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标题: Linux下高斯配置 [打印本页]

作者
Author: whtu 时间: 2016-5-18 20:32
标题: Linux下高斯配置
我将高斯解压在:/opt/gaussian中，在普通用户feng下建立文件夹temp，普通用户feng中的.bashrc文件内容如下：

# .bashrc

# Source global definitions
if [ -f /etc/bashrc ]; then
      . /etc/bashrc
fi

# User specific aliases and functions
export GAUSS_SCRDIR=/home/feng/temp
export g09root=/opt/gaussian
. $g09root/g09/bad/g09.profile
export PATH=~/bin:/opt/gaussian/g09/:/usr/local/maui/bin:$PATH

提交脚本文件g09.sh的内容如下：
#! /bin/sh -x
#PBS -N test
#PBS -l nodes=1:ppn=24
#PBS -q hpc001
#PBS -j oe

### Modify the Gaussian gjf file name here! ###

GJF="test.gjf"

####################

export GAUSS_SCRDIR=/home/feng/temp
export g09root=/opt/gaussian

. $g09root/g09/bsd/g09.profile

cd $PBS_O_WORKDIR

JOBNAME=`basename "$GJF" .gjf`
$g09root/g09/g09 < $GJF > "$JOBNAME.log"

用qsub g09.sh提交后，执行qstat命令一直显示：
Job ID                   Name          User          Time Use S Queue
------------------------- ---------------- --------------- -------- - -----
1478.ILC                test          feng                0 Q hpc001

请问这是什么原因？该怎么解决呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-18 21:02
$g09root/g09/bad/g09.profile里的bad应为bsd

作者
Author: whtu 时间: 2016-5-18 21:44

sobereva 发表于 2016-5-18 21:02
$g09root/g09/bad/g09.profile里的bad应为bsd

改了还是不行

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2016-5-18 22:19

whtu 发表于 2016-5-18 21:44
改了还是不行

先尝试不用队列提交一个任务看它说什么

作者
Author: whtu 时间: 2016-5-19 09:43

liyuanhe211 发表于 2016-5-18 22:19
先尝试不用队列提交一个任务看它说什么

用：nohup g09 test.gjf & 提交能正常计算结束

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