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标题: 求助乙醇酸与木质素的氢键结构优化，能垒大的问题 [打印本页]

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Author: 文艺青年别装笔 时间: 2022-10-30 14:45
标题: 求助乙醇酸与木质素的氢键结构优化，能垒大的问题
各位老师好，我是研究生物质精炼过程中，有机酸对木质素的抗缩合作用，有文献表明，木质素支链α位的碳正离子的形成是关键原因，所以我想到的是有机酸中的羟基是否能与木质素的脂肪族羟基形成氢键，从而对碳正离子的形成起到抑制作用，所以选了木素二聚体模型物和乙醇酸进行计算，计算的分子构型和基组如下：
（1）木质素二聚体GG的基组
%chk=/BIGDATA2/gxu_chrqin_1/20221025-2/GG.chk
%Mem=40GB
%nprocshared=18
#p opt freq 6-311+g(d) m062x scrf=smd
（2）乙醇酸ga
%chk=/BIGDATA2/gxu_chrqin_1/20221025-2/ga.chk
%Mem=40GB
%nprocshared=18
#p opt freq 6-311+g(d) m062x scrf=smd

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0 1
C                -3.39724687 0.14257620 0.00000000
O                -4.82121582 0.07699129 -0.11362686
H                -5.14030924 0.84599174 -0.59155750
C                -2.75285355 0.84191909 1.21131200
O                -1.33115825 0.70574284 1.13962853
H                -0.92919160 1.13895021 1.89616946
O                -2.57164316 -0.44122872 -1.01116286
H                -3.01256805 1.87989296 1.20365535
H                -3.10919704 0.39174626 2.11423156
（3）两个乙醇酸分子与木质素二聚体的弱相互作用的基组
%chk=/BIGDATA2/gxu_chrqin_1/20221026/GG-ga.chk
%mem=40GB
%nprocshared=18
# opt=modredundant freq b3lyp em=gd3bj int=fine tzvp int(NoXCTest) guess=indo

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并且是对氢键的位置做了键的固定。
进行优化之后，VMD表明是存在蓝色的等值面图的，存在比较强的作用，但能垒不正常，超过了500kj/mol。请教下各位老师，是基组使用不对还是这么优化根本就是错误的，没有意义的。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2022-10-30 15:09
分子和复合物的理论级别必须严格统一，包括泛函、基组和格点都必须统一

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Author: 文艺青年别装笔 时间: 2022-10-30 15:48

wzkchem5 发表于 2022-10-30 15:09
分子和复合物的理论级别必须严格统一，包括泛函、基组和格点都必须统一

谢谢老师，是低级错误，优化氢键的基组写错了

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