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标题: 求助：Data文件如何用周期性边界条生成比Box长的聚合物链 [打印本页]

作者
Author: 譬如 时间: 2022-10-20 14:15
标题: 求助：Data文件如何用周期性边界条生成比Box长的聚合物链
如题，模拟体系中有许多长聚合物链（bead-spring model），且数量密度比较大（0.8）。本来是用packmol生成初始构型，但是现在遇到的问题是聚合物链比Box的边长要长，packmol也没有相应的周期性边界条件指令，我用matlab自己写程序也无法很好生成，请问有什么其他办法吗？谢谢！

作者
Author: naoki 时间: 2022-10-20 15:06
这种周期性边界建模应该不太合理吧，因为这样的话单根聚合物链会和自身发生不应有的相互作用。所以要么把盒子弄得更大，要么看看要不要搞成聚合度无限的周期性聚合物。

作者
Author: 譬如 时间: 2022-10-20 15:55

naoki 发表于 2022-10-20 15:06
这种周期性边界建模应该不太合理吧，因为这样的话单根聚合物链会和自身发生不应有的相互作用。所以要么把盒 ...

谢谢回复！我也刚入门，是在复现文献的过程中遇到的问题，聚合物熔体可缠结，最终是要看纳米棒的扩散行为。文献里有这样的情况，发邮件问作者说要用周期性边界条件，就在尝试。

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