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标题: ORCA metadynamic后处理自由能求助 [打印本页]

作者
Author: yuyangzap 时间: 2022-10-18 13:59
标题: ORCA metadynamic后处理自由能求助
大家好，我做了一个2d的metadynamics，动力学模拟可以顺利完成，但是我发现模拟到850fs,1000fs和1200fs对应的势能面能量有很大区别。看过渡态区域，850fs能量大概在100kj/mol左右 (, 下载次数 Times of downloads: 1)

而1000fs能量减小到60kj/mol左右，
(, 下载次数 Times of downloads: 3)
1200fs能量进一步变小到只有40kj/mol。
(, 下载次数 Times of downloads: 4)
如果是这样的话，那我怎么判断哪个能量是准确的，既然模拟时间会影响势能面的能量，怎么判断metadynamics是否应该结束？

作者
Author: chands 时间: 2022-10-18 14:41
看模拟过程是否采样到所有你感兴趣的区域。通常模拟时间越长（前提是采样越充分，不能只在某个小区域来回转），数据越可靠，并且模拟时间足够长之后自由能面对模拟时间不敏感。

作者
Author: yuyangzap 时间: 2022-10-18 14:44

chands 发表于 2022-10-18 14:41
看模拟过程是否采样到所有你感兴趣的区域。通常模拟时间越长（前提是采样越充分，不能只在某个小区域来回转 ...

采样充分，这个意思是说分子要在反应物和产物之间来回穿梭么？比如我这个反应500fs已经从反应物变成产物了，500fs之后一直到1200fs一直都是在产物那一侧做的动力学，这样应该怎么判断呢？谢谢大佬。

作者
Author: Daniel_Arndt 时间: 2022-10-19 08:09

yuyangzap 发表于 2022-10-18 14:44
采样充分，这个意思是说分子要在反应物和产物之间来回穿梭么？比如我这个反应500fs已经从反应物变成产物 ...

你可能得看看1200 fs后能不能从产物变成反应物吧。具体可以看看 https://doi.org/10.1021/jp045571i 里面的Figure 3。

作者
Author: yuyangzap 时间: 2022-10-19 09:36

Daniel_Arndt 发表于 2022-10-19 08:09
你可能得看看1200 fs后能不能从产物变成反应物吧。具体可以看看 https://doi.org/10.1021/jp045571i 里面 ...

变不回去了，算到1500fs还是产物，我看看这个文章，谢谢

作者
Author: chands 时间: 2022-10-19 19:49

yuyangzap 发表于 2022-10-18 14:44
采样充分，这个意思是说分子要在反应物和产物之间来回穿梭么？比如我这个反应500fs已经从反应物变成产物 ...

我的理解，是，分子要在反应物和产物之间来回穿梭，这说明自由能面的坑填满了。如果你的MTD一直在产物那边，估计是你的反向自由能垒比较大，MTD正努力填坑。这里有一篇综述，最后的例子值得一看。
Laio & Gervasio 2008 Metadynamics: a method to simulate rare events and reconstruct the free energy in biophysics, chemistry and material science.

作者
Author: yuyangzap 时间: 2022-10-20 11:56

chands 发表于 2022-10-19 19:49
我的理解，是，分子要在反应物和产物之间来回穿梭，这说明自由能面的坑填满了。如果你的MTD一直在产物那 ...

好的，谢谢

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