公社群聊Q&A整理：2016.05.14 22 ~ 2016.05.16 20 Concate - 计算化学公社

2016.05.14 21:47:48
Q:
嗯，对，这个直接，谢谢老师。还有个问题，周期性固体表面计算时，想计算两种吸附构型所占比例，以两种模型整体的能量按玻尔兹曼分布公式计算比例，适用吗？
A:
适用
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2016.05.14 22:28:04
Q:
众位大神想问一下Mo钼基组选什么好要这个吗Def2TZVP
A:
SDD或lanl2TZ
Q:
那个Zr呢要Def2TZVP 这个行吗
A:
def2TZVP比这俩明显更为耗时
Q:
哦哦
[表情]
用高斯算金属氧簇这个夸张不
比方说
A:
看你机子、算多大、要求的精度
光说元素没法推荐用哪个
Q:
我找一下
[图片]
是这个东西 @娃娃-首席卖萌官
A:
def2TZVP算起来会很慢
Q:
恩恩而且他的Zr看来用B3LYP/Def2TZVP level of theory 这个是多余的了
# b3lyp/gen pseudo=read opt guess=(mix,local,save) pop=full
他的命令应该是这样的
C O H 0
6-31g(d)
****
Zr 0
Lanl2dz
****
Zr 0
Lanl2dz
对吧[表情]
A:
没对称破缺情况时# b3lyp/genecp opt就完事了
Q:
还想看看HUMO LUMO 呢
A:
有fch文件直接用multiwfn或gview就看了
pop=full跟看轨道毛关系也没有
Q:
我真是小白
恩恩
那后面C O H 0
6-31g(d)
****
Zr 0
Lanl2dz
****
Zr 0
Lanl2dz
这些还要吗
A:
要
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2016.05.14 22:41:59
Q:
老师，你如此牛掰，为什么不试着写一个好一点的泛函呢？
A:
泛函已经没什么好搞的了，进一步提升精度不得不以消耗更大计算量为代价，揉进更多东西。这些东西自然有人会搞
Q:
那做理论方法的，该接下来怎么样提升精度，或者提高计算效率
A:
即便朗道在世，在B3LYP、M06-2X计算量级别下，我也不太信能搞出整体精度明显更好的泛函来
Becke搞到Becke88后也没搞出什么意义特别重大的泛函，虽然其它一些工作还不错，诸如XDM等
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2016.05.14 22:46:07
Q:
我还有一个问题是不是opt和freq不要放到一下算我网上看到的
[图片] 这个结构的优化
电荷数是+2？
A:
一般问题那么写方便，但耗时的大体系opt和freq，建议分着写，一个任务一个输入文件比较清楚，出了错也好处理
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2016.05.14 22:51:31
Q:
老师，反应速率的计算中，比如A形成B经过三步基元反应，我计算出每一步基元反应的速率，k最小的那一步就是决速步。同时A还能形成C,D,F等，然后比较反应他们各自决速步骤的k。是这样一个思路吗？
A:
k最小不代表是决速步，因为还得考虑逆向k
怎么判断在讲课时候讲反应速率那部分的时候专门提了，那一节当中幻灯片的第56页
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2016.05.14 23:02:55
Q:
带负电的有机小分子计算单点能不收敛
[图片]
A:
看单点能的计算那一节的幻灯片，专门说了怎么解决
不要写两次#
带负电必须用弥散
Q:
同样的关键字去处理他质子化的状态却很容易收敛了
好的我试试谢谢sob
A:
幻灯片里说了，带电子数少的情况容易收敛
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2016.05.14 23:38:54
Q:
突然有个小想法可不可以通过mayer free valence 去设置自旋多重度？
A:
是你设好了自旋多重度，算完了波函数之后，对开壳层体系才能分析自由价。把前后关系搞错了
Q:
最近做的一个体系自旋多重度和核外电子排布对应不上谢谢老师提醒
那设置好的自旋多重度是不是跟自由价有关系譬如说自由价近似单电子数？还请老师指教
A:
单电子数用自旋布居来衡量，这是最直接的
不同自旋多重度下自旋布居和自由价都会不同
Q:
可不可以这么理解由于轨道的杂化核外电子的排布并不能决定单电子数
A:
能决定啊，计算完毕后，做NBO或Mulliken分析之类有了alpha和beta电子各自的确切排布（各个基函数或各个原子轨道上有多少个alpha和beta电子），排布的差异就对应了单电子数，相同的部分就配对了
Q:
[图片]我做这个Co卟啉的结构优化中间是个二价Co 自旋多重度单重态和双重态的能量竟然一样不知道该怎么理解会不会跟计算方法有关系？
A:
电荷设定相同时不可能能同时算单重态和双重态
Q:
额那就是应该只算单重态和三重态
A:
如果正处于势能面交叉点上，能量会一样的
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2016.05.14 23:49:41
Q:
请问老师怎么查到譬如尿嘧啶这种核苷酸的不同互变异构体的体密度实验值或者半径？
A:
谈谈分子半径的计算和分子形状的描述
http://sobereva.com/190
密度可以通过MD来模拟
Q:
老师，我在高斯中用volume关键词给出的分子半径与实验值差距较大，我现在的计算需要精确的分子半径值，那么应该去哪找一些少见的互变异构体的分子半径实验值？谢谢
实验测得体密度，由Suppan方程来计算半径的。
A:
那你就做MD模拟出密度之后再按照那个方程反推出半径
本来半径就没有唯一的定义。
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2016.05.15 00:14:07
Q:
各位前辈大家好！能问一下：对过渡金属原子进行casscf计算是不是首先算一个3d4s4p都填满的闭壳层金属阴离子的hf？再把它喂到casscf中？
A:
如果看见有这么算的也可以
你也可以直接算中性状态HF，然后用UNO轨道（alpha和beta混合的密度矩阵的本征矢），或就用alpha轨道当初猜
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2016.05.15 00:28:42
Q:
溶剂化计算时，静电能项缺少(unpolarized solute)-solvent、solute polarization，这两项个怎么得到？@Sobereva
谢谢老师
A:
你非要单独得到它们？
Q:
可以不用。但算deltG(Solvent）缺少了这两项
A:
你用SMD溶剂模型的时候单点能直接就把所有都包括了，减去气相单点能就完了。
Q:
恩，谢谢老师。我当时想用pcm来算的deltG。那如果就用PCM模型来算要怎么做？谢谢老师
A:
[图片]
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2016.05.15 00:33:50
Q:
有一个系统挂掉的服务器，想重装系统，并同时装上G09 A01 A02 B01C01 D01，和gview5.0.9，用哪个linux版本好一些，centos6.7可以吗
A:
可
Q:
好几个账号，小服务器上只有A01版本，
算的时候，混着版本用不大好吧
安装就是解压成A01 A02 B01C01 D01 5个文件夹，再在.bashrc里把
export GV_DIR=
export LIBPATH=
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:
PATH=$PATH:
