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标题: oniom输出文件取能量 [打印本页]

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-5-18 10:20
标题: oniom输出文件取能量
oniom输出文件会出现好几个能量值，那取哪一个能量值是我要的？是取紧挨着第一个Normal上的能量值吗？

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-5-18 10:28
在输出数行：
ONIOM gridpoint X ......
之后的
ONIOM: extrapolated energy 是你要的能量

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-5-18 10:57
有好几个ONIOM: extrapolated energy，这个能量，是取紧挨着第一个Normal上的能量ONIOM: extrapolated energy值吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 12:32
单点任务不可能输出好几个ONIOM: extrapolated energy。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2016-5-18 17:37
这是输入及输出，老师帮忙看看问题在哪？我自己在输出文件里面是看到有好几个

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 21:09

15whyhq 发表于 2016-5-18 17:37
这是输入及输出，老师帮忙看看问题在哪？我自己在输出文件里面是看到有好几个

你这是优化任务，每步都会给出相应结构下的能量，显然会输出很多次。你要得到最终结构下的能量就取最后一次输出的

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-5-18 21:22

15whyhq 发表于 2016-5-18 10:57
有好几个ONIOM: extrapolated energy，这个能量，是取紧挨着第一个Normal上的能量ONIOM: extrapolated ener ...

“紧挨着Normal”是什么鬼，你指一下哪里有extrapolated energy“紧挨着Normal”.

你做的是opt+freq，显然应当取opt步骤中的最后一个或freq步骤中的唯一的一个。这显然与一般的、非ONIOM任务中取电子能量是一个道理。

以及你 high 中已经有74个原子了，还给氢加了极化，Br用了全电子基组。
low 才124个，还是4个显式溶剂一样的东西。
我个人觉得即使体系本来就有这么大，也完全不值得用ONIOM，何况只是溶剂化而已。

个人感觉全体都B3LYP/6-31G(d)(+LanL08(d) for Br)，或者去 ORCA 用 RI 做 BLYP-D3/def2-SVP-gCP，精度几乎一定比现在高。耗时也不见得高到哪里去。这样算不了就把外围显式溶剂去了；实在不想去掉就外围3-21G可能都比现在好.

关键词中maxcycle=1000垃圾，freq=noraman垃圾

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 23:01
同7L，这种体系用ONIOM就是瞎折腾，分明靠混合基组能很优雅地降低耗时

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-1-9 16:35
我想知道用oniom算完以后统计能垒的时候需要考虑零点能校正吗？谢谢！

作者
Author: chrischen1128 时间: 2017-1-9 17:17

15whyhq 发表于 2017-1-9 16:35
我想知道用oniom算完以后统计能垒的时候需要考虑零点能校正吗？谢谢！

你做没做频率计算。没做频率计算都没有零点能，也谈不上零点能校正了。

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-1-9 19:30

chrischen1128 发表于 2017-1-9 17:17
你做没做频率计算。没做频率计算都没有零点能，也谈不上零点能校正了。

算频率了，那统计能垒的时候需要考虑零点能校正吗？

作者
Author: therotyonth 时间: 2017-1-9 19:33
看了上面各位老师的解答，我个人理解如下：
ONIOM: gridpoint  1 method:  low system:  model energy: -0.827639587706
ONIOM: gridpoint  2 method:  high  system:  model energy: -6050.013697535274
ONIOM: gridpoint  3 method:  low system:  real  energy: -7.735972113147
ONIOM: extrapolated energy = -6056.922030060716
ONIOM: calculating electric field derivatives.
ONIOM: Integrating ONIOM file  4 number 619
我们要去的能量应该是：ONIOM: extrapolated energy = -6056.922030060716
不知道我理解正确没有？
非常各位老师的解答！

作者
Author: chrischen1128 时间: 2017-1-9 19:37

therotyonth 发表于 2017-1-9 19:33
看了上面各位老师的解答，我个人理解如下：
ONIOM: gridpoint 1 method: low system: model energy: ...

是的，就是这个数值。

作者
Author: therotyonth 时间: 2017-1-9 19:41

chrischen1128 发表于 2017-1-9 19:37
是的，就是这个数值。

谢谢哈！

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-1-9 20:30
我知道取这个值，问题是我是取完过渡态的这个值及前期络合物的这个值，然后做差得到能垒，
在这个统计能垒的过程中需要把所取的这个值都加上它们零点能吗？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-10 00:17

15whyhq 发表于 2017-1-9 16:35
我想知道用oniom算完以后统计能垒的时候需要考虑零点能校正吗？谢谢！

势垒要用deltaG，而不是deltaU(0)，即要用实际温度下过渡态的自由能与反应物的自由能求差，所以不是考虑ZPE而是要考虑吉布斯自由能热校正量

作者
Author: 15whyhq 时间: 2017-1-10 10:49

sobereva 发表于 2017-1-10 00:17
势垒要用deltaG，而不是deltaU(0)，即要用实际温度下过渡态的自由能与反应物的自由能求差，所以不是考 ...

恩明白老师说的意思，那是不是只要统计能垒就得考虑吉布斯自由能热校正量？谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2017-1-10 11:16

15whyhq 发表于 2017-1-10 10:49
恩明白老师说的意思，那是不是只要统计能垒就得考虑吉布斯自由能热校正量？谢谢！

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