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标题: 求助，gromacs做能量最小化一直不能收敛 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-23 10:56
标题: 求助，gromacs做能量最小化一直不能收敛
本帖最后由小柏桐于 2022-10-24 10:23 编辑

在做能量最小化时候，一直中途断了，最小化没有完成。体系有点复杂，溶液体系，有石墨烯和硫酸钙。[attach]57437[/attach] (, 下载次数 Times of downloads: 3)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-24 05:09
光贴个mdp什么用处都没有，关键信息一概没有
先把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了再说
能量极小化只能说收没收敛，没有“平衡”一说

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-24 09:42
本帖最后由小柏桐于 2022-10-24 10:26 编辑

sobereva 发表于 2022-10-24 05:09
光贴个mdp什么用处都没有，关键信息一概没有
先把http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8仔细看了再说
能 ...

谢谢老师，我解决了，就是我把amber力场里边的水分子.itp文件拷贝到top文件里边了，然后把第二张图片里边的东西删了，就收敛不了，我有重新加上那些水分子限制了就收敛了。但是老师那一部分是起的什么作用啊

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-24 23:41

小柏桐发表于 2022-10-24 09:42
谢谢老师，我解决了，就是我把amber力场里边的水分子.itp文件拷贝到top文件里边了，然后把第二张图片里边 ...

看不懂你的描述
说不清楚就拿具体文件说事
若无特殊情况，能量极小化过程甭对水启用约束

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-25 15:48
本帖最后由小柏桐于 2022-10-25 16:57 编辑

就是在top文件中，水分子用第一页图片的形式，就收敛不了，用第二页的就能收敛。能量最小化的.mdp文件 define 也没有定义
(, 下载次数 Times of downloads: 1)

(, 下载次数 Times of downloads: 3)

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