改成A01 A02 B01C01 D01 5个文件夹对应的路径就可以了，对吧
A:
应当source相应高斯目录下的g09.profile文件，不是光设个PATH就够的
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2016.05.15 00:36:06
Q:
Sob，8月动力学班应该能如期举行吧？
A:
悬
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2016.05.15 00:37:46
Q:
老师，在构建psf时如果charmm 的top文件中没有连接两个分子的patch ，是不是需要自己建一个patch呢？
A:
NAMD/charmm我用得不多，不清楚
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2016.05.15 00:50:48
Q:
怎么知道一个机构有没有购买Gaussian的版权啊？
A:
可以写信给高斯官方查询
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2016.05.15 00:52:51
Q:
老师，想问一下，算频率用不用考虑溶剂化模型
A:
一般不用
Q:
前线轨道用不用呢？因为基态最优化考虑了溶剂化模型，那前线轨道的能量是不是一并就考虑了，因为我可以一起算
A:
前线轨道能量受溶剂模型影响是比较大的，应当考虑
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2016.05.15 01:01:21
Q:
[图片]
A:
just ps
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2016.05.15 02:06:35
Q:
哪一本固体物理最全？
Martin 那本咋样？
A:
那本内容很全，不过用的表达方式不是很适合搞化学的
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2016.05.15 02:51:27
Q:
请教下大家百度文库的东西怎么下载呢？
A:
用冰点文库
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2016.05.15 02:54:06
Q:
Sob老师，请问优化激发态分子过渡态的时候跟基态分子的过渡态有什么不同么？
有需要特别注意的地方么？
A:
[图片]
Q:
我的理解是，先用基态分子结构优化过渡态，然后再算这个过渡态的激发态么？不知道对不对？
A:
基态过渡态结构跟激发态过渡态结构根本没关系
Q:
那就是先优化出激发态结构，然后再优化激发态分子过渡态的结构，对吧？
A:
也没必要非得这个顺序
Q:
好的，谢谢sob老师，那如果激发态过渡态是个自由基过渡态的话，那么多重度怎么选择？
还是一样按照基态分子过渡态那样计算么？
A:
不清楚你的意思
如果基态是开壳层的，还是照常来算就完了。
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2016.05.15 03:02:43
Q:
老师，我算溶剂化时，在坐标后面加了cav dis rep 后，计算结果没有cav dsi rep 项？谢谢老师
A:
效果已经纳入单点能了
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2016.05.15 03:04:50
Q:
请问，我做gromacs，在盒子里加了一个蛋白和50个Na+，之后跑的md，跑完md之后我想做拉伸，如何把这50个Na+定义成一个组并且进行拉伸呢？
A:
同时拉50个Na没意义啊
非要定义也可以定义，index文件里增加一个group把Na都加进去就完了
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2016.05.15 03:13:05
Q:
我是想看看离子通过蛋白的不同路径，那我是应该同时拉伸50个，还是拉伸一个，然后选择不同的路径好呢
A:
拉一个
Q:
哦
谢谢
A:
可以在不同路径的始端拉
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2016.05.15 03:16:28
Q:
搭个顺风车问一下过渡态，一个中性分子分裂成两个自由基部分，会经过一个ts的，怎么确定是基态型的ts还是激发态型的ts
加热导致就按基态算吗
光照导致的就是激发态型的吗
A:
如果一开始就是基态，肯定还是走基态势能面的TS
Q:
为何会激发
如果是激发态
应该走激发态的TS
A:
y
Q:
有些激发态是三重态有些激发态是单重态这个不知道是怎么确定的？
我看计算完紫外吸收里的 excited state 后面有个<S **>=0 有得是=2
A:
基态是闭壳层的话，直接用singlet、triplet关键词就能指定
基态是开壳层的话，看<S**2>离哪个态的理想值最近
2就是三重态，0就是单重态
Q:
tDDFt没有激发态波函数怎么确定构型优化方向？
A:
TDDFT有激发态波函数啊
Q:
用eom-CCSD优化的时候跑到了基态的构型
是不是不能用之优化激发态
A:
可以
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2016.05.15 03:22:11
Q:
请问一下，我单一的拉伸一个离子，这个离子是应该在跑完md之前加，还是在跑完md之后再设置一个更大的盒子，在添加这么一个离子进行拉伸呢？
A:
之前
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2016.05.15 03:32:35
Q:
咨询一下老师：对T2做NTO分析，是不是这样写？
#p b3lyp/6-311g(d) td(triplet,root=2) pop=(saveNTO,NTO) density=transition=2
这个root=2写不写？谢谢指点
A:
eom-CCSD原理上可以优化激发态，也没准是因为势能面交叉，一开始结构下的激发态势能面优化到它极小点结构下时已经是基态了
root写不写都一样
Q:
偶，也就是这个root=n和这个density=n要对应，两个都指的是同一个态是吧？谢谢sob老师
A:
root设几和density=transition设几是两码事，NTO考察哪个看后者
Q:
偶，谢谢sob老师，那这样的话，root就不写了，不管是算Sn或者是Tn，不知道我理解的对不对，谢谢老师
A:
y
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2016.05.15 03:43:12
Q:
有势能面交叉的是不是只能用mcscf一类的方法来优化激发态
A:
离交叉区域远时单参考激发态计算方法优化也可以
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2016.05.15 03:44:30
Q:
请问下大家优化过Br-阴离子没有，从基组网站上查，好像高斯不支持8-311+g** ，不知道哦对不对? 我用这个基组去优化的时候，报错L301
A:
不支持8-311+g**，支持6-311+g**
EMSL上没有，不代表高斯自己没有
Q:
高斯是不是对cc_pvtz简化了
打错了是6-311+g**
A:
高斯只不过对cc-pVnZ按照一定方式自动去除了冗余的GTF来节省时间，原理上不会使精度下降
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2016.05.15 03:48:02
Q:
各位老师，像这种LOL投影图的x,y,z坐标的含义，是不是只是代表的了原子之间的一个相对位置？还是有具体的含义？多谢。
[图片]
A:
就是相对位置
Q:
那z轴代表的就是和投影面的相对位置对么老师？也就是说我可以根据图形的美观来重新设置。
A:
