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标题: 求助分子扩散系数的计算 [打印本页]

作者
Author: 果果123 时间: 2022-10-18 10:05
标题: 求助分子扩散系数的计算
在 http://sobereva.com/337 这篇帖子上看到 “有机分子在明胶中的扩散系数：J. Phys. Chem., 100, 5538 (1996) ” 问题一：这种计算扩散系数的方法计算其他分子是否可行？例如：在乙腈溶剂中 V6O7(OCH3)12 是否可行？
问题二：如何利用高斯对这个工作进行复刻，是否可以推荐一些相关的帖子？
问题三：看到大部分都是采用动力学模拟对扩散系数进行评估，对于方法的选择，是否有一些评判的标准？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-18 16:31
计算各种描述符在下文里已经演示得足够充分了，例子都给了，举一反三，哪里有不懂的具体问
使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质
http://sobereva.com/337（http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html）
明显不是光一个Gaussian能做到的事，必须结合Multiwfn才能计算那些描述符

那些基于描述符的QSPR形式的预测方法适用范畴都是有明确限定的，必须和原文里参数训练集的情况足够一致

“方法的选择”指代不明，不知道你说的什么层面的问题，力场、程序、模拟手段还是其它什么

作者
Author: 果果123 时间: 2022-10-18 16:47
感谢sob老师回帖，我说的方法是指模拟手段，以及相应的使用程序。
比如我要计算在乙腈中钒多金属氧醇簇的扩散系数和原文的训练集不是同一类型化合物，我应该采用什么样的模拟手段，使用什么软件

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-19 01:02

果果123 发表于 2022-10-18 16:47
感谢sob老师回帖，我说的方法是指模拟手段，以及相应的使用程序。
比如我要计算在乙腈中钒多金属氧醇簇 ...

用GROMACS跑动力学模拟，基于根均方位移曲线根据爱因斯坦关系可得扩散系数。北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）里专门讲了怎么以这种方式算扩散系数，模拟涉及到的乙腈和钒多金属氧醇簇部分的拓扑文件都可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）构建。

作者
Author: 果果123 时间: 2022-10-19 09:14
好滴感谢sob老师回帖我这就去学习万分感谢

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