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标题: 求助如何解决VOTCA的csg模块无法读取gromacs的.tpr拓扑文件的情况 (已解决) [打印本页]

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2022-10-27 02:40
标题: 求助如何解决VOTCA的csg模块无法读取gromacs的.tpr拓扑文件的情况 (已解决)
本帖最后由 jrfjrf123 于 2022-10-29 02:14 编辑

大家好，

我最近想使用VOTCA生成粗粒力场，用的gromacs作为全原子信息的模拟软件。

Gromacs版本是2022年9月份的版本，VOTCA也是使用的最新版。

在使用votca/share/votca/csg-tutorials/hexane/atomistic 文件夹里的文件进行计算时，
在进行到csg_stat --top topol.tpr --trj traj.trr --cg hexane.xml --nt $nt --options settings.xml --begin $equi这一步的时候
会返回error告诉我无法读取topol.tpr文件
(, 下载次数 Times of downloads: 22) （此处我把$nt 与$equi换成了具体数值）
(, 下载次数 Times of downloads: 19) 这儿我已经将所有权限赋予了文件。

不只是csg_stat，所有涉及到--top 读取拓扑文件的方法都无法运行，出现相同的error（csg_dump, csg_gmxtopol等）

我又重新阅读了votca的手册，但手册里说是可以读取Gromacs的tpr文件的：
(, 下载次数 Times of downloads: 19)

这让我很迷惑，我也重装了一次VOTCA，除了HDF5我没有装上外，其他的依赖我都安装了，但还是没有解决问题。
想请教一下大家，这个问题应该怎么解决

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2022-10-27 10:55
我又试着用cmake -LH 查看了一下VOTCA的配置选项，发现有一个warning：
(, 下载次数 Times of downloads: 17)

显示说是gromacs2020以上版本不支持tabulated interactions，我不太清楚这个是什么意思，有什么作用

接下来我试着装一下gromacs2019的版本，试试能不能解决问题。

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2022-10-27 11:46
依旧是有如下显示：

csg_stat --top topol.tpr --trj traj.trr --cg hexane.xml --nt 6 --options settings.xml

begin to calculate distribution functions
# of bonded interactions: 2
# of non-bonded interactions: 3
an error occurred:
Error 'tpr' file format of file 'topol.tpr' cannot be read or written

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2022-10-27 18:35

请问有人知道这个问题如何解决吗

作者
Author: jrfjrf123 时间: 2022-10-29 02:11
通过几天的摸索，我已经解决了这个问题

首先目前的votca只支持gromacs2019.6 到gromacs2016之间的版本
如果是单独安装的gromacs2022版本，编译过程中会出现这个问题： (, 下载次数 Times of downloads: 21) 图中的oenv.h文件是没有的

（但我之前用2022版gromacs不知道如何规避了这个error，就很奇怪困扰了我很久）

在安装了2019.6版本后就有这个头文件了：
(, 下载次数 Times of downloads: 23)
（但在这个过程中我发现2019.6版本不支持Ampere构架，毕竟那个时候30系刚上，只能把gpu禁了）

之后只要将gromacs加入环境变量就能成功编译成功了，tpr文件也能成功读取。

作者
Author: zhy336613 时间: 2023-8-1 19:50
你好，我猜测两种方法可行。1）编译时加上-DBUILD_OWN_GMX=ON，让votca自行构造一个gmx供他使用；2）安装gmx时加上-DGMX_INSTALL_LEGACY_API=ON，编译votca时引用gmx的目录，-DGROMACS_DIR=/where/you/install/gmx/。csg必须在2019.6及以前版本的gmx支持下运行。

作者
Author: phyllis11 时间: 2024-10-30 10:28
您好，我最近也在学习使用VOTCA,请问可以交流一下吗？

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