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标题: 如何找到复合物最低能量构象？ [打印本页]

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-27 22:06
标题: 如何找到复合物最低能量构象？
请问各位老师，在计算反应能垒的时候，如果反应物和产物以复合物的形式存在，要将irc端的复合物调成能量最低结构吗，如果直接采用几何优化后的复合物结构计算的能量可用吗？或者说有必要进行二面角扫描来寻找复合物的能量最低构象吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-28 06:34
把IRC跑长点，然后对末端两个点用较小的步长上限做几何优化，通常都能优化到反应物复合物/产物复合物
跟扫描毫无关系，也根本不需要自己对IRC末端的点手动调什么

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-28 13:56

sobereva 发表于 2022-10-28 06:34
把IRC跑长点，然后对末端两个点用较小的步长上限做几何优化，通常都能优化到反应物复合物/产物复合物
跟扫 ...

请问老师，这里步长上限设置多少左右会合适一些

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-28 18:02

sobereva 发表于 2022-10-28 06:34
把IRC跑长点，然后对末端两个点用较小的步长上限做几何优化，通常都能优化到反应物复合物/产物复合物
跟扫 ...

请问老师，如果没有更改步长上限，直接优化，得到的结构可以用吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-29 04:34

林守龙发表于 2022-10-28 18:02
请问老师，如果没有更改步长上限，直接优化，得到的结构可以用吗？

通常可以。步长上限改成20~30更稳妥一些而已，免得可能某一步走得太远突然跑到其它极小点附近去

作者
Author: 林守龙 时间: 2022-10-29 08:43

sobereva 发表于 2022-10-29 04:34
通常可以。步长上限改成20~30更稳妥一些而已，免得可能某一步走得太远突然跑到其它极小点附近去

谢谢老师的解答！

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