Z轴代表数值大小
数值越大和Z轴零点离得越远
Q:
那具体的意义就是，z值越大，和投影面的距离越远，相应xy平面的刻度应该就会随之变小。这么理解对么老师？
A:
和xy平面刻度没关系啊
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2016.05.15 04:08:05
Q:
您好！如果进行共价键或弱键的ELF分析，是用等值面or盆分析？感觉前者图像更清晰一些。
A:
一般先看等值面，盆分析可以进一步定量化
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2016.05.15 04:36:30
Q:
%chk=ZnF2-1.chk
%mem=5000MB
%nprocshared=8
#p mp2/genecp opt(cartesian) freq
Title Card Required
0 1
Zn -0.55309735 -0.08849557 0.00000000
F -2.38309735 -0.08849557 0.00000000
F 1.27690265 -0.08849557 0.00000000
Zn 0
sdd
****
F 0
aug-cc-TZVP
****
我想问一下这个输入文件哪儿错了？谢谢老师
A:
仔细看
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.05.15 05:15:11
Q:
老师， (Unpolarized solute)-Solvent算不算静电作用里，谢谢老师
A:
算
----------------------------------------------------
2016.05.15 05:15:57
Q:
老师，我在尝试您写的博文里dos批处理文件，遇到了点问题，显示找不到文件，如下图[图片]
A:
先进dos再运行批处理文件，看错误提示
----------------------------------------------------
2016.05.15 05:26:14
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
先cd进入gtest再运行
----------------------------------------------------
2016.05.15 05:37:47
Q:
SCF Done: E(RHF) = -464.415758882 A.U. after 36 cycles
NFock= 36 Conv=0.49D-09 -V/T= 2.2812
KE= 3.624876100996D+02 PE=-2.900504780242D+03 EE= 1.160181938655D+03
Leave Link 502 at Sat May 14 21:34:55 2016, MaxMem= 655360000 cpu: 1518.1
(Enter /opt/soft/Gauss/Gauss09.D01/g09/l801.exe)
ExpMin= 1.00D-02 ExpMax= 1.95D+04 ExpMxC= 6.65D+02 IAcc=3 IRadAn= 5 AccDes= 0.00D+00
HarFok: IExCor= 205 AccDes= 0.00D+00 IRadAn= 5 IDoV=-2 UseB2=F ITyADJ=14
ICtDFT= 12500011 ScaDFX= 1.000000 1.000000 1.000000 1.000000
Largest valence mixing into a core orbital is 4.35D-01
Largest core mixing into a valence orbital is 3.64D-01
Excessive mixing of frozen core and valence orbitals.
Error termination via Lnk1e in /opt/soft/Gauss/Gauss09.D01/g09/l801.exe at Sat May 14 21:34:56 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 25 minutes 31.7 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 69 Int= 0 D2E= 0 Chk= 3 Scr= 1
老师这是什么错误？该怎么解决谢谢老师
#p mp2/genecp opt(cartesian) freq
输入文件是这样的
A:
mp2(full)
----------------------------------------------------
2016.05.15 05:40:46
Q:
能够通过拉普拉斯键级的大小来判断不同化学键的强弱吗？老师@Sobereva
A:
有机分子的键可以
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2016.05.15 05:43:54
Q:
用gaussian程序做TD-DFT计算时，计算S2总是落在S1上，即能量和跃迁成分均与S1相同，这是怎么回事，有改进空间吗
A:
什么叫落在S1上？那只是简并而已
Q:
@Sobereva，老师，我可以确定不是简并态，而是同一个态，就是说，我计算S2，S3等，但得到的S2，S3从能量和跃迁成份上看确实是S1
A:
换个泛函或基组再试
----------------------------------------------------
2016.05.15 05:48:37
Q:
我也一直加了PCM
[图片]我在算PCM每一项的大小的时候，加这些关键词怎么找不到每项的结果
A:
g03可以单独输出
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2016.05.15 05:49:02
Q:
用Multiwfn计算电荷转移性质，正负电荷转移数量差别大，说明书张说方法是finer grid setting，请问这是什么意思呢
A:
用更好的格点（更小的格点间隔），或尝试增大延展距离
Q:
谢谢老师，格点间隔是在Multiwfn里面设置吗，老师？
A:
算几次，每次只加其一，一对比便知
Q:
[图片]老师，我设置格点间隔接下来应该怎么做呢
A:
[图片]
先选函数
看屏幕提示
----------------------------------------------------
2016.05.15 05:54:16
Q:
我想问下是不是一个溴负离子不用做opt
A:
是
----------------------------------------------------
2016.05.15 05:59:51
Q:
# opt b3lyp/6-311+g(d,p) scrf=(pcm,solvent=dichloromethane) pop=reg scf=xqc test 麻烦老师帮忙看一下，我基态考虑溶剂化效应优化，这样写对吗？
A:
@ ★snail★ 对
甭写test
Q:
好的，谢谢老师，这个不用加freq吧，考虑了溶剂化效应是不是一般情况都要在坐标点后面写Dis Rep Cav@Sobereva
A:
@ ★snail★ 不加freq
SMD就不用写那些，PCM得写
----------------------------------------------------
2016.05.15 06:02:53
Q:
请问用Q-Chem中QM/MM方法计算时分子说明部分原子类型怎么查啊
A:
自己算原子电荷，要么从力场库里直接找对应的，比如算蛋白就用amber力场库里的原子电荷
----------------------------------------------------
2016.05.15 06:29:39
Q:
