公社群聊Q&A整理：2016.05.16 20 ~ 2016.05.18 05 Concate - 计算化学公社

2016.05.16 19:06:22
Q:
sob，什么时候自旋极化和对称破缺值的不是一回事呢
A:
自旋极化确切来说是指物理上的实际现象，对称破缺则是相对于基于单行列式方法(HF/DFT/半经验)计算而言的概念
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2016.05.16 19:22:26
Q:
[图片]
能从dos 图上看出具体s轨道是属于哪个原子吗？
并且是什么s轨道
2s还是3s
A:
哪个原子看不出来
至于2s还是3s，根据原子2s和3s原子轨道能量可以判断，二者之间能量相差甚大，看哪个和图中能量范围接近
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2016.05.16 19:25:50
Q:
sob老师，请教一个问题，关于高斯中优化的结构是否是0K的结构？
记得你课上有提到，解电子薛定谔方程，没有涉及到温度。但在解谐振子模型的薛定谔方程的时候，其零点能是0K的能量。所以总的能量是电子的能量+振动零点能。
Q1：结构优化的时候是否综合考虑了振动和电子的贡献？如果是，是否可以说明优化的结构是0K的结构？
Q2：还是说在求的电子能量的最低势能面后，在此基础上，做振动方程的求解？如果是这个情况，那么温度的贡献是否对结构没有影响，仅仅是用热力学的计算？
A:
诚挚希望大家回去后一定要把讲义从头到尾看至少两遍
[图片]
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2016.05.16 19:30:00
Q:
sob老师，请教一个问题。如果想计算两个蛋白之间形成二聚体的强度（譬如难易程度、比率等），“讲究的人”应该怎样一步一步用计算机来模拟呢？谢谢！@Sobereva
A:
这个一般得做分子动力学模拟考察，先把两个蛋白放得比较近，然后跑MD，会自发调节到合适的二聚体结构。然后你可以基于分子力场或者半经验，结合GB溶剂模型，算算已经平衡后的轨迹中各个帧的相互作用能，再求平均。
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2016.05.16 19:34:44
Q:
谢谢万能的sob大神！回头按照您说的关键词，找文献学习。请问gromacs培训班时间定下来了吗？迫不及待要参加了。@Sobereva
A:
还没
只能保证今年内会办
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2016.05.16 19:39:12
Q:
谢谢sob
[图片]
这个里面貌似能知道属于什么原子，不知道是怎么搞的
A:
大抵是绘制PDOS时就已经设好考察的是哪个原子的什么角动量轨道。至于能说是4s，是因为这是价层轨道。
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2016.05.16 19:50:41
Q:
Core-electron binding energy (CEBE)
这个怎样计算，高斯能够算吗？取哪儿的值？
A:
如果是体系与内层电子的结合能，直接看内层分子轨道的轨道能级应该就可以
Q:
我看到这个：
[图片][图片]
我说的就是这个
Ps: 怎样看内层分子轨道的轨道能级？
A:
高斯算完单点直接就输出了，也可以Multiwfn里主功能0选左上角show orbital info，会把所有轨道能级列出来
Q:
那个内层电子的结合能就是第n个电离能，外层价电子的结合能是第一电离能，对不对？
如果求第二电离能，一个一个电子失去的能量和（ΔE(M→M+)+ΔE(M+→M2+)，和一次性失去两个电子的能量（ΔE(M→M2+)），哪个算的更准？
A:
不是第n电离能，而是直接电子从内层被打跑，此时外层电子还没电离
第二电离能对应于ΔE(M+→M2+)
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2016.05.16 19:51:21
Q:
老师，我计算用vasp。想看每一步计算的动画，但是vmd显示unable to load molecule。应该怎么处理？
A:
可能载入时选的格式不对
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2016.05.16 19:55:54
Q:
老师好，请问一下，可以做某个轨道的电子云密度分布图吗？
A:
用Multiwfn
进主功能6的选项26之后，把其它轨道占据数都设成0，然后再绘制电子密度图就是那个轨道的了
Q:
sob老师，不好意思，再请教一下。那个电子密度图的绘制应该如何操作呢？我在手册上没找到
A:
看你绘制什么样的，曲线图、平面图、等值面图分别看Multiwfn手册4.3、4.4、4.5节的例子
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2016.05.16 19:58:07
Q:
请问在multiwfn如何将分子存为pdb格式？找半天没找到。
A:
主功能100选项2
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2016.05.16 21:03:49
