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标题: 求助：gmx_mmpbsa计算出现APBS NOT available [打印本页]
作者
Author: angelhunte    时间: 2022-10-19 16:38
标题: 求助：gmx_mmpbsa计算出现APBS NOT available
在 Linux下，按照教程安装下载了APBS-3.0.0.linux.zip
解压后在 .bashrc 中设置环境变量：
export LD_LIBRARY_PATH=/home/hello/APBS-3.0.0.linux/apbs/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
export PATH=/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin:${PATH}
然后source一下
下载gmx_mmpbsa的bash文件（gmx_mmpbsa.bsh）
修改
apbs='/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin/apbs'                                # APBS(Linux)
PATH=$PATH:/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin
LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/hello/APBS-3.0.0.linux/lib
运行后出现
APBS NOT available !


  3. gmx='gmx'                                                                # /path/to/GMX/bin/gmx_mpi
  4. dump="$gmx dump"                                                # gmx dump
  5. trjconv="$gmx trjconv -dt 1000"                        # gmx trjconv, use -b -e -dt, NOT -skip
  6. apbs='/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin/apbs'                                # APBS(Linux)
  7. PATH=$PATH:/home/hello/APBS-3.0.0.linux/bin
  8. LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/home/hello/APBS-3.0.0.linux/lib[/color][/b]
  9. export MCSH_HOME=/dev/null                                # APBS io.mc

复制代码
作者
Author: angelhunte    时间: 2022-10-19 16:43
本帖最后由 angelhunte 于 2022-10-20 13:52 编辑

求大神解惑，是不是环境变量设置的不对啊
作者
Author: Nancylee0416    时间: 2022-10-23 00:17
一样的情况 同问大佬！
作者
Author: ZHIMING123    时间: 2022-11-21 21:07
你好 李老师的bsh文件 能发下吗  我下载不了啊
作者
Author: tongyu    时间: 2022-11-28 19:40
(, 下载次数 Times of downloads: 29) 你可以看看，我之前出现了一样的问题，这是我改了之后的文件参数情况。现在已经解决了。
作者
Author: tongyu    时间: 2022-11-28 19:42
(, 下载次数 Times of downloads: 21) 你可以试试删除这些信息，以及后面的windows



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