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标题: 探究两条DNA链之间相互作用模型建立问题 [打印本页]

作者
Author: xsc6 时间: 2022-10-23 15:53
标题: 探究两条DNA链之间相互作用模型建立问题
老师们好，我想去探究两条DNA链直接相互作用，我先分别对两条链进行模拟，力场AMBER99-ILDN，之后我想将两条链放在一起，VMD将两条链建模在一起后，使用pdb2gmx命令生成拓扑文件，但是一直提示我少东西，如图。我不太知道应该去添加什么，我也不知道是不是我建模方法有问题，大家一般两条链模型应该用什么方法去建比较好呢，谢谢大家

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-24 05:20
检查pdb文件，看链末尾的原子是否完整、没有缺失

作者
Author: xsc6 时间: 2022-10-24 12:55

sobereva 发表于 2022-10-24 05:20
检查pdb文件，看链末尾的原子是否完整、没有缺失

好的，我仔细看看谢谢sob老师！

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