[图片]请问这里GKS是什么意思
A:
general KS-DFT
Q:
就是一般计算# b3lyp/6-31g 里的DFT吧
A:
GHF=General Hartree-Fock和RHF、UHF的区别是，GHF的每个轨道不分alpha还是beta自旋而是由alpha和beta部分组合而成的。即φ=ψ*α+ψ*β
GKS和KS-DFT的关系类似
Q:
高斯里怎么使用GKS呢？
A:
甭管它，目前g09 DKHSO只能结合GHF用
Q:
如果用GHF的话，关键词直接写GHF就可以了吧
A:
对
----------------------------------------------------
2016.05.15 06:47:00
Q:
sob老师，请问高斯如何算键能呀？
我是想知道具体数值
A:
热力学量与能量相关性质的计算这一部分最后专门说了怎么算键能
----------------------------------------------------
2016.05.15 06:49:30
Q:
老师，自定义溶剂后，要算非静电力怎么做？直接加Cav dis rep? 谢谢老师
A:
加和不加的差值就是
Q:
老师，算出来一样。没有区别@Sobereva
A:
加不加结果绝对不一样
Q:
那个自定义参数写完，我空了一行，再写cav dis rep.
A:
[图片]
Q:
老师，需要作出溶剂分子的结构吗？
A:
不用
Q:
%nprocshared=8
%mem=2GB
%chk=DMDSHDF.chk
# b3lyp/6-31++g(d,p)
scrf=(pcm,solvent=generic,externaliteration,dovacuum,read)
geom=connectivity
Title Card Required
0 1
C 1.87873200 0.79669200 0.38190900
H 1.44026600 1.78710000 0.24317900
H 1.95452200 0.56226300 1.44527500
H 2.87773500 0.78238300 -0.06461100
C -1.87873200 0.79669200 -0.38190900
H -1.95452100 0.56226400 -1.44527500
H -2.87773600 0.78238000 0.06460900
H -1.44026700 1.78710000 -0.24317800
S 0.91478400 -0.49449400 -0.49835300
S -0.91478400 -0.49449300 0.49835300
1 2 1.0 3 1.0 4 1.0 9 1.0
2
3
4
5 6 1.0 7 1.0 8 1.0 10 1.0
6
7
8
9 10 1.0
10
SolventName=HDF
EpsInf=2.208
Eps=45.60
Rsolv=4.00
Numeraldensity=1.261
cav
dis
rep
这是我文件
我自定义的溶剂。
A:
甭写dovacuum
cav前别写空行，否则等于没被读入
甭用外迭代，此时毫无意义白费功夫
----------------------------------------------------
2016.05.15 09:25:01
Q:
Sovereva老师能大致科普一下density fitted CASSCF or CASPT2方法的原理么..
A:
可以看看这个J. Chem. Theory and Comput. 2008, 4, 694–702
----------------------------------------------------
2016.05.15 17:00:21
Q:
[图片]老师好我的一个过渡态结构优化不出来，一直震荡（试了Sob老师给出的尝试办法 164/61，可是依旧震荡）想请教各位老师可否有其他方法供尝试解决呢？
A:
calcall
----------------------------------------------------
2016.05.15 18:10:14
Q:
老师，我配置了环境变量，把批处理文件和计算文件都放在了d:\gtest路径下，dos模式下cd d:\gtest进入该目录，然后运行bat文件，还是显示找不到文件，这是为什么？
A:
直接把dos窗口截图
把.bat内容贴出来
Q:
[图片]
[图片]、
A:
你现在根本不在gtest里啊
你得再输入d:
提示符明显说明还在c:\users\hubin下面
----------------------------------------------------
2016.05.15 18:17:48
Q:
[图片]
E-bind：直接优化A-B结构，然后freq出A-B单点能E-AB，然后直接用A-B结构中的A或B的构型，freq出A或者B的单点能A-complex或者B-complex。请问sob老师，这样理解是否正确？
A:
freq出单点能是何意？
获得单点能就算单点就完了
Q:
说叉了，E-bind里面的单店能是否就是A_B优化结构后，A构型的单店能，sob老师
A:
bind里E(AB)可以取AB优化后最后的能量输出，也可以在最后的结构下用更好的级别算一次单点得到
Q:
老师，我想计算溶剂下分子A-B的键能，简单表示为E（A-B）=E(A)+E(B)-E(AB)，我可不可以像在气相中反应一样，直接在溶剂效应中也加入freq关键词，用它得到的自由能或焓值（如下图）直接做加减啊？[图片]
A:
可以
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2016.05.15 18:17:48
Q:
# M052X/6-31G* scrf=SMD
Title Card Required
0 1
O -3.78531093 0.32485875 0.00000000
H -2.82531093 0.32485875 0.00000000
H -4.10576552 1.22979458 0.00000000
out文件显示根本没有计算，
[图片]
A:
上课提到过，通过命令行调用高斯运行文件，输入文件末尾要空两行
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2016.05.15 18:26:01
Q:
qts2找过渡态，这两个结构一定不能用优化过的结构，对吧
一定得用优化好的结构亲
不不不
恩恩，这个原因啊，我试一下，因为我用高斯自带的批处理计算尝试成功过，就忘了这个，谢谢老师
A:
都是网上谬传
Q:
我之前也以为是要用优化好的结构
可实际上绝对不能是优化了得
可惜手册上没明确表示
A:
有些情况，不能用优化后的结构，比如HCN--CNH异构化，否则QST2会初猜一个脑残过渡态
绝大多数情况，用粗略优化的结构为宜，但不要求精确优化
不要信其它的任何说法
Q:
qst2猜过渡态的原理到底是什么，坐标取平均值这样？
A:
用的是STQN方法，详见
过渡态、反应路径的计算方法及相关问题
http://sobereva.com/44
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2016.05.15 19:06:03
Q:
Intel(R) Xeon(R) CPU X5650 @ 2.67GHz
这cpu相当于什么级别
i7吗
A:
没有可比性
而且这是颇老的CPU架构
Q:
我百度了一下，可以超到3.0~4.0GHz
A:
搞计算的人，说i3、i5、i7什么的就俗了
搞计算的人要言架构、核数、频率
Q:
看小卒的帖子，表示频率对高斯还是很关键的
超频到3.5应该不会挂了吧
合适和频率还好理解，架构的水有点深
A:
搞计算超它没意思。服务器的U就用TB自动升频足矣
Q:
就是说我bios里关了超线程，开启睿频就可以，对吧
A:
[图片]
Q:
难道，我理解歪了
正准备去关的
可是还有个作业在算着
A:
怎么总有人往关闭超线程那边想...
