输入文件里

自洽场收敛标准默认是 scf=tight，这些默认值都比 G09 的默认精度高。

从G09开始默认就是scf=tight，G03是scf=sleazy

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-18 16:00
注意G09和G16的差异，基础量化班的ppt

(, 下载次数 Times of downloads: 9)

也注意看此文
谈谈不同量子化学程序计算结果的差异问题
http://sobereva.com/573（http://bbs.keinsci.com/thread-20122-1-1.html）

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-18 16:02

sobereva 发表于 2022-10-18 16:00
注意G09和G16的差异，基础量化班的ppt

谢谢大佬的指点，谢谢！

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-18 16:03

GHL 发表于 2022-10-18 05:40
感谢大佬的详细解答，我明白了。十分感谢！！
就是有一点，怎样确保同一个结构在结构优化后的结构一致 ...

初始结构定性一致（不要求完全一致），且理论级别严格一致即可。
如果你的分子构象数目多到即便很相似的初始结构也会优化出不同的收敛的结构，那么需要做的是用构象搜索把所有构象找全，而不仅仅是通过严格控制计算条件来让每次都收敛到同一构象，因为每次都收敛到同一个构象并不保证结果有意义，只有收敛到最稳定构象才是有意义的，而除了把比较低能量的构象找全了然后判断哪个能量最低以外，没有办法保证收敛到最稳定构象

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-18 16:18

乐平发表于 2022-10-18 10:45
首先，你的差别并不只是版本不同……

你的 g09.gjf 输入文件里

我仔细对比了一下最终优化结构，您所说的糖苷上不同构象，两者在视觉上是完全一致的，不知道从哪些方面可以看出是顺反异构

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-18 19:50

GHL 发表于 2022-10-18 09:18
我仔细对比了一下最终优化结构，您所说的糖苷上不同构象，两者在视觉上是完全一致的，不知道从哪些方面可 ...

那就说明你这里计算差异的主要原因是基组没统一，而不是优化收敛到的构象不一致。

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-20 09:15
是的，差异很可能是基组不统一，谢谢大佬指点！谢谢！

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