Q:
我是新进群的，请问什么培训班呀
网络的吗？
A:
http://www.keinsci.com/workshop/2KBQC.html
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2016.05.16 21:07:41
Q:
[图片]
[图片]
老师我按你的博文弄的Linux批量执行任务，出现这个改怎么解决？
A:
dos2unix转换.sh文件
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2016.05.16 21:24:29
Q:
老师，输出 Isotropic total susceptibility = -32.9431是不是总磁化率，单位是au?带一个单电子肯定顺磁性吧，怎么算出来也是负的呢？
老师，我用高斯的cas 算垂直激发能和优化第一激发态，一直收敛失败，这样的话应该怎么改？[图片]
老师，关于磁化率那个问题您看到了吗？
A:
用态平均，基组设小点再试
参考点取哪里是由自己根据实际问题判断的
A:
带单电子的有永久磁矩，但这和磁化率大小和数值是两回事
Q:
也就是不能用磁化率说明分子的磁性？那用什么表征呢，各向异性值解释芳香性没问题吧？
A:
整个团簇都计算
磁化率考察的是外加电场后磁化率的改变程度
磁性更多说的是永久磁矩，即没有外磁场下的磁矩
可以解释芳香性，不过比这好用的芳香性指标多得是，也没太大必要用这个
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2016.05.16 21:30:27
Q:
是否可以考虑将思想家门口博文结集出版，这些文章太有用了，方便我们放在手边查阅
下半年要考虑出书，你可以期待一下
哇塞，太棒了，出书了，多买几本！/转圈
蛤？Sob说过下半年出书？
很期待下半年那本吊打市面上各种教授著作的量化神书
社长大人说的是最快今年年底
社长大人说的是最快今年年底
A:
至于出书那事，今年年内肯定没戏，市面上买到最快也得是明年
而且内容，肯定不可能直接是把博客文章简单的收集，直接到网上随时免费就能看，哪还有人去买书
而且书的内容，绝不可能代替我讲的培训，而是起到形式上的互补的作用
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2016.05.16 21:36:21
Q:
请问：如果比较不同离子状态的同一分子，ELF等值面图设为定值，比如0.87，定性比较是有意义的；此外，Chimera下所measure的表面积和体积可以定量比较吗？谢谢！
magic 我算的是很接近的
我没算过自由基
A:
有意义，可以比
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2016.05.16 21:52:30
Q:
请问下，优化激发态的时候， density 是直接写成 Td=(nstate=10,root=2, density)么？
然后再优化激发态过渡态的时候用#p opt=(TS,modRedundant,noeigen) 就可以了么？需不需要加TD等关键词？
A:
当然得写TD，否则找的是基态的
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2016.05.16 23:02:34
Q:
[图片]请问大家用高斯计算NBO时候遇到这样的错误提示是什么原因呢？
A:
换个全电子基组，或者用更新的NBO版本
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2016.05.16 23:15:19
Q:
老师，请教您一个问题，怎样multiwfn软件计算轨道重叠积分S，手册上没有？
谢谢
A:
手册绝对有，看3.200.10节。手册超详细的
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2016.05.16 23:18:06
Q:
sob老师，我请教一个MD的问题。请问径向分布函数中的g(r)的峰值应该怎么理解
sob老师，我请教一个MD的问题。请问径向分布函数中的g(r)的峰值应该怎么理解@Sobereva
A:
峰的大小表示周围被统计的原子密度在这个径向位置是相对于平均值的几倍
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2016.05.16 23:24:33
Q:
[图片]各位老师，不一致的键级是什么意思呢？我是按笛卡尔坐标输入高斯的，为什么会有这个东西？网上也没有类似的报错。
A:
关键词列出来
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2016.05.16 23:26:59
Q:
老师，我想做这个化合物的二面角扫描，请教在做二面角的时候是不是应该将 2-1-13-19 和 6-1-13-14 两个二面角作等价？但是在矩阵中却没有找到 6-1-13-14 二面角，请教老师应该怎么处理；另外C19（甲基）上的三个H原子用考虑么，求教老师。
[图片]
A:
你做柔性扫描就完了，最省事，modredundant就直接写要扫描的那个二面角。输入文件里是否出现那个二面角无所谓。
