计算化学公社

标题: 求助较大体系怎么在cp2k跑的AIMD轨迹中找极小点 [打印本页]

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作者
Author: xuxc    时间: 2022-10-18 17:57
标题: 求助较大体系怎么在cp2k跑的AIMD轨迹中找极小点
老师们好，请教一个问题，我用cp2k的AIMD对体系在298K跑了10ps左右，现在我想在10ps轨迹中找几个结构的极小点，想到的方法有两种：

1、对体系进行周期性退火，如每1ps让体系从298K升到398K后再回到298K，这样在10ps内可以产生10个结构，再按能量排序。

2、直接让体系在398K下跑10ps，每1ps做一次退火，得到10个结构。

请问下这两种方法可行吗，可行的话哪种方法更好一些呢？

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作者
Author: sobereva    时间: 2022-10-18 19:42
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “较大体系用cp2k跑AIMD产生结构极小点” 改了，以后务必注意

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作者
Author: sobereva    时间: 2022-10-18 23:21
虽然周期性退火是好方法，而且很常用，但1 ps一个周期时间太短，变温都来不及

无论是1还是2，都没法得到极小点结构，只能得到优化极小点的初猜结构，一般也不能保证各个结构优化完了一定有一个能对应最小点。参看下文的讨论

使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html（http://sobereva.com/532）

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