Q:
[图片]
差点就信你了
是不是这样的，我的物理核心数是12，只要我使用的交作业的总核心数小于12时，就相当于没用超线程
A:
超线程榨出来的性能会用在后台或其它零碎任务，所以如果此时还有轻微其它负载，会比不开超线程快一丁点，同时也不会感到卡。
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2016.05.15 19:06:47
Q:
[图片]
sob老师，请问在gview中，如何调整两个分子间的相对位置，类似上图这样的
A:
调节平面分子间距的方法
http://sobereva.com/178
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2016.05.15 19:39:00
Q:
请问sob老师，multiwfn中可以旋转分子相对于坐标系的位置吗，比如打开fchk文件，将某些轨道旋转到沿x方向
A:
不能，相对于坐标轴旋转必须在gview里做
调整完了再算出波函数文件放Multiwfn分析
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2016.05.15 19:52:27
Q:
可以试试maxstep=1
A:
1太小，最低不宜低于3
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2016.05.15 20:26:16
Q:
casscf的波函数拓扑分析没有bcp，密度泛函也没有，CCSD(t)的有，哪个靠谱一点？
A:
CCSD(T)本身给不出密度
一般的量化程序，如gaussian，能给出最高质量的波函数也就是CCSD级别的
Q:
但是用他的fck的密度拓扑分析能找到bcp
A:
那是HF密度
是否考虑电子相关对波函数影响很大
Q:
所以这个就是不靠谱的？
A:
对
Q:
NBo分析也是有键的
A:
这和NBO分析完全不是一个框架
NBO的任意性很大
Q:
像这种有点模糊的情况还能用什么方法呢？
A:
键级
ELF图等等
Q:
这是一个氢桥键，ELF不能很好描述
弱相互作用分析也没有找到
怎么对所有电子进行盆分析呢
谢谢咯
A:
默认就是对所有电子进行分析
Q:
那为什么给出的结果里面基本都是单电子
不科学啊
A:
考察的什么函数？和单电子有what关系？
Q:
最后一列是什么意思
A:
吸引子数值
你选的什么函数这就是什么函数的值
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2016.05.15 20:26:16
Q:
麻烦问一下，做红外光谱时，所用方法和基组是不是与基态优化所用方法和基组一致
谢谢，作图是用GV还是Multiwfn
哪个更方便
A:
看你作什么图
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2016.05.15 21:51:22
Q:
出了molpro跟psi4，还有其他的做SAPT能量分解的程序么？
A:
还有Q-Chem
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2016.05.15 22:19:37
Q:
老师，我正在学习您写的linux批处理文件的脚本，遇到了点问题。
[图片]
t.sh是g09 < 1.gjf > 1.out
g09 < 2.gjf > 2.out，运行是正确的
runall2.sh是
#!/bin/bash
for inf in *.gjf
do
echo Running ${inf} ...
time g09 < ${inf} > ${inf//gjf/out}
echo ${inf} is finished
echo
done
运行就出错了
请问这是怎么回事？我都给.sh文件设置了权限的啊
请教一个freqchk工具的问题：
1.我用freqchk输入ZPE校正因子得到ZPE，
2.S的校正是自己手动用输出的S乘以校正因子
3.△H（0-T）使用 freqchk输入△H校正因子，然后用（thermal correction to enthalpy) 减去ZPE后乘以校正因子
4.自由只能G=ZPE+△H（0-T）-TS
是这样一个计算过程么？培训的时候讲过，记得不清楚了。有一点疑惑的是输入校正因子这一项，怎么能保证软件能识别我输入的是ZPE校正因子还是△H校正因子呢？
谢谢老师
A:
用vi看看runall2.sh里面信息是否都正常，有无诡异字符
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2016.05.15 22:27:27
Q:
sob老师我的NaCl晶胞结构优化后的离子键长和数据库查询的键长有很大差异请教您一下这个是什么原因？
[图片]
[图片]
图1是我计算结果图2是database里面的数据
A:
甭管CCCDB数据库那些，直接看实验值是多少
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2016.05.15 23:18:50
Q:
请问老师，您上课时候说的这个势能面最低点是极小点吗？
[图片]
A:
是当前图中的极小点。是不是整个势能面的极小点做振动分析来看
Q:
老师，那通过这样的势能面扫描图可以判断是否有过渡态吗？
A:
当前这图没有。但类似的做法判断其它情况有无TS有时有用
Q:
[图片]
比如这个图
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2016.05.15 23:34:44
Q:
老师，用multiwfn怎样才能做出这个效果图
[图片]
我选10进入之后，选11之后，[图片]，下面我改输入什么
就是 input the number of points along the line ,这后面我应该输入什么
但是我不知道输入什么了
137-538
A:
看手册4.10节的例子
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2016.05.15 23:42:10
Q:
请教各位老师一个体系的净电荷量与它的自旋多重复有没有关系？
A:
没直接关系
Q:
请教老师如果说体系净电荷与多重度没有关系那会不会出现中性体系和带一个单位负电荷的体系以及带一个单位正电荷的体系自旋多重度相同的情况？最近做的一个体系一开始自旋多重复设置的auto 不太放心又分别设置计算了结果发现中性和阴离子体系能量最低对应的自旋多重度都是doublet 且中性体系doublet能量自旋密度 mayer键级与auto结果完全吻合阴离子体系的差别很小能量差了0.002eV 阳离子体系从auto结果来看也极有可能就是doublet了固定多重度的计算正在进行中 ps:dmol3计算
