计算化学公社

标题: 求助：gmx未跑完前算msd不准 [打印本页]

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-10-31 01:55
标题: 求助：gmx未跑完前算msd不准
各位老师好，我想找到跑自己体系最合适的温度，所以就跑个十几纳秒就去算msd，看到十几纳秒msd大概到十，就觉得可以了，结果跑完两百纳秒之后再算msd，两百纳秒也是到十左右，我不知道这是不是因为gmx在未跑完前算msd不准吗，还是因为我对msd的理解有误。感谢各位老师解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-31 05:18
没跑完的任务的轨迹也可以照常做MSD计算
这和你的体系有关，比如分子本来就不是容易扩散的，或者扩散受阻。可以结合轨迹图像分析

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-10-31 10:08

sobereva 发表于 2022-10-31 05:18
没跑完的任务的轨迹也可以照常做MSD计算
这和你的体系有关，比如分子本来就不是容易扩散的，或者扩散受阻 ...

感谢sob老师解答！还想问一下，一般跑gmx，如果想要判断合适的模拟温度，还有哪些常用手段呀，我好像只知道msd

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 04:43

FrancisLi 发表于 2022-10-31 10:08
感谢sob老师解答！还想问一下，一般跑gmx，如果想要判断合适的模拟温度，还有哪些常用手段呀，我好像只知 ...

MSD跟合适的温度没直接联系

该用什么温度取决于实际研究的问题对应的现实环境，或者有什么特殊目的，可以参考相关研究文章

作者
Author: FrancisLi 时间: 2022-11-2 01:42

sobereva 发表于 2022-11-1 04:43
MSD跟合适的温度没直接联系

该用什么温度取决于实际研究的问题对应的现实环境，或者有什么特殊目的， ...

哦哦明白了，感谢sob老师！

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