计算化学公社

标题: 请问M06-L泛函包含色散矫正吗 [打印本页]

作者
Author: Tinker 时间: 2016-5-18 13:34
标题: 请问M06-L泛函包含色散矫正吗
请问一下M06-L包含色散矫正吗，我查到的文献都说包括，但遇到一个审稿人说M06-L不包含色散矫正。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 21:00
M06-L这类明尼苏达泛函并不包含色散校正，但是能近似合理地表现色散作用（M06-L表现色散作用差点，M06-2X表现色散作用较好）
是否能描述色散作用，跟是否包含色散校正不是一码事。

作者
Author: Tinker 时间: 2016-5-21 22:44

sobereva 发表于 2016-5-18 21:00
M06-L这类明尼苏达泛函并不包含色散校正，但是能近似合理地表现色散作用（M06-L表现色散作用差点，M06-2X表 ...

好的，谢谢sob老师

作者
Author: 风玲儿 时间: 2017-7-15 17:35

sobereva 发表于 2016-5-18 21:00
M06-L这类明尼苏达泛函并不包含色散校正，但是能近似合理地表现色散作用（M06-L表现色散作用差点，M06-2X表 ...

老师，您好，借楼主问一下，M06-L和M06以及B3LYP相比，用相同的基组计算时，哪种泛函计算速度会快呢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-15 17:52

风玲儿发表于 2017-7-15 17:35
老师，您好，借楼主问一下，M06-L和M06以及B3LYP相比，用相同的基组计算时，哪种泛函计算速度会快呢

具体得看程序，高斯的话，B3LYP会快一点，因为其泛函形式更简单一些，拿你的体系实测一下就知道

作者
Author: 风玲儿 时间: 2017-7-15 18:54

sobereva 发表于 2017-7-15 17:52
具体得看程序，高斯的话，B3LYP会快一点，因为其泛函形式更简单一些，拿你的体系实测一下就知道

谢谢老师，M06-L是不是比M06较快一些，相对B3LYP会慢很多呢

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-16 00:18

风玲儿发表于 2017-7-15 18:54
谢谢老师，M06-L是不是比M06较快一些，相对B3LYP会慢很多呢

一测就知道

作者
Author: agent99 时间: 2017-7-16 06:55
应该说，没有显式地包含专门的色散项，但是在M06系列拟合参数的过程中，训练集里有一些色散作用主导的体系，所以M06某种程度上包含了色散作用

作者
Author: Jasminer 时间: 2017-7-16 10:02
本帖最后由 Jasminer 于 2017-7-16 10:19 编辑

风玲儿发表于 2017-7-15 18:54
谢谢老师，M06-L是不是比M06较快一些，相对B3LYP会慢很多呢

M06L是纯泛函，比B3LYP应该还快些吧，还可以用密度拟合，M06肯定就慢了。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-7-16 14:20

Jasminer 发表于 2017-7-16 10:02
M06L是纯泛函，比B3LYP应该还快些吧，还可以用密度拟合，M06肯定就慢了。

看程序，比如Gaussian，对于纯泛函，虽然不利用HF交换项，但是也照样去计算，所以速度不会比杂化泛函快（比如B3LYP和BLYP速度没差别），再加上明尼苏达泛函形式比较复杂而且依赖于电子动能密度，所以总耗时M06L比B3LYP还高。但是用ORCA的话纯泛函就比杂化泛函快多了

作者
Author: qyyos 时间: 2018-5-24 18:25

sobereva 发表于 2016-5-18 21:00
M06-L这类明尼苏达泛函并不包含色散校正，但是能近似合理地表现色散作用（M06-L表现色散作用差点，M06-2X表 ...

Sob老师好，我用m062x算弱相互作用，但是审稿人说我这不包括色散校正，让改用MP2。我想问下M06-2x计算弱相互作用跟MP2相比，可信度用百分比衡量的话大概有多高？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-25 01:31

qyyos 发表于 2018-5-24 18:25
Sob老师好，我用m062x算弱相互作用，但是审稿人说我这不包括色散校正，让改用MP2。我想问下M06-2x计算弱 ...

审稿人100%外行，几乎没看过近10年的弱相互作用计算文章
M06-2X已经可以很好地描述色散作用，MP2描述色散作用众所周知定量糟糕（虽然定性正确），明显不及M06-2X

作者
Author: qyyos 时间: 2018-5-25 11:00

sobereva 发表于 2018-5-25 01:31
审稿人100%外行，几乎没看过近10年的弱相互作用计算文章
M06-2X已经可以很好地描述色散作用，MP2描述 ...