A:
不可能同一个体系，中性、-1离子、+1离子自旋多重度相同，数学上都不可能说得通
Q:
但是能量确实是二重态最低
而且选择auto的计算结果与二重态相同
A:
这跟能量是两码事，前面说的是电荷和自旋多重度的关系
甭管什么auto不auto，电荷和自旋多重度要自己设
Q:
设置不同的多重度不就是为了找能量最低最稳定的结构么？
要不过会儿我把结果贴出来看看吧
A:
双重态时体系电子数必为奇数个，同一个体系原子核电荷是固定的，注定不可能中性、+1和-1态都是双重态
这根能量问题毫无关系，不是同一个话题。
Q:
体系中有个钴
如果跟能量没有关系怎么衡量是不是基态
A:
不同自旋多重度当然能量不一样
除非处在势能面交叉点上
你首先问我的是电荷和自旋多重度之间的关系，但你之后又讨论能量的事，完全不是一码事
Q:
额不好意思我的描述有问题
[图片]是这样先看电荷为0的情况 When Auto is selected, DMol3 will attempt to determine the ground spin state by performing a spin-unrestricted calculation.这是Dmol3中对于auto的描述因为我不想每一个体系都去测试自旋多重度所以想看看自己设置的多重度和软件自动设置的之间的关系由总电荷为0的结果可以看出自旋多重度为2时软件自动设置的结果与自行设置多重度的一致然后再看总电荷数为-1的体系按照这个结果应该基态自旋多重度也是2 所以有点想不明白了特此请教Sob老师
因为自动寻找基态的spin是0.8717
我说了是寻找自动设置基态和手动调节自旋多重度的平衡点
A:
若结果连基本化学常识都违背，信它何用
Q:
可是单重态和三重态明显能量偏高[表情] 这么说的话就是软件自动寻找的多重度没有可信度了
A:
先弄清楚体系在中性和-1状态下到底带多少个电子
Q:
中性总共91个电子 -1状态下是92
A:
显然-1状态下不可能取双重态
甭被程序骗了
Q:
是不是-1价只去比较单重态和三重态结果就可以了
A:
是
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2016.05.16 00:09:44
Q:
咨询一下，用O3lyp来优化激发态，出现[图片]，是因为这个泛函不能用来优化激发态吗？谢谢
A:
关键词列出来
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2016.05.16 00:17:43
Q:
请问老师，计算羰基和金属原子之间的相互作用需不需要加弥散函数呢？您课上说负离子一定要加弥散，那么这种静电力为主导的体系是否也一定要加弥散函数？@Sobereva
A:
不需要弥散。本身这种情况是普通配位键，是共价主导的
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2016.05.16 00:46:07
Q:
老师，您好，我想问一下你们现在还接受分子模拟方面的外包业务吗？
A:
不接了
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2016.05.16 01:43:20
Q:
isosurface of hole and electron distribution[图片]
老师，看第一激发态的电子空穴[图片]，应该是LE型吧，看跃迁密度图[图片]，怎么解释呢？请老师指教，谢谢！[图片]
追加charge density difference[图片]，本征值设得很小，增减才稍明显，说明什么呢？这是一个单电子自由基alphaHOMO到LUMO
A:
直接从电子-空穴图，以及密度差图，都明显表明是整体激发，而不是CT
Q:
整体激发就是讲义上的LE型吧？再请教老师，第二幅图transition density一边绿一边蓝表示什么？
A:
整体激发和LE，虽然都不是CT，但涵盖的空间范围不一样。LE通常只是局部，比如一个基团上激发
跃迁密度通常不用管
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2016.05.16 02:31:52
Q:
老师，在做CDA时，体系分为五个片段，整体分子为单态，第一个片段是Fe，导入其out文件没有出错，第二个片段是2态的Cp环，导入Cp环的out时，程序就自己关了，这个应该怎么解决？
[图片]
A:
确保用的是最新版本。还这样就把文件打包发给我
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2016.05.16 02:45:06
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
必须一致
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2016.05.16 03:08:33
Q:
请问我计算U配合物，UY用的是大核赝势，配体全电子基组，能否用multiwfn来计算配体原子的电荷分布呢？U用大核不能算电荷，配体原子应该可以吧？
A:
可以
Q:
请问我计算U配合物，U用的是大核赝势，配体全电子基组，能否用multiwfn来计算配体原子的电荷分布呢？U用大核不能算电荷，配体原子应该可以吧？
刚打错字撤回了，sob老师说的可以是回答我的吗？
A:
可以
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2016.05.16 03:39:32
Q:
老师我想请问一下使用freqchk工具辅助计算G的流程：【较之前的有点修改】
1.用freqchk输入ZPE校正因子得到ZPE，
2.用freqchk输入△H校正因子，然后用（thermal correction to enthalpy) 减去ZPE得到△H（0-T）
3.用freqchk输入S校正因子，取S的值
4.自由只能G=ZPE+△H（0-T）-TS
是这样一个计算过程么？
因为前三步使用的校正因子都不一样，得到的ZPE均不相同，但是只有第一步得到的ZPE是相对准确的。我这样理解对么？
A:
你还得加上电子能量啊
校正因子你说得没错
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2016.05.16 03:43:01
Q:
谢谢sob老师
还有那个shell脚本的那个问题，我查看了并没有奇怪的字符，我直接在linux下操作（没有ssh链接）显示的
bash: ./runall2.sh: /bin/bash^M: 坏的解释器：没有那个文件或目录
A:
你用which bash看看bash到底在哪
