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标题: 疑问-关于晶体数据解析的葡萄糖激酶与糖底物的复合物结构进行Gromacs 水盒模拟 [打印本页]

作者
Author: 18231865105 时间: 2022-10-23 15:28
标题: 疑问-关于晶体数据解析的葡萄糖激酶与糖底物的复合物结构进行Gromacs 水盒模拟
sob老师及论坛的各位老师同学好，我现在用自己解析的葡萄糖激酶与糖底物的复合物晶体结构进行MD（gromacs），想比较复合物结构与去除底物后结构的RMSF大小，以此来观察活性残基及LOOP区的柔性变化，但是模拟平衡后，观察轨迹动画糖底物总会脱离结合口袋，换了amber99 和 Charmm36 力场还是会出现这种情况，是因为不适合进行模拟吗？以下是RMSF值（红色为复合物）及轨迹动画，求解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-24 05:17
参考
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

作者
Author: 18231865105 时间: 2022-10-25 19:38

sobereva 发表于 2022-10-24 05:17
参考
谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs ...

谢谢sob老师

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