谢谢Sob老师！那我应该怎么说服这个审稿人呢，有没有这方面文献？我看过您关于色散校正的几个帖子，其中说到“至于从2006年开始提出的双杂化泛函，由于里面已经包含了MP2成份，而MP2本身就已经能够定性正确描述色散作用，因此双杂化泛函对各类弱相互作用都有比较好的描述能力，哪怕其中有的不及M06-2X，但也总比较老一代的泛函要强得多得多。”这个有没有可以引用的文献？
另外，M062X跟CCSD(T)相比，计算弱相互作用的差距有多大呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2018-5-25 11:58

qyyos 发表于 2018-5-25 11:00
谢谢Sob老师！那我应该怎么说服这个审稿人呢，有没有这方面文献？我看过您关于色散校正的几个帖子，其中 ...

M062X跟CCSD(T)差距不是一星半点，是合理与完美的差距

看这些
(, 下载次数 Times of downloads: 61)

作者
Author: qyyos 时间: 2018-5-25 12:33

sobereva 发表于 2018-5-25 11:58
M062X跟CCSD(T)差距不是一星半点，是合理与完美的差距

看这些

get! 谢谢Sob老师！

作者
Author: liustone 时间: 2021-9-9 14:24
借楼问一下老师：M06-2X已经包括了良好的色散描述作用，请问如果优化计算弱相互作用时单纯使用MO6-2X，以及加上色散矫正gd3后的计算结果相比会有多大差距呢？相比较下哪种方式个更可信呢？

作者
Author: wudihua 时间: 2021-9-10 09:57

liustone 发表于 2021-9-9 14:24
借楼问一下老师：M06-2X已经包括了良好的色散描述作用，请问如果优化计算弱相互作用时单纯使用MO6-2X，以及 ...

最近发表的一篇相关的论文,可供参考一下.
J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 7, 3967–3973

简单说的结论就是M06-L, M06-2X不适合加D3.
如果有审稿人问到M06-L和M06-2X加D3的问题,可以引用这篇文章.

作者
Author: RAL 时间: 2021-9-10 10:09

wudihua 发表于 2021-9-10 09:57
最近发表的一篇相关的论文,可供参考一下.
J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 7, 3967–3973

但这篇文章里面似乎也没泛函什么事儿啊

作者
Author: wudihua 时间: 2021-9-10 10:18

RAL 发表于 2021-9-10 10:09
但这篇文章里面似乎也没泛函什么事儿啊

文章里有比较M06-L和M06-2X 加D3和不加D3对结果的影响.

作者
Author: RAL 时间: 2021-9-10 10:39
本帖最后由 RAL 于 2021-9-10 10:43 编辑

wudihua 发表于 2021-9-10 10:18
文章里有比较M06-L和M06-2X 加D3和不加D3对结果的影响.我复制粘贴引用居然搜到的是另一篇文献

我复制粘贴引用居然搜到了另一篇文献

作者
Author: yflchx 时间: 2021-9-10 11:24

wudihua 发表于 2021-9-10 09:57
最近发表的一篇相关的论文,可供参考一下.
J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 7, 3967–3973

M系列的泛函在参数拟合的时候考虑了非共价相互作用。我的理解是通过参数化让排斥小了一点，所以就表现出了吸引。

在这种情况下加D3、D4是属于引入复杂，效果不会好。

作者
Author: wudihua 时间: 2021-9-10 11:56

yflchx 发表于 2021-9-10 11:24
M系列的泛函在参数拟合的时候考虑了非共价相互作用。我的理解是通过参数化让排斥小了一点，所以就表现出 ...

meta-GGA可以处理部分色散作用,所以能够对非共价体系给出比较好的结果也很正常.

作者
Author: niobium 时间: 2021-9-10 15:41

RAL 发表于 2021-9-10 10:39
我复制粘贴引用居然搜到了另一篇文献

因为一般不写期号，19楼写了期号

作者
Author: liustone 时间: 2021-9-10 19:18

wudihua 发表于 2021-9-10 09:57
最近发表的一篇相关的论文,可供参考一下.
J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 7, 3967–3973

好的，谢谢版主

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-11 04:39

wudihua 发表于 2021-9-10 11:56
meta-GGA可以处理部分色散作用,所以能够对非共价体系给出比较好的结果也很正常.

“meta-GGA可以处理部分色散作用”这么表述不太准确
必须看具体的泛函，诸如TPSS虽然也是meta-GGA，但描述色散作用是非常烂的。下文有个TPSS优化DNA片段的例子，可见多么糟糕
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557（http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html）
26L里的图也体现出TPSS连个极小点都没有，这甚至还不如GGA级别的PBE，起码还勉强有个极小点

但可以说如果专门在设计、参数化泛函的时候考虑对弱相互作用的描述的话，meta-GGA比GGA或许有可能能做到更好、潜力更大，毕竟其自由度更大、引入的信息更多。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-11 04:43

liustone 发表于 2021-9-9 14:24
借楼问一下老师：M06-2X已经包括了良好的色散描述作用，请问如果优化计算弱相互作用时单纯使用MO6-2X，以及 ...

