计算化学公社

标题: 求助如何把分子沿一定方向复制 [打印本页]

作者
Author: 1015866003 时间: 2022-10-19 21:51
标题: 求助如何把分子沿一定方向复制
想构建一个多层石墨烯纳米孔隙结构，把已经构建好的单层结构沿xyz方向复制一定数量，不知到用vmd、Gview6哪个更好？如何操作？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-19 22:15
GaussView不支持xyz格式

VMD里按以下方法可以实现。但使用之前必须先定义盒子信息，比如文本窗口运行pbc set { 22.55 22.55 6.8 90.0 90.0 120.0 }，花括号里分别是a、b、c边长和alpha、beta、gamma夹角。运行完了用pbc box命令把盒子显示出来进行检查。

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如果你有了gro或含有盒子信息的pdb文件，用GROMACS里的gmx genconf或者下文介绍的Multiwfn构造超胞功能也可以
Multiwfn中非常实用的几何操作和坐标变换功能介绍
http://sobereva.com/610（http://bbs.keinsci.com/thread-24674-1-1.html）

作者
Author: 1015866003 时间: 2022-10-20 16:30
使用topotools方法已成功建好模型，感谢sob'老师解答，后续会再尝试用multiwfn的构造超胞功能

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