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标题: 求助用动力学还是genmer筛选的问题 [打印本页]

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-10-25 10:12
标题: 求助用动力学还是genmer筛选的问题
文献中做了单乙醇胺：咪唑=2；1的构型搜索，用了几百个分子跑了常温常压50ns动力学，然后找出其中2；1结合的构型，再用gaussian优化得到了如下
我是用社长的genmer搜索的，弄了2000个构型，然后逐步筛选最后得到了这个，还比文献多一个氢键

。
现在想请教一下各位老师①实验条件下不会只有单纯的三个分子相互作用，文献中使用动力学得出的构型周围还有其他分子的影响，所以可信度是不是比genmer的到的构型可信度更高。
②我弄出来的这个构型有没有啥毛病
③对于这种简单分子，跑动力学筛和genmer筛该如何取舍

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-26 15:51
你先明确你到底要研究什么
诸如你就是要研究气相中两个单乙醇胺和一个咪唑的三聚体结构，显然genmer是最方便的，完全没必要麻烦地跑动力学

作者
Author: dzdhp 时间: 2022-10-26 21:03

sobereva 发表于 2022-10-26 15:51
你先明确你到底要研究什么
诸如你就是要研究气相中两个单乙醇胺和一个咪唑的三聚体结构，显然genmer是最方 ...

就是气相下的，这两个可以形成低共融物，实验室也做了一个低共融物出来，看文献基本都是用动力学的方法跑的，但是又觉得genmer方便很多，所以才有此几问

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