计算化学公社

标题: 介绍两个优雅地调用Multiwfn的方法（Linux） [打印本页]

作者
Author: pika02 时间: 2022-10-26 15:55
标题: 介绍两个优雅地调用Multiwfn的方法（Linux）
本帖最后由 pika02 于 2022-10-26 16:29 编辑

官方的安装方式推荐把一些命令丢进.bashrc，包括

export OMP_STACKSIZE=200M
ulimit -s unlimited
export Multiwfnpath=/home/你的用户名/你的Multiwfn目录
export PATH=$PATH:/home/你的用户名/你的Multiwfn目录

复制代码

（按照实际情况修改）

.bashrc是一个特殊的脚本文件，每次打开一个bash终端窗口时，便会新建一个bash shell（非登录shell）并且执行这些命令，用来初始化环境。
这几个export设置了几个环境变量，以及堆栈大小为无限

然而这样做可能会出现问题，比如在已经设置了ulimit -s unlimited的情况下，一些其他程序可能会翻车，比如winecfg
我当年就踩过这个坑，我说怎么winecfg老是报错

那么能不能只在想调用Multiwfn时才执行这些命令来初始化shell环境呢？

方法1
把上面这些语句包装成函数，也就是在.bashrc里把它们修改成：

mtf(){
export OMP_STACKSIZE=200M
ulimit -s unlimited
export Multiwfnpath=/home/你的用户名/你的Multiwfn目录
export PATH=$PATH:/home/你的用户名/你的Multiwfn目录
}

复制代码

这个函数名mtf是任意的，你可以改成任何你喜欢的名字，甚至改成emoji都可以，只要不跟别的命令冲突
如果你想用Multiwfn干一些活，只需要打开终端，输入mtf，你的环境就初始化好了，Multiwfn可执行文件也在你的PATH里面了，你可以跟往常一样干活。

方法2
每次打开终端后想用Multiwfn干活儿都得敲mtf，那有没有更懒的方法呢？

答案就是用一个脚本，代替Multiwfn主程序被调用。
创建一个脚本，内容如下

export OMP_STACKSIZE=200M
ulimit -s unlimited
export Multiwfnpath=/home/你的用户名/你的Multiwfn目录
/home/你的用户名/你的Multiwfn目录/Multiwfn "$@"

复制代码

调用脚本时，bash会生一个“孩子”，称为子shell，脚本前3行执行子shell的环境初始化，最后一行用绝对路径调用真正的Multiwfn可执行文件来干活，"$@"（包括双引号！）用来传递参数给Multiwfn
Linux有一个好，脚本能不能运行跟有没有后缀没关系，你可以给脚本取名叫不带后缀的Multiwfn（便于兼容已经写好的脚本），放在任何PATH目录里，然后.bashrc里面那些初始化Multiwfn环境的东西就可以删掉了，保持.bashrc的干净
如果你给脚本取名叫Multiwfn，那么你直接在终端里敲Multiwfn就能干活儿了，还能把要打开的文件名作为参数直接打开，比如Multiwfn file.xyz
整个脚本就是一个套娃，对于用户或者其他脚本而言，外面的娃看上去是一个可执行的Multiwfn，实际上外面的娃只负责创建工作环境，真正干活儿的是里面的娃
个人建议，你可以在自己的家目录里创建一个bin文件夹，然后.bashrc里面加上

export PATH=$PATH:/home/你的用户名/bin

复制代码

这样把一些常用脚本或者别处下载来的二进制可执行文件扔到这个bin里，想运行谁就运行谁

作者
Author: pika02 时间: 2022-10-26 15:58
plus
按照这样的方法，还可以轻松实现g09和g16，orca4和orca5的共存

作者
Author: Mikasa 时间: 2022-10-26 20:39
这个。在超算交作业不都是这么搞么

作者
Author: lonemen 时间: 2022-10-26 21:09
感觉每次手动输入Multiwfn，也没啥麻烦的样子？

作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-26 21:12

lonemen 发表于 2022-10-26 21:09
感觉每次手动输入Multiwfn，也没啥麻烦的样子？

作为懒癌晚期的我，要拼写挺长一串，还要切换大小写，很容易错。

所以，我直接复制一个Multiwfn，命名为m，所以，直接输入m也唤起Multiwfn

作者
Author: lonemen 时间: 2022-10-26 21:23

牧生发表于 2022-10-26 21:12
作为懒癌晚期的我，要拼写挺长一串，还要切换大小写，很容易错。

所以，我直接复制一个Multiwfn，命名 ...

哈哈，我是把首字母改成了小写m，你这，这，这，更牛。佩服

作者
Author: pika02 时间: 2022-10-28 20:25

牧生发表于 2022-10-26 21:12
作为懒癌晚期的我，要拼写挺长一串，还要切换大小写，很容易错。

所以，我直接复制一个Multiwfn，命名 ...

还是阁下比较懒，鄙人甘拜下风

作者
Author: 乐平 时间: 2022-10-28 22:47

牧生发表于 2022-10-26 21:12
作为懒癌晚期的我，要拼写挺长一串，还要切换大小写，很容易错。

所以，我直接复制一个Multiwfn，命名 ...

用 Linux 系统不会用 Tab 键的么……

作者
Author: agent99 时间: 2022-10-29 03:39
第一眼把mtf看成了wtf，我心想你为啥对这程序有这么大意见

作者
Author: 牧生 时间: 2022-10-29 07:21

乐平发表于 2022-10-28 22:47
用 Linux 系统不会用 Tab 键的么……

会用，但终究还是因为懒

作者
Author: mizu-bai 时间: 2022-11-23 15:56
想隔离环境也可试试我做的 Multiwfn Docker Image。
参见 Multiwfn on macOS

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)