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标题: 关于采用Confab与molclus联用进行构象搜索问题 [打印本页]

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-30 18:09
标题: 关于采用Confab与molclus联用进行构象搜索问题
本帖最后由 GHL 于 2022-10-30 18:32 编辑

最近采用Confab与molclus联用进行构象搜索，确实产生了很多构象，但是对应的结构计算的相应结果还是与文献报道的不一致。在关于产生构象的软件处理分子的方式，其中一个化合物在参考文献中显示有近300 多种构象，应该考虑到羟基旋转了）但是confab+molclus软件却产生了一种构象，无论我设置的范围有多大（obabel Actos.pdb -O traj.xyz --confab --verbose --conf 10000 或者20000）
是不是当初未考虑到软件不适合处理“环结构化合物”为，未考虑羟基的旋转
• gentor结合molclus：用于分子构象搜索。使用简便，但不支持环状区域构象搜索（环状区域是指诸如环己烷这样有多种构象的环状区域）
• Confab或Frog2构象生成程序结合molclus：用于分子构象搜索。使用最为傻瓜化，但不支持环状区域构象搜索、不支持普通有机分子以外的情况

参考正文中也提到，对4个羟基进行了旋转（每10度），一共四个羟基，而我的分子是3个羟基+两个甲氧基或5个羟基，另外不知道甲氧基的旋转会不会有影响，且分子本身带有一个单糖苷，想请问大家，采用gentor人为设定进行构象搜索，还是gromacs进行构象搜索。

我是否可以按照参考文献中仅对四个二面角（如图所示）采用gentor 进行构象搜索，谢谢各位大佬了！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-31 05:28
你这个体系可旋转的键区区几个，用gentor比用confab产生初始结构好得多，可控性明显更强，也能保证采样全面。看
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-31 07:15
本帖最后由 GHL 于 2022-10-31 07:17 编辑

sobereva 发表于 2022-10-31 05:28
你这个体系可旋转的键区区几个，用gentor比用confab产生初始结构好得多，可控性明显更强，也能保证采样全面 ...

好的，谢谢sobereva大佬，我明白了gentor 应该产生的构象比confab效果好一些。

另外，对于化学键扭转方面，旋转多少角度比较适合（10或者120），且不知道后期加入糖苷，哪些扭转键需要考虑（附图），能否给予一些建议，谢谢大佬了！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-31 08:30

GHL 发表于 2022-10-31 07:15
好的，谢谢sobereva大佬，我明白了gentor 应该产生的构象比confab效果好一些。

另外，对于化学键扭转 ...

应该头脑里对二面角旋转一周有多少极小点心里有数。应当让每个极小点附近都被采样一次。诸如你的体系里两个六元环之间那个C(sp2)-C(sp2)的键对应的二面角，肯定是0和180度要采样。

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-31 11:14

sobereva 发表于 2022-10-31 08:30
应该头脑里对二面角旋转一周有多少极小点心里有数。应当让每个极小点附近都被采样一次。诸如你的体系里两 ...

谢谢sobereva大佬

作者
Author: GHL 时间: 2022-10-31 11:25

sobereva 发表于 2022-10-31 08:30
应该头脑里对二面角旋转一周有多少极小点心里有数。应当让每个极小点附近都被采样一次。诸如你的体系里两 ...

想问一下，gentor生成构象的速度与电脑核数与内存有关系吗？可能设置的表较多（360度每10度旋转）一共6个旋转键。
谢谢大佬了

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 04:43

GHL 发表于 2022-10-31 11:25
想问一下，gentor生成构象的速度与电脑核数与内存有关系吗？可能设置的表较多（360度每10度旋转）一共6个 ...

gentor的耗时可以忽略不计

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