计算化学公社

标题: 柠檬酸氢根的Gaussian结构优化求助 [打印本页]

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-10-30 11:30
标题: 柠檬酸氢根的Gaussian结构优化求助
本人不是化学专业出身，通过下列语句优化带一个H+的-2价柠檬酸氢根结构，查文献知会端部的两个羧基会优先去质子化，但出来的结构有点奇怪，中间羧基上的氢离子在gaussview中没有判断键连，端部羧基与中间羟基靠近，请问这合理吗？

B3LYP/6-311G** opt freq scrf

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作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-30 12:27
这结构没什么奇怪的，这是带电荷氢键。顺带一提(F...H...F)-是目前已知最强的氢键
如果你是研究溶液环境，此体系优化时必须带溶剂模型

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-10-30 14:26

sobereva 发表于 2022-10-30 12:27
这结构没什么奇怪的，这是带电荷氢键。顺带一提(F...H...F)-是目前已知最强的氢键
如果你是研究溶 ...

好的，谢谢。这结果是在加了scrf关键字下得到的

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-30 15:11

Joceeen 发表于 2022-10-30 07:26
好的，谢谢。这结果是在加了scrf关键字下得到的

这种体系（羧基负离子，尤其还有两个羧基负离子）和溶剂的相互作用很强，光用隐式溶剂模型还不够，最好加几个显式溶剂分子

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-10-30 16:22

wzkchem5 发表于 2022-10-30 15:11
这种体系（羧基负离子，尤其还有两个羧基负离子）和溶剂的相互作用很强，光用隐式溶剂模型还不够，最好加 ...

哦哦，好的，谢谢

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-10-31 08:38

sobereva 发表于 2022-10-30 12:27
这结构没什么奇怪的，这是带电荷氢键。顺带一提(F...H...F)-是目前已知最强的氢键
如果你是研究溶 ...

您好，但是用这个结构去跑分子动力学模拟出现LINCS WARNING，查看pdb文件后发现，H2CA和HCA分子中的质子跑散了，请问这种情况该怎么处理呢？
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作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 04:42

Joceeen 发表于 2022-10-31 08:38
您好，但是用这个结构去跑分子动力学模拟出现LINCS WARNING，查看pdb文件后发现，H2CA和HCA分子中的质子 ...

拓扑文件太离谱

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-11-1 09:00

sobereva 发表于 2022-11-1 04:42
拓扑文件太离谱

谢谢您的回复，我想再请教一下：我之前是参照您在sobtop官网中的例1“产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件：力常数全基于Hessian计算得到”来得到该体系的top文件，并参照博文“http://sobereva.com/441”计算resp电荷来替换。请问如果该方法不适于用于该体系的话，应该用什么方法来正确获取top文件？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-2 07:19

Joceeen 发表于 2022-11-1 09:00
谢谢您的回复，我想再请教一下：我之前是参照您在sobtop官网中的例1“产生SF6的GROMACS的拓扑和gro文件： ...

按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的仔细检查

这种体系根本没必要基于Hessian算力常数，直接用GAFF的参数就完了，免得对量化计算缺乏常识还犯一些低级错误
好好看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ11

作者
Author: Joceeen 时间: 2022-11-2 08:47

sobereva 发表于 2022-11-2 07:19
按http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里说的仔细检查

这种体系根本没必要基于Hessian算力常数，直 ...

好的，谢谢。

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