Q:
在/bin/bash
A:
先用dos2unix把.sh文件转一下
Q:
我的机子显示未安装dos2unix，安了一下结果安装失败，，，
A:
那你就在ultraedit里转成linux格式
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2016.05.16 04:01:06
Q:
只是为了得到过渡态结构的优化任务，应该用freq=noraman节省点时间，甚至是不要freq关键词，对吧
A:
大错特错
Q:
为什么
A:
raman仅对HF才是在freq时默认计算的
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2016.05.16 04:17:22
Q:
一般高精度方法不能算频率，或算出来都频率算数据还不如b3lyp
顺便问一下，对第一行元素的优化和频率计算，一般O3LYP比B3LYP都要好，那么O3LYP和M062x比较呢
我一般都用B3lyp优化，CCSD(T)做单点，M062x没怎么用过
A:
没有OB3LYP更好这个普遍规律，即便某些文章说更好也只是个别现象
Q:
比如m062x/6-311g*的零点振动能 + CCSD/6-311g(2df)的淡点能
A:
普通有机分子不牵扯到色散作用时B3LYP优化算频率足矣
除非牵扯到弱相互作用，否则M062x优化结构并不比B3LYP更好，而耗时却更高
不牵扯弱相互作用，优化+频率用B3LYP/6-31G*考虑校正因子时足矣
Q:
这里泛指的弱相互作用一般是指的氢键卤键色散吗
A:
用M062X结合3-zeta基组，哪怕考虑了频率校正因子，算的ZPE也不会比B3LYP/6-31G*考虑校正因子时更好
是
CCSD算单点没什么用，要么努把力上CCSD(T)，要么索性用双杂化加大点的基组，诸如def2TZVP。
Q:
一般网传CCSD金标准啊，现在是WI了
A:
CCSD从来不是金标准，CCSD(T)对多数问题才是
Q:
为什么ccsd和CCSD(t)，就查了个三重激发，差距就那么大吗
A:
差老大了
Q:
悲催我用ccsd算了许多了
当时怕ccsd(t)算不动，420个GTO
双杂化，是把MP2给杂化进去了么？
A:
CCSD(T)最耗时的大多是CCSD迭代过程，迭代都完成了，还不努把力考虑下(T)就亏了
是
Q:
我用CCSD(T)//CC-PVTZ和SDD，算单点算不动，而且不好收敛，
A:
CCSD(T)玩不动就用双杂化，没说的
Q:
ccsd(t)和和G4比呢
比这个稍微差点的基组和方法，选择什么比较合适呢
G4作为g09 对g03的新功能
A:
G4是为了用更少的耗时近似达到ccsd(t)/CBS算热力学数据的结果
看你用什么程序
高斯里也就B2PLYP/def2TZVP，或更好点def2TZVPP
用其它程序能用更好点的双杂化，诸如DSD-PLYP
打错了，是DSD-BLYP
Q:
Qchem里面有徐昕老师的X3LYP吧
A:
g09也有，不过并没什么能派上用场的地方
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2016.05.16 04:27:55
Q:
大神你好、有没有比较适合算纯的LE和纯的CT态的范涵？
A:
乱谈激发态的计算方法
http://sobereva.com/265
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2016.05.16 05:26:40
Q:
做两个分子间的电子密度差图，是不是每个输入文件都要加上nosymm关键词？
A:
通常来说是
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2016.05.16 09:24:53
Q:
请教一下关于G09做振动分辨发射谱的问题：
以下是我的输入文件的命令行[图片]
和尾部：[图片]
然后算到最后log文件里是这样：[图片]
似乎readFCHT没有起作用啊求老师指点
A:
把r6.chk和ForceFCCalc位置交换再试
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2016.05.16 17:29:51
Q:
sob老师您好，自己看讲义的时候弥散函数这个地方没搞清楚，想咨询您一下是不是可以在做几何优化的时候不添加弥散，先把结构优化出来，然后在计算单点或者其他的时候再用一个添加弥散函数的基组？@Sobereva
A:
可以。
但之后再算时有无必要用弥散还是按讲义里写的，不需要加的情况不加，否则白费很多时间也改进不了什么精度
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2016.05.16 17:34:34
Q:
小老师参加科音培训班回来，除了带回一本讲义之外，我感觉他和培训前没啥两样－－－一问三不知。
上课玩手机
也不做笔记啥的
这个就没办法了
培训的时候某天坐在一个老师旁边，唯一让我觉得她在认真听课的时候是Sob在PPT上改了什么东西，就问我哪里改了，然后接着发呆/玩手机/打电话。
两个老师挨着还经常聊天的
就算认真听讲，指望5天*学会*1700页PPT么？按照我现在的速度（只用闲暇时间的话），学完起码要三五个月的样子。。。
/偷笑
A:
科音基础量化培训这事，能学到多少东西关键看自己学习知识的意愿，学习意愿越强烈，获得的东西就越多，虽然哪怕是朗道，没接触过量化时也不可能5天把所有ppt都学明白，但只要好学，回去再反复翻看讲义，搞懂得就会越来越多。有几个女老师，还有娃娃的师妹，都是感觉属于这类很好学的，经常来问问题，努力把所有不懂的都搞明白，这是我很赞许的。无论怎么说，我都敢说基础量化培训是菜鸟速成的最好捷径，看其它资料、书籍、教程、自行摸索，掌握同样知识和技巧花的时间成本比这多两
个数量级。
如果要在5天把所有内容讲得让80%的人都明白，内容只能保留1/3，这样参加培训的人必须跑来三次。
或许把基础班再分细，开一个“幼稚班”更适合0基础又不好学的人，但幼稚班讲的东西，其实都是自己随便摸索一下都能掌握的，这种东西含金量太低。
Q:
嗯，老师的讲义确实很好。
刚才都没有夸奖一下娃娃[表情]
A:
娃娃参加培训后感觉在计算化学水平方面level up了不少，回答对了一些提问
Q:
/鼓掌娃娃还要参加高级班，努力把内涵提升更多，谢谢老师
A:
反复翻看讲义，尽可能多得弄明白之后，网上>70%的人问的问题，特别是常见问题，都能完美地解答
Q:
我小老师没有学过量子化学，估计他是基本听不懂。[表情]
我小老师没有学过量子化学，估计他是基本听不懂。/惊恐
A:
如果他本身悟性不高或者学习意愿不那么强，那他更适合这种培训班：来，小朋友们，跟着我写Gaussian关键词...