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2016.05.16 23:50:40
Q:
[图片]
我是在做QST3寻找过渡态
A:
哪能用这基组
不用QST3，改用opt=TS最省事
Q:
是6-31g基组太小了吗
A:
和这个没直接关系，只是顺带吐槽
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2016.05.16 23:52:39
Q:
老师我算的5d过渡金属测试了基组只有赝势基组可以算现在用的是gaussian09@Sobereva
A:
怎么可能只有赝势基组能算，你优化时候用赝势，单点时候用全电子基组结合DKH2不就完了
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2016.05.16 23:54:57
Q:
请问老师用GVIEW打开chk文件出现[图片]是什么造成的？
A:
确保没有中文路径，机子里已经装了高斯
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2016.05.16 23:58:37
Q:
老师优化出现L301是选择的基组不对吗[图片]
A:
基组写得不对
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
Q:
老师，我也是按那个自定义基组来写的是基组选择错误吗
A:
格式错误
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2016.05.17 00:02:21
Q:
谢谢！追问一下，这个表面积的物理意义是什么呢
A:
ELF表面积倒没什么物理意义
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2016.05.17 00:06:06
Q:
请教各位老师一下，高斯td优化三重态出现错误Invalid value of MaxDer in TPSSx可以解决吗，还是只能换泛函
A:
换泛函。本来TPSS这也不是什么适合激发态计算的泛函，莫名其妙老有人试图用
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2016.05.17 00:07:49
Q:
老师我是在Linux服务器上算的，我输入前面是这样的[图片]
A:
先在linux下转换成fch再放windows下打开
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2016.05.17 00:08:58
Q:
sob老师，虚频 -283[图片]这个过渡态应该算吧
现在irc算不下去
A:
看振动模式，差不多对就算对
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2016.05.17 00:14:07
Q:
群里有做硬件销售的没？有的话，请联系一下我吧，我想配个小机子
A:
这是思想云服务器的销售的电话你可以问问
13901240378
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2016.05.17 00:26:39
Q:
我想问问各位高手和各位专家：
linux版本的高斯09需要多少钱？
从哪里购买？
[表情]
A:
看高斯官网http://www.gaussian.com/g_prod/prix.htm
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2016.05.17 00:37:09
Q:
老师，之前我问您关于轨道重贴积分的问题，您给我说了具体的章节。我下来看发现，我的使用手册是不是过时了，刚好没有那一章节。我在哪里能够下载到最新版本的Multiwfn的使用手册?
A:
官网啊
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2016.05.17 00:47:29
Q:
我记得一起有人说，现在量化领域有一批研究约化密度矩阵的，他们是在研究什么呢？他们想解决什么问题？
A:
不借助波函数，直接利用约化密度矩阵来得到薛定谔方程的解
Q:
我怀疑早期一大批人都想用约化密度矩阵做，然后走不下去了。然后大家往DFT跟post-HF走。留下一些副产品能用上，比如那个自然轨道。
我只是猜得啊，我没看这个发展历史。而且好像跟双电子相互作用加和那一项有关。
A:
任何理论方法得到的波函数都可以转为密度矩阵形式描述
Q:
那个密度矩阵是所有占据轨道贡献的吧？
约化指的是少了一个电子，对其他电子坐标积分么？
A:
积分掉多余的电子坐标就是约化密度矩阵
二阶约化密度矩阵就是积分掉r3,r4...rN
一阶约化密度矩阵就是平时量化常说的密度矩阵，r2~rN全都积分掉了
因为薛定谔方程有单粒子和r12项，所以二阶约化密度矩阵原理上就已包含了体系一切信息，看似比直接从波函数上求解更简单，但实际技术上则很困难
Q:
技术上困难，为什么还要用约化密度矩阵？
A:
有些人闲得慌
Q:
嗯，谢谢老师，我再算算您推荐的其它方法
老师，那个密度重整化群和约化密度矩阵有关系吗
A:
没太大前途、实际意义不大的东西翻来覆去搞，不断出paper
QMC等技术在一定程度上也类似
