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标题: 通过sobtop生成的小分子拓扑结构，之后依然按新手教程进行分子动力学模拟吗？ [打印本页]

作者
Author: 347lixin 时间: 2022-10-24 23:53
标题: 通过sobtop生成的小分子拓扑结构，之后依然按新手教程进行分子动力学模拟吗？
本人通过ORCA+Multiwfn+sobtop生成小分子拓扑结构（参考(18条消息) 整理的几种适用于GROMACS输入的小分子拓扑文件获取流程_CocoCream的博客-CSDN博客_gromacs gro文件），生成了小分子拓扑结构，之后依然可以按照新手教程进行复合物拓扑结构的生成和分子动力学模拟吗？还是需要将生成的gro，itp，gro文件进行某些修改呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-25 00:59
“拓扑结构”语义不明，拓扑文件是拓扑文件，几何结构文件是几何结构文件

如果你是要模拟分子复合物，应当对每类分子分别用sobtop产生拓扑文件（不要直接用sobtop对整个复合物产生拓扑文件）

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