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标题: 求助怎么产生溶剂盒子的top文件 [打印本页]

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Author: sxh3231796 时间: 2022-10-27 16:06
标题: 求助怎么产生溶剂盒子的top文件
想请问下老师，最近想用gromacs做溶剂盒子的分子动力学模拟，用packmol生成了溶剂盒子，体系较大，怎么产生溶剂盒子的top文件呢，这个时候是只能选择用gromacs自带的solvate-box命令去做溶剂盒子吗？

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Author: sobereva 时间: 2022-10-28 07:05
通常是先获得体系中各类分子的itp文件。常见的几种水分子的itp文件在gmx自带的力场目录下有现成的，其它类型分子可以用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）等程序产生itp文件。然后把itp文件都恰当include到top里，并且[molecules]部分设置各类分子数目，并且注意顺序必须和结构文件一致。
溶剂盒子结构的建模，可以用gmx solvate、gmx insert-molecules或packmol（http://sobereva.com/473），视实际情况决定用哪个最合适。

如果还是搞不明白的话，建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html），里面有海量的例子和极其详细的讲解

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Author: sxh3231796 时间: 2022-12-6 21:09
本帖最后由 sxh3231796 于 2022-12-7 00:29 编辑

sobereva 发表于 2022-10-28 07:05
通常是先获得体系中各类分子的itp文件。常见的几种水分子的itp文件在gmx自带的力场目录下有现成的，其它类 ...

学会了如何生成对应的溶剂盒子，想再请问一下sob老师，如果想在oplsaa力场下作分子模拟的话，找不到Zn2+的力场信息该怎么处理啊，看到相关做Zn的文献确实是用这个力场做的，但是不知道是怎么对应生成的相关itp文件。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-7 02:23

sxh3231796 发表于 2022-12-6 21:09
学会了如何生成对应的溶剂盒子，想再请问一下sob老师，如果想在oplsaa力场下作分子模拟的话，找不到Zn2+ ...

甭用OPLS-AA。改用GAFF/AMBER、CHARMM的话，都可以结合Merz的离子原子力场，种类极为丰富。

非要用OPLS-AA的话就去搜更多的文献，凡是力场原本不包含的参数理应在文献里给出，一篇没给就再找其它的。或者直接发邮件问文章的通讯作者

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Author: sxh3231796 时间: 2022-12-7 02:39

sobereva 发表于 2022-12-7 02:23
甭用OPLS-AA。改用GAFF/AMBER、CHARMM的话，都可以结合Merz的离子原子力场，种类极为丰富。

非要用OPL ...

谢谢sob老师，我去试试

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Author: sxh3231796 时间: 2022-12-7 16:17

sobereva 发表于 2022-12-7 02:23
甭用OPLS-AA。改用GAFF/AMBER、CHARMM的话，都可以结合Merz的离子原子力场，种类极为丰富。

非要用OPL ...

sob老师好，发邮件问了一下oplsaa力场，ligpargen网站的负责人。他说oplsaa没有金属离子的定义，然后给了一篇文献和参数：Zn charge: 2.0 sigma: 1.960 epsilon: 0.0125 Reference ---> JACS 113, 8262 (1991)
但我看了一下文献这个里面说这个参数是amber力场定义的，这种可以混用吗？

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Author: sobereva 时间: 2022-12-8 10:10

sxh3231796 发表于 2022-12-7 16:17
sob老师好，发邮件问了一下oplsaa力场，ligpargen网站的负责人。他说oplsaa没有金属离子的定义，然后给了 ...

严格来说不能，LJ参数混合规则用的不同
在实际中可以凑合

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Author: sxh3231796 时间: 2022-12-8 19:54

sobereva 发表于 2022-12-8 10:10
严格来说不能，LJ参数混合规则用的不同
在实际中可以凑合

谢谢sob老师

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