加不加D3对M06-2X优化弱相互作用体系的结果不会有什么差别，对于大多数常研究的体系大小范畴，计算相互作用能也不会有多大差别。但计算大面积pi-pi作用我建议加D3

出自GMTKN55文章
(, 下载次数 Times of downloads: 54)

(, 下载次数 Times of downloads: 40)

相关内容我在此文也说过了
谈谈“计算时是否需要加DFT-D3色散校正？”
http://sobereva.com/413（http://bbs.keinsci.com/thread-9772-1-1.html）

另外关于前面有人提到的JCTC文章，我之前粗略看过，个人认为，对于严格讨论D3的影响，如果用相对小一些的体系，使得带弥散函数的情况（或者QZ级别的基组）也能算得动，再进行对比更接近于一般研究者的实际研究场景。而且作为参考标准的DLPNO-CCSD(T)如果基组不上到QZ的话（或只用不带弥散的cc-pVTZ），难免可能由于误差巧合抵消原因不能如实反应廉价方法本身的精度差异，更何况后HF对基组的档次要求比普通泛函明显高一个档。另外测试时最好能加入目前已知算弱相互作用最好的非双杂化泛函wB97M-V。

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-11 04:58

liustone 发表于 2021-9-10 19:18
好的，谢谢版主

我是量化版的版主

(, 下载次数 Times of downloads: 37)

作者
Author: liustone 时间: 2021-9-12 10:17

sobereva 发表于 2021-9-11 04:58
我是量化版的版主

谢谢版主老师，我学到了很多，你前面提到的帖子我都收藏并认真阅读过了
借楼请教一个问题：就是我前面提到的溶剂-甲硫醇体系结构优化+振动分析，整个体系并不复杂，20-30个原子的体系，按照这两天的学习，我运行的命令是#p opt=calcall freq m062x/6-311+g(d) em=gd3 int=ultrafine，在进行计算时我分别尝试甲硫醇巯基对着溶剂的N O S原子构建分子体系，可是总遇到这个错误导致计算停止：
Cartesian Forces:  Max    0.000212907 RMS    0.000042805
Linear angle in Bend.
Error termination via Lnk1e in /gdata/lun7/software/G09E01/g09/l716.exe at Sun Sep 12 04:41:26 2021.
Job cpu time:    9 days  1 hours 17 minutes 39.9 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF= 304 Int=    0 D2E=    0 Chk=    7 Scr=    2
我尝试过使用opt=cartesian指令运行，计算时间会变得很长，而且有的体系还是会报出这个错误，请问该怎么办？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-12 16:17

liustone 发表于 2021-9-12 03:17
谢谢版主老师，我学到了很多，你前面提到的帖子我都收藏并认真阅读过了
借楼请教一个问题：就是我前面提 ...

以优化的最后一个结构为初始结构，继续优化即可。
这个问题是所有在内坐标下优化的算法的共性，就是如果初始结构里有一个键角不是180度，但优化过程中变成了180度，就会报错，因为会导致除以0等问题。因为程序无法预知哪个键角会在优化过程中变成180度，所以无法提前避免这个问题，只能是你发现这个报错以后手动继续优化

作者
Author: liustone 时间: 2021-9-12 22:04

wzkchem5 发表于 2021-9-12 16:17
以优化的最后一个结构为初始结构，继续优化即可。
这个问题是所有在内坐标下优化的算法的共性，就是如果 ...

好嘞，我以最后的文件保存为新文件继续优化，优化命令需要更换嘛？是不是最从opt=calcall换成cartesian啊？

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-13 00:03

liustone 发表于 2021-9-12 22:04
好嘞，我以最后的文件保存为新文件继续优化，优化命令需要更换嘛？是不是最从opt=calcall换成cartesian啊 ...

不用=cartesian

如果实测还不行的话再改成=cartesian

作者
Author: sobereva 时间: 2021-9-13 00:04

liustone 发表于 2021-9-12 10:17
谢谢版主老师，我学到了很多，你前面提到的帖子我都收藏并认真阅读过了
借楼请教一个问题：就是我前面提 ...

提问和主贴无关的问题时绝对不要借楼问，这会严重破坏论坛讨论秩序

有简单问题直接发到量子化学版置顶的简单量化问题答疑专帖里

作者
Author: wzkchem5 时间: 2021-9-13 01:57

liustone 发表于 2021-9-12 15:04
好嘞，我以最后的文件保存为新文件继续优化，优化命令需要更换嘛？是不是最从opt=calcall换成cartesian啊 ...

不需要变，如果一个键角在初始结构时就特别接近180度，那么程序会自动做适当的处理，一般不影响收敛。只有那些初始键角不接近180度，但是在优化过程中变得接近180度的键角，会导致程序报错

作者
Author: ra2123456 时间: 2024-11-7 16:06

wudihua 发表于 2021-9-10 09:57
最近发表的一篇相关的论文,可供参考一下.
J. Chem. Theory Comput. 2021, 17, 7, 3967–3973

太棒了，感谢您，我已经预感到审稿人可能会问这个，有备无患

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)