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标题: 求助关于水分子刚性柔性的问题 [打印本页]

作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-27 20:19
标题: 求助关于水分子刚性柔性的问题
top文件中使用的水分子参数是调用opls力场中的，但是水分子力场文件我并不是太明白那个限制部分，如下图所示，settels和 exclusions部分，是单纯的限制吗？和下边键角键长是一个完整的文件吗？还是上边一部分代表刚性，下边代表柔性，如果做能量最小化时，.mdp文件中define 我没设置成柔性的，那我用的是水分子参数是刚性的吗？ (, 下载次数 Times of downloads: 0) (, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-28 06:47
settles字段设的是对水的约束，不叫限制，仔细看下文分清楚语义
解析gromacs的restraint、constraint和freeze
http://sobereva.com/10

直到下一个[moleculetype]出现之前，各种moleculetype里该出现的项都是对上面的moleculetype而言的。

仔细看我分子动力学与GROMACS培训班里的ppt里的解释

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作者
Author: 小柏桐 时间: 2022-10-28 10:02
好的，谢谢老师

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