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标题: 纯烷烃和水分子的Total-Energy对比和怎么理解？ [打印本页]

作者
Author: lgk890124 时间: 2016-5-23 11:16
标题: 纯烷烃和水分子的Total-Energy对比和怎么理解？
本帖最后由 lgk890124 于 2016-5-23 11:17 编辑

软件：Gromacs
十二烷烃：（Amber GAFF）
Total-Energy: 182468
Coulomb (SR): 10039
Kinetic-En. 129629
LJ-(SR): -113182
Potential: 52838
Total-Energy=Kinetic-En.+Potential
===============
水分子：（TIp4P）
Total-Energy: -240628
Coulomb (SR): -346574
Kinetic-En.: 52666
LJ-(SR): 52402
Potential: -293295
Total-Energy=Kinetic-En.+Potential
=======================
问题1：Potential 理解为力场里面的非键之外的能量？即除了库伦和LJ。
问题2：如果这样，那么total-energy 就没有非键项？
问题3：特别是对于十二烷烃，总的total-energy为正值，意味着体系不能稳定存在。是否合理？
特别对于十二烷烃，密度呈现这样。一直不对。又改怎么理解。最后一直徘徊在0.81附近。

作者
Author: sobereva 时间: 2016-5-23 16:07
1 potential包括了键、角、二面角以及LJ、库仑作用能，所以它再加上动能就是总能量

2 有

3 密度不合理一般是力场参数或电荷设定问题，很正常。但也有可能是模拟设定问题，诸如LJ势截断半径等。

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