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标题: 十八胺分子与氧化锆（111）面的吸附能计算问题 [打印本页]

作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-18 11:37
标题: 十八胺分子与氧化锆（111）面的吸附能计算问题
各位前辈，我想模拟计算一下十八胺分子与氧化锆（111）面的吸附能，我在Dmol3里建了8x8的超胞，把十八胺分子放在里面，结果是失败的，是因为十八胺分子太大所以失败呢还是其他原因，大家有没有好的建议，谢谢了

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 12:34
看具体因什么失败，并且把模型截图放上来

作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-18 19:29
本帖最后由 wufangfang 于 2016-5-18 20:14 编辑

Message: DMol3 job failed
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作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-18 19:31
稍等一下，我截图发不上去

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-18 19:45

wufangfang 发表于 2016-5-18 19:31
稍等一下，我截图发不上去

仅仅十八胺分子就有几十个原子，再考虑表面原子的话，弛豫的原子会很多。估计算起来比较费劲。我看到有一种做法，计算的时候，固定分子和表面的所有原子。通过调节两者之间的距离，然后对计算结果作图，极小值的时候就认为是最佳的吸附位置。理解比较浅，仅供参考。

作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-18 19:52
嗯嗯，谢谢您。有人推荐我用Forcite ,我还看到有人用Amorphous Cell建立大分子模型，然后计算，不知道这样可不可以。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 20:58

wufangfang 发表于 2016-5-18 19:52
嗯嗯，谢谢您。有人推荐我用Forcite ,我还看到有人用Amorphous Cell建立大分子模型，然后计算，不知道这样 ...

forcite是基于分子力场的，和当前在DFT级别不在一个档次。
Amorphous Cell跟当前这个也没什么关系。
报错是因为几何优化不收敛。你的盒子Z方向太小，会和上方镜像发生明显的相互作用，应当扩大盒子尺寸，在上方留出更多的真空层。或者索性不做PBC计算，直接截取三四层氧化锆团簇+吸附分子当孤立体系处理。

作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-19 09:45
我就想当孤立体系处理，只是计算一下晶面对单个分子的吸附，真空层建立的是18，我记得真空层好像不可以超过20。
所以我现在切了三层的（111）晶面，建立了一个8x8的超胞，把十八胺分子倾斜放在晶面上，不知道这个模型怎么样

作者
Author: liu_tiao 时间: 2016-5-19 10:34

wufangfang 发表于 2016-5-19 09:45
我就想当孤立体系处理，只是计算一下晶面对单个分子的吸附，真空层建立的是18，我记得真空层好像不可以超 ...

你这个分子这么大，真空层18可能不太够啊。至于真空层能不能超过20，你得去确认一下，按理说应该是可以超过20的。吸附构型，是竖直的还是平躺的，也多看看文献吧。

作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-19 15:19
嗯嗯，谢谢您。

作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-19 15:54
如果我在建立的4x4的超胞中得出了甲胺分子竖直放置得到的能量低于水平放置的，那么该结论可以直接应用到8x8的超胞中对十八胺分子的吸附吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-19 16:16
真空层大小是相对于你当前模型下，被吸附分子顶端与盒子顶端的距离差，不是吸附表面原子与盒子顶端距离差。因此水平和竖直吸附方式，吸附表面上方真空区域大小是不同的。
另外，即便图中8*8的超胞，看上去把分子放水平了也不够大，被吸附分子会与其X,Y镜像相互作用。

作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-19 16:59
我计算了4x4的超胞中甲胺分子竖直放置和水平放置两种情况，结果优化后的分子与吸附表面都成差不多60度的倾角，所以我这次建立了8x8的超胞，它的a b长度大约30A左右，真空层18A，而优化后的十八胺分子长度大约为24A，我将十八胺分子倾斜放在8x8的超胞中，不知道这个模型怎么样？求前辈们指点

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-19 22:25

wufangfang 发表于 2016-5-19 09:45
我就想当孤立体系处理，只是计算一下晶面对单个分子的吸附，真空层建立的是18，我记得真空层好像不可以超 ...

真空层怎么不能超过20，真空层不能低于20还差不多，原则上说，如果你只是做吸附，真空层至少要大于分子直立长度额外再加上两倍的截断半径才合理。

表面构建的超胞大小反而有减小的空间，如果你是要做孤立分子的吸附能，大致能够保证分子间相互作用忽略不计即可；如果考虑分子间内聚，你还得考虑不同覆盖度的影响；表面的层高太薄了，目测你可能固定了整个表面，但这并不合理。

作者
Author: 卡开发发 时间: 2016-5-19 22:37

liu_tiao 发表于 2016-5-18 19:45
仅仅十八胺分子就有几十个原子，再考虑表面原子的话，弛豫的原子会很多。估计算起来比较费劲。我 ...

可以把碳链先截短一点做，计算成功之后再一个个或两个两个往上增加碳链，这样也许比直接计算成功率高得多。不过烷基链的构型其实很多，温度效应考虑进来的话仅仅进行如此优化可能是不妥的。

表面最好还是不要固定，我遇到过固定表面预测得到的构型和不固定的构型完全不同的情况。

作者
Author: wufangfang 时间: 2016-5-21 09:03
这是我以前建立的，计算失败，所以我这次切了三层，只固定组最底下的那一层。

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