约化密度矩阵方法的较新的发展可以看看Acc. Chem. Res. 2006, 39, 207-215
约化密度矩阵的基本概念推荐看Methods of molecular quantum mechanics (2ed,McWeeny R, 1992)的第5章
Q:
[表情]那个能解决自相互作用跟电子相关问题？
A:
能
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2016.05.17 00:48:05
Q:
[图片]老师：您好！最近在看您的态密度分析的帖子。您文章中说红色的线接近接近黑色的线，说明氧的2P轨道贡献分子轨道（因为O的价层轨道是2P，所以说是2P轨道的贡献），我想请问一下，如果我的价层轨道是d轨道，是否就说明是d轨道的贡献。谢谢~~~老师！
A:
既然你都知道那个MO是d轨道了，显然是d轨道贡献了
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2016.05.17 00:51:02
Q:
请问，用Multiwfn做Hirshfled surface分析，要对选取的所有分子进行波函数计算，还是只对其中一个分子进行计算?有做过的吗？谢谢！
A:
记错了，不用计算，只要提供自由状态原子密度即可
看手册4.12.6节的例子
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2016.05.17 01:03:23
Q:
老师：您好！您的DOS分析中有一个选项是-4，指出，可以得到费米能级。请问该计算得出的费米能级使用有什么局限性吗？谢谢~~~
[图片]
A:
分子体系没有严格意义的费米能级。Multiwfn里费米能级直接取HOMO能级而已
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2016.05.17 01:09:12
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
不一码事
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2016.05.17 01:11:21
Q:
请问这种说法正确么“自旋污染导致在看来是我们期望的波函数中，混合进了一点其他的自旋态。这种情况下由于有了较多的变分自由度，有时候会导致轻微的降低计算的总能量。更多的情况是因为较高能量态的混入导致总能量的轻微升高。” 关于自旋污染导致能量降低的说法
A:
没错
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2016.05.17 01:28:53
Q:
谢谢您的解释，[图片]就按您推荐的方法，[图片]正的，就说明NICS为负，芳香性吧？
A:
只要环是在XY平面上，并且Bq位置设合适了，就是如此。不过NICS_ZZ=-1.89的芳香还是非常弱的
Q:
NICS(0)_zz[图片]，NICS(1)_zz[图片]符号不一致，是不是算错了？
A:
正常
0主要反映的是sigma电子，1主要反映的是pi电子
Q:
讨论就用NICS(1)_zz=-1.89？
A:
看具体问题。
有的体系有sigma芳香性，这时候就不能光看1的
Q:
我这个就是sigma反芳香，pi弱芳香？
A:
结合其它方式考察，诸如看轨道，算AICD环电流，算多中心键级
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2016.05.17 01:36:14
Q:
老师, 请教一下, 如果想研究一个体系的弱相互作用, 体系由阴阳离子组成, 哪我只需要在阴离子加弥散还是整个都体系都要加?
A:
只给阴离子加
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2016.05.17 01:48:41
Q:
老师，在计算速率常数时，双分子反应，需要分别倒入两个分子结构。但是，在算能垒的时候，您上次说用复合物的能量，这两者会有造成差别吗
A:
肯定会有
当成双分子反应来考虑就用两个分子独立状态作为初态
Q:
那我这样算也不算错吧？
A:
不算错
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2016.05.17 02:14:22
Q:
老师， [图片]，格式nf10.8 是什么意思？
A:
总长度为10，小数位为8
诸如3.14159265
学过fortran就知道了
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2016.05.17 03:53:58
Q:
用SDD基组时
自己编写的基组时
内层电子是不一样，算得的能量就会差那么多吗
那差的那么多，没有什么方法可以转化一下，让差不多吗
差这么多，就没有可比性了呀
那对于锕系元素，除了sdd 基组，还可以用什么基组呢
就是因为用SDD收敛比较困难，想换其他基组，自己编写基组算了一下能量差那么多
总能量不同没有任何问题
A:
那就是说有的条件下能聚集有的不能
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2016.05.17 04:03:35
Q:
请问有用yasara软件的吗？他可否计算分子的可及表面积？
在哪里可以计算某分子的可及表面积呢
