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标题: （已解决）酶底物复合物在不同温度下模拟情况结果出错的疑问 [打印本页]

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Author: uenh1998 时间: 2022-10-20 20:52
标题: （已解决）酶底物复合物在不同温度下模拟情况结果出错的疑问
本帖最后由 uenh1998 于 2022-10-25 09:25 编辑

最近在做的酶与底物复合物的分子动力学模拟，均在限制性动力学阶段报错water can not be settled，LINCS warning的错误，首先检查top文件与复合物文件对应情况，发现顺序，原子数目，参数对应均没有问题。配体的电荷参数由Gaussian结合RESP2方法计算（为避免优化后结构卷曲严重偏离实际，固定柔性最大的主链原子），结构数据由RCSB初始结构恰当加氢、设置质子化状态后得到。整个过程按流程来，应该不会有什么问题。
之后检查轨迹文件，发现到某一步时部分散了，如图所示 (, 下载次数 Times of downloads: 2) 。初步推测应该是模拟过程中这里氢氧原子之间约束不恰当导致跑了。但是检查SOP.itp后发现对应的原子对的bond参数存在。非常奇怪。
之后尝试http://sobereva.com/soft/Sobtop/FAQ8里其他方法，比如减小步长，去掉约束稳定后再模拟，均会出错，报错类似。
最后尝试降低温度重新跑，首先在100K的超低温运行模拟，正常结束，之后设置退火点，初始100K，500ps达到300K线性长时间升温模拟，结果在400ps左右，温度对应大约260K时崩溃。
对此我有一个疑问，既然出现这个情况，证明在250K左右模拟应该是没问题的，但是温度已经是零下了。体系又是酶与底物复合物的模拟，这个温度即使不出错，计算的结果估计是不是也没啥价值和可信度呢？顺便大家看下，我的文件到底存在何种问题，折磨得痛不欲生了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-20 23:59
着重检查磷酸基里面的angle项和二面角项，这是能维持PO4四面体的关键。另外，可以先把磷酸基的H有关的1-4作用项去了试试

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Author: uenh1998 时间: 2022-10-21 00:16

sobereva 发表于 2022-10-20 23:59
着重检查磷酸基里面的angle项和二面角项，这是能维持PO4四面体的关键。另外，可以先把磷酸基的H有关的1-4作 ...

谢谢社长，我试下。我以为Sobtop套的这些作用项参数应该是合理的

作者
Author: syjohn 时间: 2022-10-21 08:21
这个大概率是小分子构象结构不合理导致的，是否可以尝试使用高斯或者amber先进行小分子的优化，然后再进行复合物的模拟

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Author: uenh1998 时间: 2022-10-21 10:58

syjohn 发表于 2022-10-21 08:21
这个大概率是小分子构象结构不合理导致的，是否可以尝试使用高斯或者amber先进行小分子的优化，然后再进行 ...

嗯我也试试，感谢建议

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-21 11:01
本帖最后由 uenh1998 于 2022-10-21 11:03 编辑

sobereva 发表于 2022-10-20 23:59
着重检查磷酸基里面的angle项和二面角项，这是能维持PO4四面体的关键。另外，可以先把磷酸基的H有关的1-4作 ...

社长，这四张分别是VMD里对应原子如图，此磷酸基itp文件的bond、angle、二面角项，想请社长初步看下有没觉得不太合理的地方呢。VMD里原子序号都加个1就是itp文件里的原子序号。 (, 下载次数 Times of downloads: 6) (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 6) 。

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Author: sobereva 时间: 2022-10-21 18:20

uenh1998 发表于 2022-10-21 11:01
社长，这四张分别是VMD里对应原子如图，此磷酸基itp文件的bond、angle、二面角项，想请社长初步看下有没 ...

[angles]里着重看P在中间的项
O-P-O是能维持PO4四面体的关键

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-21 18:39

sobereva 发表于 2022-10-21 18:20
[angles]里着重看P在中间的项
O-P-O是能维持PO4四面体的关键

感谢社长回复！我刚看了一下，P在中间时的angle数据是这样的。我对四面体结构的角度还没记住，还请社长看下这个角度是合理的吗 (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-21 19:08

uenh1998 发表于 2022-10-21 18:39
感谢社长回复！我刚看了一下，P在中间时的angle数据是这样的。我对四面体结构的角度还没记住，还请社长 ...

角度量一下便知

你前面VMD截图里P的index是5，对应itp文件里应该是6，怎么这里是4？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-21 19:10

uenh1998 发表于 2022-10-21 11:39
感谢社长回复！我刚看了一下，P在中间时的angle数据是这样的。我对四面体结构的角度还没记住，还请社长 ...

大体上还可以。
正四面体的键角是109度28分，就5个数字而已，而且在整个化学领域里都极其重要，即使死记硬背也要背下来。哪怕28分背不住，109度也必须背下来。

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-21 19:40
本帖最后由 uenh1998 于 2022-10-21 19:51 编辑

sobereva 发表于 2022-10-21 19:08
角度量一下便知

你前面VMD截图里P的index是5，对应itp文件里应该是6，怎么这里是4？

这一块结构是一样的，都是磷酸基，已更正 (, 下载次数 Times of downloads: 4) 刚刚10L回复了说磷酸基结构是合理的，那就奇怪了,还有没有其他冷门的可能会导致我这样的结构散开结果呢？会不会是原子电荷计算的不合理

作者
Author: uenh1998 时间: 2022-10-21 20:48

wzkchem5 发表于 2022-10-21 19:10
大体上还可以。
正四面体的键角是109度28分，就5个数字而已，而且在整个化学领域里都极其重要，即使死记 ...

感谢老师回复，这个角度我记下了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-21 21:56

uenh1998 发表于 2022-10-21 19:40
这一块结构是一样的，都是磷酸基，已更正刚刚10L回复了说磷酸基结构是合理的，那就奇怪了,还有没有其他冷 ...

之前就说了，去了1-4 静电项再试

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Author: uenh1998 时间: 2022-10-21 23:44

sobereva 发表于 2022-10-21 21:56
之前就说了，去了1-4 静电项再试

谢谢社长，那我把所有与磷酸基的H相关的静电项全去了再看下

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