计算化学公社

标题: 用molculs 调用Gaussian16 输入文件无效 [打印本页]

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-26 12:59
标题: 用molculs 调用Gaussian16 输入文件无效
本帖最后由 GHL 于 2022-10-26 15:15 编辑

因为暂时无法下载ORCA（未接触），在Linux系统想采用molclus直接调用高斯16进行优化，后期打算再次用高斯计算单点能，进行构象排序（不知道可行性）
输入命令在molclus文件夹终端调用Gaussian16 ，请各位大佬指点迷津。附上molclus设置文件，out文件，和template.gjf文件。

输入文件如下
#B3LYP/6-31G* em=GD3BJ opt freq int=fine

Template file

1 1
[GEOMETRY]

显示错误信息无法优化：
Loading geometry 1 from the inputted trajectory file
Generating gau.gjf...
Running Gaussian: "/home/ghl/g16" < gau.gjf > gau.out
Error: This Gaussian task did not perform geometry optimization at all! Please check if you omitted "opt" keyword or there is any problem in the template file
Press ENTER button to exit program

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-26 15:10
上传中途产生的gau.gjf和gau.out

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-26 15:15

sobereva 发表于 2022-10-26 15:10
上传中途产生的gau.gjf和gau.out

gjf文件已上传，out文件空白，无法上传

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-26 15:21
本帖最后由 GHL 于 2022-10-26 15:22 编辑

sobereva 发表于 2022-10-26 15:10
上传中途产生的gau.gjf和gau.out

请问大佬，可以不可以用molclus调用Gaussian优化后，再调用其进行单点能的计算。应该怎样设置？ORAC现在下载不了，且构象搜索完毕后，仍须用Gaussian 进行单点能的计算

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-27 04:50

GHL 发表于 2022-10-26 15:21
请问大佬，可以不可以用molclus调用Gaussian优化后，再调用其进行单点能的计算。应该怎样设置？ORAC现在 ...

那叫ORCA

当然可以molclus调用Gaussian算单点。帖子里一堆例子都是这么做的
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html
实际中往往调用的是ORCA算单点是因为速度更快、支持更多更先进的方法。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-27 04:51

GHL 发表于 2022-10-26 15:15
gjf文件已上传，out文件空白，无法上传

不可能是完全空白的

运行Gaussian的命令在molclus输出信息里已经明确提示了，先确保机子里Gaussian能正常运行再说molclus调用的事

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-27 14:54

sobereva 发表于 2022-10-27 04:50
那叫ORCA

当然可以molclus调用Gaussian算单点。帖子里一堆例子都是这么做的

好的，大佬，谢谢您指导

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-27 14:58

GHL 发表于 2022-10-27 14:54
好的，大佬，谢谢您指导

我的是在CentOS 虚拟机中的linux系统目录下直接解压的molculs, 在其终端输入信息错误，但结果确实显示out文件，但是打开为空白页，且无法上传到网页

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-28 06:23

GHL 发表于 2022-10-27 14:58
我的是在CentOS 虚拟机中的linux系统目录下直接解压的molculs, 在其终端输入信息错误，但结果确实显示out ...

“在其终端输入信息错误”语义不明
前面说了，先搞清楚自己怎么手动运行Gaussian，自然就能搞明白为什么molclus按照屏幕提示的命令行能调用或者不能调用

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