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标题: 求助几何优化收敛但是碳氮键过长，结构很不合理（已解决） [打印本页]

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Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-24 19:49
标题: 求助几何优化收敛但是碳氮键过长，结构很不合理（已解决）
本帖最后由雾雨魔理沙daze 于 2022-10-25 12:40 编辑

用Gaussian进行opt freq任务，结构如图一，问题出在绿圈圈住的碳氮键。优化出的结构中碳氮键过长，十分不合理，但是观察能量变化却确实收敛了。新手第一次碰到这种情况，不知道是怎么回事以及该怎么办，谢谢各位老师！已贴上gjf和log文件

作者
Author: chands 时间: 2022-10-24 20:02
本帖最后由 chands 于 2022-10-24 20:10 编辑

你的体系不是碳正离子碳自由基吧？
如果不是，跟磷原子相连的一个C缺了个H。

作者
Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-24 20:16
本帖最后由雾雨魔理沙daze 于 2022-10-24 20:19 编辑

chands 发表于 2022-10-24 20:02
你的体系不是碳正离子碳自由基吧？
如果不是，跟磷原子相连的一个C缺了个H。

哦哦，老师，那个地方应该是碳磷双键。这个问题影响大吗？我记得gviews的成键显示单键或是双键三键等好像是不影响计算结果的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-24 20:18
先限制这个C-N键长，做限制性优化，再放开限制，优化到收敛，看看结果如何。
如果C-N键还是解离了的话，说明你画的这个分子很可能本身就不稳定，C-N键会自发解离。

作者
Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-24 20:20

wzkchem5 发表于 2022-10-24 20:18
先限制这个C-N键长，做限制性优化，再放开限制，优化到收敛，看看结果如何。
如果C-N键还是解离了的话，说 ...

好的，我试试，谢谢老师

作者
Author: chands 时间: 2022-10-24 20:23

雾雨魔理沙daze 发表于 2022-10-24 20:16
哦哦，老师，那个地方应该是碳磷双键。这个问题影响大吗？我记得gviews的成键显示单键或是双键三键等好像 ...

看错了。现在看明白你的体系。
可能位阻有影响，把位置调一下，键长调一下，如楼上说的，做限制性优化试试。

我不知道溶剂分子是否能稳定分子。如果是，（可能）要在电荷集中区域附近显式摆几个溶剂分子出来。

作者
Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-24 20:23

wzkchem5 发表于 2022-10-24 20:18
先限制这个C-N键长，做限制性优化，再放开限制，优化到收敛，看看结果如何。
如果C-N键还是解离了的话，说 ...

是按这个很长的长度来限制吗

作者
Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-24 20:25

chands 发表于 2022-10-24 20:23
看错了。现在看明白你的体系。
可能位阻有影响，把位置调一下，键长调一下，如楼上说的，做限制性优化试 ...

好的，谢谢老师！

作者
Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-24 21:18
本帖最后由雾雨魔理沙daze 于 2022-10-24 21:49 编辑

chands 发表于 2022-10-24 20:23
看错了。现在看明白你的体系。
可能位阻有影响，把位置调一下，键长调一下，如楼上说的，做限制性优化试 ...

（后补：已明白，谢谢！）请问做限制性优化是直接冻结这个很长的键长吗？还是缩短键长再冻结呢？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-24 21:41

雾雨魔理沙daze 发表于 2022-10-24 13:23
是按这个很长的长度来限制吗

按短的来限制。
之所以要这么做是因为，不确定这根C-N键是本来就要断，还是只是因为初猜结构摆得太挤了才断的。限制性优化是为了排除后一种情况

作者
Author: RAL 时间: 2022-10-24 21:44

雾雨魔理沙daze 发表于 2022-10-24 21:18
请问做限制性优化是直接冻结这个很长的键长吗？还是缩短键长再冻结呢？

这初猜有点差劲，跑散了正常，要在初始结构中这个键还很短的时候就冻结，优化好了再放开限制重新优化。限制性优化可以用便宜的方法来做，比如GFN2-xtb就挺好

作者
Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-24 21:49

wzkchem5 发表于 2022-10-24 21:41
按短的来限制。
之所以要这么做是因为，不确定这根C-N键是本来就要断，还是只是因为初猜结构摆得太挤了 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-24 21:56

RAL 发表于 2022-10-24 21:44
这初猜有点差劲，跑散了正常，要在初始结构中这个键还很短的时候就冻结，优化好了再放开限制重新优化。限 ...

哦哦，好的，谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-24 22:58
帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。这次给你改了，下次乱用叹号直接删帖扣分处理。

作者
Author: 雾雨魔理沙daze 时间: 2022-10-25 00:02

sobereva 发表于 2022-10-24 22:58
帖子标题不得乱用叹号，置顶的新社员必读贴以及http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html都明确说了。 ...

好的，一定注意

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