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标题: 求助:蛋白质小分子复合物100ns模拟中处在水盒子边缘，最后输出结构分开在盒子的两边了 [打印本页]

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-10-22 15:41
标题: 求助:蛋白质小分子复合物100ns模拟中处在水盒子边缘，最后输出结构分开在盒子的两边了
本帖最后由 Nancylee0416 于 2022-10-22 15:46 编辑

各位大佬，我在做蛋白和小分子的100ns动力学模拟，使用Amber99sb force field 和tip3p water model，在输出各时间点的结构时发现60ns-100ns蛋白-小分子结构位于盒子的边缘，最后100ns时蛋白和小分子的结构位于盒子的两边。我的理解是蛋白-小分子结构在边缘后就对称地移动到盒子的另个平行位置了，但是怎么能限制住呢？是我哪个步骤错了？求助！
以下是我输入的命令，
gmx editconf -f com.pdb -o com-box.pdb -bt cubic -d 1.0
gmx solvate -cp com-box.pdb -cs spc216.gro -p topol.top -o com-sol.gro
gmx grompp -f em-steep.mdp -c com-sol.gro -p topol.top -o ion.tpr -maxwarn 1
gmx genion -s ion.tpr -neutral -conc 0.15 -p topol.top -o com-ion.gro
gmx grompp -f em-steep.mdp -p topol.top -c com-ion.gro -o steep.tpr
gmx mdrun -v -deffnm steep
gmx grompp -f em-cg.mdp -c steep.gro -p topol.top -o cg.tpr
gmx grompp -f nvt.mdp -c cg.gro -p topol.top -o nvt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm nvt
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr
gmx mdrun -v -deffnm npt
gmx grompp -f md.mdp -c npt.gro -p topol.top -o md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md
生成了log，edr，trr，gro文件
gmx trjconv -s md.tpr -f md.trr -o md-noPBC.xtc -pbc mol -ur compact
0 system

以下是0ns,60ns,80ns,100ns的结构，可以看到在盒子边缘运动，且100ns时配体和受体分开了。
(, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 4) (, 下载次数 Times of downloads: 3)
修改了最后两句
gmx trjconv -f md.xtc -o xen.xtc -n index.ndx -center 使system质心恒处于盒子中心
(, 下载次数 Times of downloads: 4)

求助是哪一步错了我应该如何修改呢？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2022-10-22 15:58
gmx trjconv结合-pbc mol -cluster -center将蛋白和小分子团簇化并置于盒子中心即可。

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-10-22 16:14
本帖最后由 Nancylee0416 于 2022-10-22 16:15 编辑

Entropy.S.I 发表于 2022-10-22 15:58
gmx trjconv结合-pbc mol -cluster -center将蛋白和小分子团簇化并置于盒子中心即可。

gmx trjconv -f md.trr -o md-center.xtc -n index.ndx -pbc mol -cluster COMPLEX -center
这样报错了
Error in user input:
Invalid command-line options
Unknown command-line option -cluster
请问还需要设置索引文件吗？COMPLEX就是蛋白和小分子的group了 cluster不适用gromacs2021.1？

作者
Author: Nancylee0416 时间: 2022-10-22 16:26

Entropy.S.I 发表于 2022-10-22 15:58
gmx trjconv结合-pbc mol -cluster -center将蛋白和小分子团簇化并置于盒子中心即可。

gmx trjconv -s md.tpr -f md.trr -o md-center.xtc -n index.ndx -pbc cluster -center
感谢大佬！这样正确了。
还想问一下想分析蛋白质+配体但也想看到水盒子区域接下来选择的区域应该是复合物group 复合物group吗？还是复合物group和0 system？

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