A:
用VMD算SASA就完了
yasara用的人很少
Q:
我想算亲疏水性
亲水的和疏水的各是多少
A:
VMD一样能算，选择范围选择亲水和疏水残基就完了
Q:
小分子的也可以吧，VMD
谢谢您，我去看看。
A:
看原子距离的话，用graphics-label足矣
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2016.05.17 04:12:19
Q:
[图片]请问一下，在VMD要计算c端和N端的距离变化情况，这个地方的selection1 和selection2中要怎么填写？
能看随时间的变化过程吗？
A:
can
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2016.05.17 04:31:56
Q:
大神们，有计算过CeO2的没呢？还有就是计算团簇排列的小软件是什么呢
A:
有问题直接问
Q:
那个CeO2该怎么建模呢
高斯算出来的一点也不收敛
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577
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2016.05.17 04:40:34
Q:
[图片] 老师，这三个曲线代表的过程都是自发的吗？@Sobereva
A:
第一个够呛
Q:
因为一开始就大于零是吗
A:
y
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2016.05.17 04:42:47
Q:
[图片]
[图片]
请问老师，这三行数据表示什么意思呀？
A:
点数字键1，标记几个原子，看看那几个原子这些信息一动脑就知道了
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2016.05.17 04:49:14
Q:
金属团簇的收敛比登天还难
金属团簇的收敛真是太难了，以后再不做这个金属了
A:
y
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2016.05.17 05:00:12
Q:
三重态为基态的分子，基态是不是应该写成T0 态？
直线型分子这样表示
非直线型的分子不能这样表示吧
A:
Sn、Tn这种表示是普适的，可以用于任何体系
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2016.05.17 05:11:01
Q:
请教下大家 gaussian的B01版本不能算anharmonic？
A:
能算
Q:
同样的输入文件除了内存和核数指定不一样，用Multiwfn读，有的提示是否读非谐有的直接读出来简谐是什么鬼
还有gaussview直接给出的都是简谐振？
A:
最新版本Multiwfn读最新版本Gaussian产生的非谐振输出才能正确处理
不可能不可能不可能仅仅仅仅仅仅因为内存和核数设定不一样而读取不一样
Q:
一个是用B01，一个是D01 是这个原因吧
A:
显然是
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2016.05.17 05:18:10
Q:
老师顺便问下暑假会有培训吗我们组就我自己用gaussian 遇到问题总是得花费大量时间去查连小问题都是实在太困难了
A:
可能有
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2016.05.17 05:24:35
Q:
知道了298.15k的反应焓怎么算不同温度和压力下的反应焓来着？
A:
你得有freq任务产生的chk文件，然后用freqchk得到不同温度下的结果
Q:
老师高斯算的是298.15k和1atm的chk文件，是用这个文件得到其他温度的数据吗？
A:
复习一遍讲义上热力学数据计算部分，都很详细地提到了
Q:
还是有点不明白，比如c+O2=CO2,要想得到这个反应1Mpa，300K的反应焓，是从这个反应在298.15k和1atm的chk文件直接得到，还是利用C，o2,co2在298.15k和1atm的chk文件得到1Mpa，300K的反应焓然后通过CO2-O2-C得到？
是，我知道这点，就是分别计算反应物，生成物在1Mpa，300K的反应焓，然后反应物-生成物的反应焓就可以了吧？
A:
反应焓是对整个反应而言的
没法说反应物、生成物的反应焓
Q:
对，说错了，就是分别计算反应物，生成物在1Mpa，300K的生成焓，然后反应物-生成物的生成焓就得到此条件下的反应焓了吧？
A:
恩
Q:
这个chk文件只能是由freq任务计算得到的才行吗？用opt+Fre得到的chk可以吗？
这个chk文件只能是由freq任务计算得到的才行吗？用opt+Freq得到的chk可以吗？
老师这个chk文件只能是由freq任务计算得到的才能计算其他温度和压力下的生成焓吗？用opt+Freq得到的chk可以吗？
A:
可
Q:
[图片]
我刚试了下opt+Freq得到的chk，貌似不行啊
[图片]
A:
找个小分子，算一遍，绝对行
Q:
哦，大分子是不能算吗？
A:
一样
我是说拿个水之类的一试你就知道那样能行
当前报错是因为乱七八糟的理由
Q:
老师这是我的gjf关键词[图片]算出的chk文件不会影响吧?
