计算化学公社

标题: 在作gmx do_dssp命令时老是出现错误提示怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: WWWYYYQQQ 时间: 2022-10-18 19:50
标题: 在作gmx do_dssp命令时老是出现错误提示怎么解决？
想利用gmx do_dssp命令分析二级结构随时间变化情况，我是在Ubuntu中利用conda install -c ostrokach dssp命令来安装dssp,显示也已经安装完成，但是在使用gmx do_dssp时出现错误提示：DSSP executable (usr/local/bin/dssp) does not exist (use setenv DSSP),这种情况怎么处理？

作者
Author: Frozen-Penguin 时间: 2022-10-18 22:19
本帖最后由 Frozen-Penguin 于 2022-10-18 22:49 编辑

设置环境变量DSSP
假设dssp可执行文件的目录是/path/to/dssp
就先设置 export DSSP=/path/to/dssp
然后再运行

作者
Author: WWWYYYQQQ 时间: 2022-10-19 11:31

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-18 22:19
设置环境变量DSSP
假设dssp可执行文件的目录是/path/to/dssp
就先设置 export DSSP=/path/to/dssp

我在.bashrc中最后一行添加了export DSSP=/usr/local/bin/dssp ，可是还会出现错误提示，这个是我添加的地方不对，还是说得根据它给的这个提示（use setenv DSSP）来设置啊？

作者
Author: WWWYYYQQQ 时间: 2022-10-19 11:42
我知道问题在哪里了，非常感谢您的回复，谢谢！

作者
Author: WWWMMMY9191 时间: 2023-1-16 15:30

WWWYYYQQQ 发表于 2022-10-19 11:42
我知道问题在哪里了，非常感谢您的回复，谢谢！

您好！麻烦请问您一下，我在使用gmx do_dssp的时候也出现了和您一样的问题，一直没有解决。我看您说知道问题在哪里了？想请教一下您是怎么解决的，谢谢！

作者
Author: ys_song 时间: 2023-12-16 09:42

WWWMMMY9191 发表于 2023-1-16 15:30
**** 作者被禁止或删除内容自动屏蔽 ****

再读下“Frozen-Penguin”的回答：
假设dssp可执行文件的目录是/path/to/dssp
就先设置 export DSSP=/path/to/dssp

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)