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标题: 能量分解911不收敛怎么解决？ [打印本页]

作者
Author: 15536365262 时间: 2022-10-31 11:17
标题: 能量分解911不收敛怎么解决？
能量分解911不收敛怎么解决？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-10-31 11:49
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-10-31 12:00 编辑

这压根不是“能量分解911不收敛”。你的体系只有20个原子，但是你第一个片段指定了18个原子，第二个片段指定了3个原子，加起来21，自相矛盾了，输出文件里有写。
顺带一提，LMO-EDA过时了，你这还是基于MP2的。现在最好使用GKS-EDA，建议阅读我写的这篇教程《GKS-EDA计算简介》
这个体系我随手用PBE0-BD(BJ)/def2-TZVP算了下GKS-EDA，从提交gjf给frag_guess_wfn小程序到算完GKS-EDA，48核耗时不到10min，gjf文件见
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: 15536365262 时间: 2022-11-2 10:18

zjxitcc 发表于 2022-10-31 11:49
这压根不是“能量分解911不收敛”。你的体系只有20个原子，但是你第一个片段指定了18个原子，第二个片段指 ...

好的老师，有赝势的可以算吗？

作者
Author: 413 时间: 2022-11-2 10:42

zjxitcc 发表于 2022-10-31 11:49
这压根不是“能量分解911不收敛”。你的体系只有20个原子，但是你第一个片段指定了18个原子，第二个片段指 ...

请问这个是没有正确读入fchk导致的错误吗？

      -------------
      GUESS OPTIONS
      -------------
      GUESS =MOREAD          NORB  = 1016       NORDER=    0
      MIX =    F       PRTMO =    F       PUNMO =    F
      TOLZ  = 1.0E-08       TOLE  = 1.0E-05
      SYMDEN=    F       PURIFY=    F

INITIAL GUESS ORBITALS GENERATED BY MOREAD ROUTINE.

STATISTICS FOR GENERATION OF SYMMETRY ORBITAL -Q- MATRIX
NUMBER OF CARTESIAN ATOMIC ORBITALS=       960
NUMBER OF SPHERICAL CONTAMINANTS DROPPED= 130
NUMBER OF LINEARLY DEPENDENT MOS DROPPED=    0
TOTAL NUMBER OF MOS IN VARIATION SPACE=    830

                  * * * * * WARNING * * * * *
POSSIBLE LINEAR DEPENDENCE PROBLEMS DETECTED, INPUT QMTTOL= 1.0E-06,
WITH    4 OVERLAP EIGENVALUES LYING BETWEEN 1.0E-05 AND QMTTOL.
IF YOU EXPERIENCE SCF CONVERGENCE DIFFICULTIES WITH THE DENSITY ALMOST BUT
NOT QUITE CONVERGED, YOU MAY NEED TO LOOSEN -QMTTOL- BY A FACTOR 5 TO 10.
*** ERROR: PREMATURE END OF ORBITAL INPUT ENCOUNTERED
  (READMO)  LOOKING FOR ORBITAL 831 LINE 1
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT 00:40:29 02-NOV-2022

作者
Author: 15536365262 时间: 2022-11-2 10:50
但是这个有赝势的应该是911不收敛吧

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-2 11:25
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-11-2 11:34 编辑

413 发表于 2022-11-2 10:42
请问这个是没有正确读入fchk导致的错误吗？

-------------

生成inp文件后就跟fch文件没关系了，GAMESS读取的是inp文件里的轨道，它不懂得直接读取fch文件，所以报错是inp文件里轨道不符合MOREAD的要求。具体原因有很多，没有输入、输出文件的话只能随便猜几个原因，效率较低，例如（1）GAMESS官方LMO-EDA不支持读取轨道，因此自己产生一个带轨道的inp文件期望它读没有用；（2）xeda修改后的GAMESS，其中GKS-EDA计算时要传好几套轨道，如果你只传了一套，那是不起效的；（3）通常的HF/DFT计算下，那可能是操作有误。

