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标题: 关于plumed metad block analysis [打印本页]

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Author: CruiseBend 时间: 2022-10-28 14:40
标题: 关于plumed metad block analysis
老师们好，我使用plumed 的metad做2D well-tempered，对于一个平衡了的体系跑了800ns，现在想用block analysis分析收敛性，我follow的是官网的这个教程
https://www.plumed.org/doc-master/user-doc/html/trieste-4.html

但是我绘制出来的block error曲线并不是先上升后水平，一开始size=1的时候，error就有2kj/mol，在后面也有2kj左右（可以看err.block)，想问下为什么会出现这种情况？

我的想法是：
1）轨迹问题：轨迹我是每1ns记录一次，所以最后drive得到的reweight文件只有800个数据，根本做不到像官网到1000个block size；想问下大家是否我要调整写入轨迹次数；
2）参数问题：do_block_fes.py需要几个参数，比如上下限格点这样，这些参数怎么取才合理呢？我有时候会得到一些空点（error=inf）

十分感谢大家的解答

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