计算化学公社

标题: sobtop软件元素数据分组求助 [打印本页]

作者
Author: 小雷森 时间: 2022-10-20 11:27
标题: sobtop软件元素数据分组求助
Sob老师，我在用Sobtop软件生成Gromacs的输入文件，想用gromacs里的freeze功能，但是无法区分不同的数据组，因为sobtop软件生成的元素默认为1MOL组。所以想请问一下社长，sobtop软件里哪个参数是调节数据分组的？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-20 15:18
我不知道你想做什么，到底想冻结什么部分，完全看不懂你的意图。冻结要在mdp里指定组，组通过索引文件定义组包含的对象，跟sobtop没什么直接关系

作者
Author: 小雷森 时间: 2022-10-20 19:27

sobereva 发表于 2022-10-20 15:18
我不知道你想做什么，到底想冻结什么部分，完全看不懂你的意图。冻结要在mdp里指定组，组通过索引文件定义 ...

社长，我的意思是不会用sobtop定义组的名称。每次生成的组类型只要1MOL一种。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-20 23:46

小雷森发表于 2022-10-20 19:27
社长，我的意思是不会用sobtop定义组的名称。每次生成的组类型只要1MOL一种。

定义组跟sobtop毫无直接联系，不要把无关事物联系在一起

自己手写索引文件，或者借用make_ndx等方式帮助创建

说不定你都没有正确理解sobtop是干什么的
不要以为sobtop是直接拿来创建多分子复合物的工具，FAQ里都写明了

作者
Author: 小雷森 时间: 2022-10-23 09:37

sobereva 发表于 2022-10-20 23:46
定义组跟sobtop毫无直接联系，不要把无关事物联系在一起

自己手写索引文件，或者借用make_ndx等方式帮 ...

好的，谢谢社长

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