计算化学公社

标题: 有没有办法把gaussian几何优化中每一步的结构都提取出来？ [打印本页]

作者
Author: rugals 时间: 2022-10-18 20:46
标题: 有没有办法把gaussian几何优化中每一步的结构都提取出来？
如题，将高斯几何优化中每一步的结构单独保存成一个pdb文件，是否有程序能够实现该功能？

作者
Author: RAL 时间: 2022-10-18 21:27
ASE大法好

作者
Author: rugals 时间: 2022-10-18 21:50

RAL 发表于 2022-10-18 21:27
ASE大法好

谢谢老师，搜了下ASE，感觉这玩意功能好多，我研究一下

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-18 23:16
GaussView 6直接就能实现，完全不需要借助其它程序

载入优化过程所有帧，然后save的界面点击advanced按钮，然后改成下图这样

(, 下载次数 Times of downloads: 5)

作者
Author: rugals 时间: 2022-10-19 09:26

sobereva 发表于 2022-10-18 23:16
GaussView 6直接就能实现，完全不需要借助其它程序

载入优化过程所有帧，然后save的界面点击advanced按 ...

谢谢sob老师！

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-19 11:29

sobereva 发表于 2022-10-18 23:16
GaussView 6直接就能实现，完全不需要借助其它程序

载入优化过程所有帧，然后save的界面点击advanced按 ...

Sob 老师忘记说最关键的一步：给文件名增加序号。没有这一步无法保存（会报错 “File paths must be unique when saving separated files.”）

需要在保存之前点击 Actions ——> All Items ——> Include molecule numbers (e.g. test.gjf -> test_3.gjf) in file names，让 GaussView 自动给文件名编号。

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

然后才能保存
(, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: rugals 时间: 2022-10-19 21:30

乐平发表于 2022-10-19 11:29
Sob 老师忘记说最关键的一步：给文件名增加序号。没有这一步无法保存（会报错 “File paths must be uniq ...

谢谢老师指点！

作者
Author: lts！ 时间: 2025-9-5 17:26

乐平发表于 2022-10-19 11:29
Sob 老师忘记说最关键的一步：给文件名增加序号。没有这一步无法保存（会报错 “File paths must be uniq ...

老师还是不行，这个single file for all molecules还是会出错

作者
Author: 乐平 时间: 2025-9-6 17:43

lts！发表于 2025-9-5 17:26
老师还是不行，这个single file for all molecules还是会出错

你把你的操作步骤详细描述，然后每一步截图看看

作者
Author: lts！ 时间: 2025-9-7 13:30
本帖最后由 lts！于 2025-9-7 13:32 编辑

乐平发表于 2025-9-6 17:43
你把你的操作步骤详细描述，然后每一步截图看看

(, 下载次数 Times of downloads: 0)
如果选择single file for all molecules，那么无法进行编号，按如图所示设置参数保存时会报错

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: 乐平 时间: 2025-9-7 21:45
本帖最后由乐平于 2025-9-7 21:57 编辑

lts！发表于 2025-9-7 13:30
如果选择single file for all molecules，那么无法进行编号，按如图所示设置参数保存时会报错

哎……
请仔细看看我在 6楼的帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 222090&fromuid=1532

明显底部的选项是 Yes, separate file for each molecule
你为什么选 single file for all molecules 呢？一个文件还编什么号呢？一个文件就是它本身呀

另外，你再仔细看看整个帖子的大标题，是 “将 Gaussian 几何优化过程中的每一步的结构提取出来”。
你只选 single file for all molecules 还提取个什么呢？ Gaussian 几何优化的 .out 文件本身就是一个文件里包含多个结构的呀。

作者
Author: lts！ 时间: 2025-9-8 19:27

乐平发表于 2025-9-7 21:45
哎……
请仔细看看我在 6楼的帖子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 222090&fromuid=1532

不好意思老师，我确实是想用他这个single file for all molecules的功能，希望得到PDB格式，但是发现好像确实行不通

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