计算化学公社

标题: 支持GPU加速的GROMACS的原生Windows版的编译和安装时出现错误 [打印本页]

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-10-25 18:59
标题: 支持GPU加速的GROMACS的原生Windows版的编译和安装时出现错误
本帖最后由 Wenchuan 于 2023-9-11 16:07 编辑

我想自己编译基于fftw且支持CUDA加速的版本，
按照sobereva老师在GROMACS的原生Windows版的编译和安装方法（支持GPU加速） - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)里的讲解，我在安装FFTW库时，cmake第一步出现Failed，如下图：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
继续按照步骤进行，最后进入gromacs-2019.4文件夹，运行第一个cmake出现许多not found和Faild，运行第二个cmake，出现warning和error，如下图： (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)
是哪里出问题了呢？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-25 19:33
先把图贴出来

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-26 15:54
可能是CUDA toolkit版本与当前GROMACS版本的兼容问题。可以尝试编译gmx 2020

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-10-26 21:53
本帖最后由 Wenchuan 于 2022-10-26 23:23 编辑

sobereva 发表于 2022-10-26 15:54
可能是CUDA toolkit版本与当前GROMACS版本的兼容问题。可以尝试编译gmx 2020

感谢老师解答，编译gmx 2020可以完成，但是出现许多not found，Failed和黄色warning，如下图所示，而且虽然在md时显示用了GPU，实际上并没有利用GPU加速或者利用率特别低且不稳定，这是为什么呢？另外，如果想编译较低版本gmx，是不是用较低版本CUDA toolkit就可以了？
(, 下载次数 Times of downloads: 1) (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-27 05:09

Wenchuan 发表于 2022-10-26 21:53
感谢老师解答，编译gmx 2020可以完成，但是出现许多not found，Failed和黄色warning，如下图所示，而且虽 ...

直接用我编译好的就完了，完全没必要自己折腾，又不会有什么好处

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-10-27 20:14
本帖最后由 Wenchuan 于 2022-10-27 22:28 编辑

sobereva 发表于 2022-10-27 05:09
直接用我编译好的就完了，完全没必要自己折腾，又不会有什么好处

我想自己编译的原因是在文献https://journals.aps.org/prfluid ... RevFluids.7.L102001中有个patch文件可以修改代码，修改的内容对我有用。
上面说的没有利用GPU加速可能是因为代码的问题，我又重新编译后，程序可以正常运行，GPU加速也可以，就是编译过程中有许多上面说的黄字警告，还有些出现汉字乱码，还有下图中也是，这些警告需要处理吗？会影响分子模拟结果吗？sobereva老师您在编译时出现警告吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-28 06:29

Wenchuan 发表于 2022-10-27 20:14
我想自己编译的原因是在文献https://journals.aps.org/prfluid ... RevFluids.7.L102001中有个patch文件 ...

这些警告不用管

另外，文献里的patch代码未必支持GPU并行时使用，需要注意，建议先和CPU计算的情况做个对比

作者
Author: Wenchuan 时间: 2022-10-28 15:42
本帖最后由 Wenchuan 于 2023-1-11 20:09 编辑

sobereva 发表于 2022-10-28 06:29
这些警告不用管

另外，文献里的patch代码未必支持GPU并行时使用，需要注意，建议先和CPU计算的情况做 ...

对，patch代码确实不支持GPU并行，就像上面说的，虽然mdrun时显示了GPU，但实际没有利用，可能因为patch后需要输入环境变量，自己改成不用输入环境变量的就可以加速了。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)