A:
原理上没问题
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2016.05.17 05:30:10
Q:
sob老师，对于闭壳层体系，用ccsd（t）方法计算能量的时候，加上限制性r，比不加快很多。计算结果是一样的吧？加上限制性，是不是就对alpha和beta电子配对的两部分用一个空间轨道描述，从而减少了计算量？那以后对于闭壳层体系，我都加上r，来减少计算量？
A:
闭壳层体系本身默认就是限制性计算，加不加r耗时绝对一样，结果绝对一样
Q:
我用gview的calculate写gjf文件的时候，直接出来的是rccsd，我修改的时候把有的同体系的文件的r删掉，结果rccsd（t）结束很久了，ccsd（t）还没结束，这是什么情况呢？
A:
gview加r多此一举
不要被表象迷惑，仔细对比输出文件
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2016.05.17 05:39:47
Q:
老师，同样的两个分子，位置不同，只是计算能量，为什么计算耗时会差距这么大？只计算能量时，耗时与什么有关呢？
A:
对比输出文件
可能某个迭代难收敛之类
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2016.05.17 05:41:44
Q:
各位大神们你们用的是哪个翻墙工具。
A:
二师兄VPN
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2016.05.17 05:47:59
Q:
sob老师您好，在计算一个小分子有机物的前线轨道能量的时候有没有必要添加弥散函数？@Sobereva
A:
完全没必要
凡是讲义基组那一节里讲弥散函数的时候没提的情况一律不加
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2016.05.17 05:49:20
Q:
老师，我有一个问题，我用b3lyp进行几个构型优化，然后基于这个几何构型用pbe38优化激发态，我算出的t1和s1的能量准确吗？
A:
合理
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2016.05.17 05:57:32
Q:
有没有review来个大盘点。把那些QMC，约化密度矩阵，格林函数那些非主流方法都讲讲，总碰到这些东西，然后一无所知
A:
一个review内不可能都有
Q:
前几天有个人Review了QMC处理弱相互作用。
A:
QMC算弱相互作用真没什么意思
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2016.05.17 05:58:47
Q:
mayer键级分析两个原子间有成键，ELF只找到氢桥键的basin，这个合理吗？
A:
看ELF等值面图，先甭管盆分析
Q:
甭管盆分析？
sob是说ELF比盆分析靠谱吗？
A:
ELF更直观
上升到定量细致地讨论再考虑盆分析
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2016.05.17 06:00:06
Q:
老师，我算的分态密度图出现了负值[图片]，这个结果合理吗？
A:
这是Mulliken划分造成的，改用SCPA可避免
如果体系有弥散函数一定要去掉
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2016.05.17 06:06:50
Q:
计算激发态的过渡态需要加td 关键词，那么计算激发态的过渡态时候需不需要在td. 后面指定root 和nstate?
A:
需要root指定感兴趣的态
Q:
那这个root是跟我优化激发态分子结构时候的root是一致的吧？
A:
考察哪个激发态势能面上的过渡态就设几
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2016.05.17 06:50:32
Q:
老师，您之前说是用复合物计算能垒，这样确实出现不了负能垒的结果，因为做了IRC验证。但是，在计算反应速率常数时，将反应物产物都是单独存在的，这个时候发拟合的阿伦尼乌斯公式中，斜率是正值，即对应的活化能为负值。这个就存在很大问题。我不知道怎么解决好
A:
负值也是正常情况
去看《怎样理解负活化能》
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2016.05.17 13:05:29
Q:
so b老师，如果要用gaussian计算100个原子体系分子的激发态，什么配置的服务器能达到温饱线呢？@Sobereva
A:
intel 16核就行
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2016.05.17 16:22:10
Q:
FormBX had a problem。请问sob老师FormBX什么意思？@Sobereva
A:
讲义里几何优化那一节说了怎么处理。FormBX的含义开发者才知道
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2016.05.17 17:40:53
Q:
请问大家，为啥我的发票验真不成功呢，就是报名的发票？
四月份开的呀
4月27号的发票
我的现在还不行
A:
发票绝对100%是真的，看看到底输错没有。以及查询的渠道到底是否正确
Q:
好的，谢谢
A:
如果自己死活查不出来是真的，把发票照片，包括刮出来的密码部分直接照片发给我，我给你发官网上查出来是真的的截图
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2016.05.17 17:47:21
Q:
sob老师，请问使用cygwin去安装Amber与http://sobereva.com/263里面提到的安装有什么区别或者不同步骤吗？
A:
甭用cygwin，用vmware虚拟机。cygwin早过时了
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2016.05.17 17:58:12
Q:
请问下，在算AuO的分子，它在def2tzvp下DFT函数比CCSD(T)的结果还要好，这种结果正常吗？
A:
“DFT函数”是完全错误的说法
如果结果恰好DFT泛函精度更高，多半是巧合
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2016.05.17 18:15:15
Q:
想买塔式的服务器请问撺机的可信吗？有攒过的吗？撺的和品牌的价钱差好多的有攒过的介绍下呗谢谢啦
机架式吗？
A:
可靠
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2016.05.17 18:29:32
Q:
[图片]
[图片]
我在机房做维护
管理员出差了
[图片]
基本上我一个人在用
一个节点8核
服务器断电一次，任务中断。
然后我使用
%RWF=myrwf
%NoSave
%Chk=mychk
#P ...