如果把幼稚层次的内容当基础班内容，上课时很多学员会暗想：这种课我都能讲！白来一趟
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2016.05.16 17:34:34
Q:
#p opt(maxcycl=500) M062x/tzvp nofmm pop=no
scf=(maxcycl=500,nosymm) nosymm iop(6/7=3) freq gfinput scrf=(pcm,solvent=aceticAcid) EmpiricalDispersion=GD3BJ TD(nstate=6)
老师我的这个写的有错误吗》为什么报错L301，说基组有问题呢？
A:
垃圾关键词太多
讲义里特别强调不要用什么maxcyc=几百
培训中还强调，M062X必须用零阻尼的
好好再复习复习讲义吧...
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2016.05.16 18:16:12
Q:
[图片]各位老师，Multiwfn里面主视图放大之后，不位于区域的中央，有什么办法可以调节一下吗
怎么增大呢，娃娃老师，返回主功能吗
好的，我去找找。谢谢~
应该是这个
A:
这个调不了
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2016.05.16 18:23:01
Q:
咨询一下，如何看一个轨道的不可约表示？类似于讲义中B1，B2、是从这个地方看吗？[图片]
是不是只有对称性的分子，才考虑跃迁禁阻的可能性？对于没有对称性的分子，是不是就不用考虑跃迁禁阻的情况？谢谢@Sobereva
同时咨询一下，如何判断S0的不可约表示？我看讲义，直接写了S0是A1，为啥？谢谢
A:
没有对称性的分子，你没法光从不可约表示上判断跃迁偶极矩的空间部分是否为0。没有对称性的分子，也可能有为0的情况。
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2016.05.16 18:25:57
Q:
看到网上有人说默认是真空，可看到教程上说是1个大气压，计算的结果上面显示也是一个大气压
看到网上有人说默认是真空，可看到教程上说是1个大气压，计算的结果上面显示也是一个大气压，请问怎样才是计算真空的，要怎么实现呢，谢谢
A:
算单个分子做优化、单点之类，都是当成真空环境。算热力学数据是当成1atm理想气体下，否则没法定义分子的平动项对热力学数据的贡献
Q:
那我想得到1atm下的热力学数据，怎么实现，老师或者说，算不了1atm下的热力学数据
A:
freq默认就是1atm下的
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2016.05.16 18:26:02
Q:
Sob老师，我现在用Multiwfn 和VMD画静电势图，期中第二步说只设置carbon 和oxygen的ColarID出现表面极大点和极小点，现在我的体系里有N原子还有S原子，需要设置吗？
A:
不是一码事。设氧、碳是对Multiwfn导出的含有表面顶点的.pdb而言的，你说的那是你分子结构自身的.pdb
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2016.05.16 18:27:29
Q:
error cancelation 请问这是啥意思
A:
误差抵消
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2016.05.16 18:31:58
Q:
我看您在片段组合波函数里说道：“对称破缺态是指波函数对称性低于当前分子结构的对称性，自旋极化单重态总伴随对称破缺的出现，而出现对称破缺又必然存在自旋极化，所以除了个例，二者指的是同一种态。”那对于本来就没几何对称性分子那对称破缺态怎么理解呢？
自旋极化什么时候合对称破缺不表示一个态呢
A:
对称破缺可以理解得更广义一些，没必要非得是对有对称性的体系来说。也不必纠结于这些词。
----------------------------------------------------
2016.05.16 18:39:58
Q:
老师我自己在Gview上构建的结构的输入文件的坐标和您给的输入文件不一样怎么办？
A:
不一样就不一样，调成一样就完了。如果只是笛卡尔坐标不一样，但内坐标一样也没关系
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2016.05.16 18:40:23
Q:
[图片]这种图，在vmd中能画出来吗？新手求指点~~
A:
VMD直接画不出来（除非能找到一些插件），你可以算出残基的RMSF，然后放到origin里画
----------------------------------------------------
2016.05.16 18:45:57
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
闭壳层体系不可约表示都是A1。
Q:
谢谢老师，那轨道的对称性是不是从这里看？[图片]谢谢老师
A:
是
Q:
那对称破缺广义理解就是alpha,beta电子空间轨道不一致吗
A:
算是吧，这种情况也就是自旋极化的情况
----------------------------------------------------
2016.05.16 18:49:36
Q:
sob老师Counterpoise可以用于Scan里面吗，我把您的例子改了下加了Counterpoise=2，之后算出来的能量一直是一个数值不知道是不是不能这样直接在扫描里面修正？[图片]
谢谢老师
[图片]结果一直是一个值，去掉分片以后就没有这个问题了
A:
别把这俩搅合在一起。可能会导致高斯陷入混乱
Q:
恩恩，谢谢老师，那如果要算N2-N2的弱相互作用就只能一个距离一个距离的给每次单独计算校正后的结果是吗[表情]@Sobereva
A:
你就用有足够弥散函数的基组就完了。这么小的体系aug-cc-pVTZ毫无压力，此时BSSE也并不太重要
如果非要每个点都做counterpoise，那只能自己写个小脚本了
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2016.05.16 19:02:41
Q:
sob老师multiwfn做的图[图片]成散点了没事吧@Sobereva
A:
没事啊
Q:
原文说有spike我这没了
A:
不要太关注spike，看等值面图
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