计算化学公社

标题: 请问如何获取TIP4P/ICE水模型 [打印本页]

作者
Author: xian77 时间: 2022-10-20 11:50
标题: 请问如何获取TIP4P/ICE水模型
想要重复文章中的模拟，请问一下TIP4P/ICE水模型怎样获取，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-20 15:24
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）我课上直接给了

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

(, 下载次数 Times of downloads: 179)

作者
Author: xian77 时间: 2022-10-21 13:54

sobereva 发表于 2022-10-20 15:24
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）我课上直接给了 ...

谢谢老师！

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-5-4 17:15

sobereva 发表于 2022-10-20 15:24
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）我课上直接给了 ...

老师，如果我想使用opls力场，那我将这两行修改成
opls_830  OW 8  15.9994    0.000 A 3.16680E-01 8.82160E-01
opls_831  HW 1 1.0080    0.000 A 0.00000E+00 0.00000E+00
opls_832  MW 0 0.0000 0.000 D 0.00000e+00  0.00000e+00
且加入MW，
这样的形式放入oplsaa文件夹下的ffnonbonded.itp中，然后把tip4p-ice.itp中的atoms下修改为
[ atoms ]; id  at type    res nr  res name  at name  cg nr  charge mass
  1 opls_830 1    SOL    OW    1    0       16.00000
  2 opls_831 1    SOL    HW1    1    0.5897 1.00800
  3 opls_831 1    SOL    HW2    1    0.5897 1.00800
  4 opls_832 1    SOL    MW    1    -1.1794 0.00000
这样，是不是就可以了，还需要修改什么吗？（这里有个疑问ffnonbonded.itp中三个原子的电荷都设为0，但是tip4p-ice.itp中的atoms下的电荷不为0，这在gromacs运行时会采用哪个）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-5-4 17:22

非好汉发表于 2023-5-4 17:15
老师，如果我想使用opls力场，那我将这两行修改成
opls_830 OW 8 15.9994 0.000 A 3.166 ...

(, 下载次数 Times of downloads: 1)

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-5-4 18:16

sobereva 发表于 2023-5-4 17:22

好的，谢谢老师

作者
Author: Ccc1234 时间: 2024-1-23 20:42
博主复现成功了嘛，能否交流一下模拟文件

作者
Author: lining 时间: 2024-3-15 21:03

sobereva 发表于 2022-10-20 15:24
北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）我课上直接给了 ...

卢老师您好，请问可以将您分享的OW_ice和HW_ice的σ和ε参数转换为C12和C6参数后，同时将tip4p-ice.itp一起放在gromos54a7力场目录下使用么？麻烦卢老师抽空帮忙解答一下，谢谢您！

作者
Author: sobereva 时间: 2024-3-16 07:01

lining 发表于 2024-3-15 21:03
卢老师您好，请问可以将您分享的OW_ice和HW_ice的σ和ε参数转换为C12和C6参数后，同时将tip4p-ice.itp一 ...

原理上可以

作者
Author: lining 时间: 2024-3-16 08:48

sobereva 发表于 2024-3-16 07:01
原理上可以

好的，谢谢卢老师！

作者
Author: hzx 时间: 2024-7-26 10:37

非好汉发表于 2023-5-4 17:15
老师，如果我想使用opls力场，那我将这两行修改成
opls_830 OW 8 15.9994 0.000 A 3.166 ...

麻烦问一下大神，你这个数据应该去哪里找
opls_830  OW 8  15.9994    0.000 A 3.16680E-01 8.82160E-01
opls_831  HW 1 1.0080    0.000 A 0.00000E+00 0.00000E+00
opls_832  MW 0 0.0000 0.000 D 0.00000e+00  0.00000e+00

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)