继续运算。
需不需要在原来的节点上运行？
[图片]
不行呀
A:
只要两个节点软件环境相同就行
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2016.05.17 19:27:01
Q:
[图片]各位大牛，请问我想让右边的N2沿x轴向右移动做扫描，但是几何里面好像不让写x+1.094,我如何让两个原子一起动呢
A:
就做柔性扫描就完了，扫描中间两个N---N距离。或者让最右边的N参考右2的N来定义其距离
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2016.05.17 19:31:51
Q:
请问大神，在高斯中用amber力场时，会提示补充力场参数，但是，无论如何，高斯不会提示缺少二面角参数，难道二面角参数不需要补充吗？
A:
需要补。也没准儿是用了自带的通配符匹配的参数
把所用力场参数直接打印出来就知道用的到底是什么了
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2016.05.17 19:40:41
Q:
还有用kishelp读取的能量值和log文件里也不一样
我想求教sob老师如果我想计算一个电化学反应随着压力变化的热力学量不能对单个原子加压那需要如何操做呢？类似建动力学模型来模拟群体分子的行为吗？有没有简单的方法可以解决？求老师指教[表情]@Sobereva
A:
必须做动力学，或者其它方式考虑，光是高斯freq时候设个压力没用。高斯只是当成理想气体考虑到
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2016.05.17 21:41:08
Q:
请问无论我用高斯打开哪一类输入文件都出现如下图的报错，怎么解决？谢谢
[图片]
A:
确保c:\gtest目录已经建立了
Q:
好的，谢谢sobereva老师，我试试
请问老师，输入文件里我没有写chk文件位置，依然报错，求解[表情][表情]
A:
发当前的截图
并且确保scratch目录存在并且可读写
[图片]
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2016.05.17 22:06:02
Q:
您那有推荐的撺机公司吗？您之前推荐的云计算的那个公司能做吗？
A:
能
但那个不是攒，而是定制，要什么内存、CPU、硬盘、GPU可以自己选，但是主板机箱电源这些都是固定的，类似套装的概念
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2016.05.17 22:59:46
Q:
请问老师，怎么样才能把所用力场参数直接打印出来呢？
我用高斯里的amber力场方法，总是不收敛。是不是没补充二面角数参数的缘故？
A:
[图片]
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2016.05.17 23:21:27
Q:
老师，如何让Multiwfn输出的结果直接生成文本文件，而不是一次一次地在屏幕上选择
setting里有选项吗
比如分析超极化率输出
重定向输出
怎么设置呢
怎么设置呢
手册里有
[表情]
找到了就不问了
你搜个redirect看看能不能搜到
[表情]
一共有三个
[表情]静等社长大人
A:
用重定向方式运行，看手册5.2、5.3节
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2016.05.18 01:14:12
Q:
[图片]老师，这个算符期望值应该算什么态？
A:
不好说，自旋污染太大
Q:
怎么看出啊？是从pi轨道跃迁到弥散型的
A:
看<S**2>
Q:
是啊，和0、2、0.75都不沾边
从pi轨道跃迁到弥散型的是不是就是里德堡激发？
A:
是
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2016.05.18 01:26:03
Q:
[图片] 老师，这里纵坐标是以10为底的对数，但是，实际上好像需要LN是以e为底，我需要把数据导出来重新画图吗
A:
需
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2016.05.18 03:11:36
Q:
--------Markdown Markdown--------
A:
--------Markdown Markdown--------
可以
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2016.05.18 03:12:37
Q:
so b老师，我要计算一百原子都是体系激发态，需要多少内存呢？
A:
看什么级别
先算算试试
Q:
我打算配个服务器，不知道64g内存是否够
A:
够
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2016.05.18 03:16:10
Q:
请问下使用multiwfn 在用高斯生成wfn文件时，com文件中不能考虑溶剂化模型吗
A:
谁说不能？
Q:
[图片]
老师这是我计算的文件
A:
ugly
Q:
^M 是什么鬼？
A:
scrf写read干嘛
Q:
换行符么……
A:
写垃圾关键词报错是自找
Q:
[图片]
是win换行符
A:
对
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2016.05.18 03:19:09
Q:
老师，我用Multiwfn程序做态密度图时，PDOS出现负值，看论坛上说的原因是由于Mulliken或SCPA方法不适合含有弥散函数的情况,我的基组确实含有弥散函数，那除了去掉弥散的基组重新做，还有没有其他方法？
A:
必须去掉弥散函数重算，否则不光是有负值，结果根本就明显不合理
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2016.05.18 03:35:01
Q:
我的电脑里的chk后缀的文件都变成了，碎片恢复文件，log文件都变成了txt document是咋回事啊？
A:
甭管它，系统爱当成什么当成什么
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2016.05.18 03:43:37
Q:
sob 老师，我把multiwfn的结果导入VMD中，显示里面的原子之间都没有键，请问，如何显示各个原子之间有键连接？谢谢。
A:
什么结果？
Q:
AdNDPorb0011
打算利用VMD画图。
A:
drawing method方式设成dynamic bonds，把阈值调大
Q:
[图片]
我试了，可是，原子之间还是没有键出现。[表情]
我试了，可是，原子之间还是没有键出现。/流汗
A:
分明没设dynamic bonds
[表情][表情][表情]
/流汗/流汗/流汗
Q:
[图片]
我想把原子之间用键连接起来。可是，利用mouse中的add/remove bonds
A:
点两个原子就完了
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2016.05.18 03:46:58
Q:
[图片]
Sob老师~关于Multiwfn计算用VMD绘制AIM图有点问题想请教您
Multiwfn拓扑路径生成的机制有点搞不懂。。。
有较长的键径不能很好的生成，我看手册里根据-2里的参数试着调，其中：
（1） Maximal number of points of a path：这个看上去就是通过调整path的点数，有的时候默认的点数（451）。并不足以生成一条很长的键径，这个时候可以尝试加大点的数量。注意：这里的点数量如果不足以达到CP，则不会生成键径，但是调到很大还是不能很好的解决问题；
（2）Stepsize: 指的是组成键径相邻点间的空间。对于曲率很大的键径，有时候需要减小此参数重新做path。注意：参数(1)*参数(2)=path的最大长度；因此好像可以适当的调大这个参数来获得较长的最大长度，但是代价是生成的点好像会很稀，显示的时候无法连成线
（3） Stop generation if distance to any CP is smaller than: 这个值指的是，如果距离到CP足够近，即可以认为达到了CP，键径停止生成。我实验发现，实际上，为了能够生成较长的键径，也可以适当的增大这个值使得键径可以在没有那么到达CP的时候就生成
我的疑问是，为什么好像原理上很能解决问题的1难以解决问题，而2,3虽然能适当解决问题，但效果不够好，请问老师对生成较长的键径有什么好的办法吗？
A:
长的键径就把1设大。如果之后有问题，再把2设小同时把1设大。3没用，设得越大会停止生成越早
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2016.05.18 04:24:33
Q:
不知道为什么，我查发票的结果是无此票信息，大家有没有和我一样的？
[图片]
A:
你把发票照片发出来，包括密码部分
Q:
好
我试一下
好的，可能用的网站不一样
A:
而且你把发票代码一开始多打了一个1
[图片]
Q:
为啥我查询的发票总是出不来这个界面[表情]
A:
填得不对呗
Q:
北京国税的？
A:
就在这里查，国税官网http://www.bjtax.gov.cn/ptfp/fpindex.jsp
科音每一张发票都是从国税局拿的
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2016.05.18 04:28:51
Q:
[图片] sob老师这个错误是什么原因，讲义里没找到
A:
[图片]
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2016.05.18 04:40:16
Q:
求转动能垒应该用柔性扫描到的结构做单点计算，对吧
柔性扫描优化结构的同时，每个点都是有能量的，不用另外做单点计算啊@一声叹息
可我的疑惑是，这种柔性扫描不就成了异构化能了吗
A:
异构化能是两个极小点之间的能量差，跟柔性扫描根本不一回事
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2016.05.18 04:42:35
Q:
请教一下，怎么做电荷密度差图啊？
A:
使用Multiwfn作电子密度差图
http://sobereva.com/113
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2016.05.18 04:43:57
Q:
单线态优化 td(singlets,root=1,NStates=15)报错如下：
请问是什么原因？
No map to state 11
You need to solve for more vectors in order to follow this state.
Error termination via Lnk1e in /opt/gaussian/g09/l914.exe at Mon Apr 18 04:32:47 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 51 minutes 23.2 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 63 Int= 0 D2E= 0 Chk= 11 Scr= 1
A:
[图片]
nstates设多点，或者步长上限设小点
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2016.05.18 04:51:05
Q:
请问如果要读取原来轨道初猜，用guess=read关键词，是要把原来的chk文件放在scratch文件夹里，然后程序就会自动读入chk文件里的轨道，并且在scratch下生成新的scratch吗？
A:
chk没必要放在scratch里，%chk设什么位置就从什么位置读
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2016.05.18 04:53:38
Q:
[图片]
请教一下大家，在low freq这一项上面六个频率对应平动与转动，下面三个对应振动，而最下面freq这一项是忽略掉平动和转动的影响，怎么第一个输出的不是3.8231而是-27.7075呢？
A:
看讲义，里面写了细节，后面输出的已经把平动和转动都从力常数矩阵中投影掉了
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