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-2 11:43

15536365262 发表于 2022-11-2 10:50
但是这个有赝势的应该是911不收敛吧

没有“911不收敛”这种报错原因，这顶多叫“错误代码911”。不收敛常用于“SCF不收敛”、“CPHF不收敛”、“CCSD振幅迭代不收敛”等问题描述，不能碰到啥报错就是xxx不收敛。

这个文件的报错是因为你的每个片段都是单重态，但是整体却写成了二重态，自相矛盾。

此外，仍然强烈建议使用GKS-EDA，现在是2022年了，基于MP2的LMO-EDA没啥意义。

作者
Author: 413 时间: 2022-11-3 10:51

zjxitcc 发表于 2022-11-2 11:43
没有“911不收敛”这种报错原因，这顶多叫“错误代码911”。不收敛常用于“SCF不收敛”、“CPHF不收敛” ...

请问gamess中libxc这个库是必须的吗？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-3 12:29

413 发表于 2022-11-3 10:51
请问gamess中libxc这个库是必须的吗？

不必须。看《GAMESS简易编译教程》

作者
Author: 413 时间: 2022-11-3 21:23

zjxitcc 发表于 2022-11-3 12:29
不必须。看《GAMESS简易编译教程》

GKS-EDA算到这里就报错了，看起来好像是内存不足，但前面有“ 1000000000 WORDS OF MEMORY AVAILABLE” ，应该不是内存的问题。请问这个就是所说的GKS-EDA只传了一套轨道吗？看起来好像也不太像。
我在err文件中找到了这几行：
setenv I_MPI_HYDRA_ENV all
setenv I_MPI_PERHOST 64
unset echo
mpiexec.hydra -f /public/home/users/***.mpd -n 64 /public/home/users/gamess/gamess.01.x
因为我指定了用32个核心数，于是猜测是哪里冒出来的64，我在rungms中找到了PPN的定义并进行了修改，把64改成了32，还是会报错。

out文件末尾

      ----------------------
      INTEGRAL INPUT OPTIONS
      ----------------------
NOPK  =    1 NORDER=    0 SCHWRZ=    T

   ------------------------------------------
   THE POINT GROUP IS C1 , NAXIS= 1, ORDER= 1
   ------------------------------------------

-- VARIATIONAL SPACE WILL BE RESTRICTED TO PURE SPHERICAL HARMONICS ONLY --
AFTER EXCLUDING CONTAMINANT COMBINATIONS FROM THE CARTESIAN GAUSSIAN BASIS
SET, THE NUMBER OF SPHERICAL HARMONICS KEPT IN THE VARIATION SPACE IS 1016

   DIMENSIONS OF THE SYMMETRY SUBSPACES ARE
A = 1016

..... DONE SETTING UP THE RUN .....
CPU    0: STEP CPU TIME=    4.36 TOTAL CPU TIME=       4.4 (    0.1 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=       5.0 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 87.83%

      --------------
      GKSEDA OPTIONS
      --------------
      NMOL  =    2       EDATYP=GKS
      SUPBAS=    T       RDVECM=    F       ITRTN =    T

*******************
GKSEDA IS BEGINNING
*******************

NMOL =  2

MONOMER    ATOM CHARGE ELECTRON MULTIPLE
-------------------------------------------
   1    32       0    192       1
   2       4       0       8       1
-------------------------------------------

SAVING MOL INFO REQUIRES  12832010 WORDS OF MEMORY.
----- accounting info -----
Files used on the master node cn007 were:

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-3 22:37

413 发表于 2022-11-3 21:23
GKS-EDA算到这里就报错了，看起来好像是内存不足，但前面有“ 1000000000 WORDS OF MEMORY AVAILABLE” ...

这个得看输入、输出文件判断，凭目前展示的信息看不出来原因。另外，要先测试一下小分子能不能跑，比如H2O...NH3复合物，确保程序安装没有问题。

作者
Author: 413 时间: 2022-11-4 09:12
本帖最后由 413 于 2022-11-4 09:13 编辑

zjxitcc 发表于 2022-11-3 22:37
这个得看输入、输出文件判断，凭目前展示的信息看不出来原因。另外，要先测试一下小分子能不能跑，比如H2 ...

我测试了两个水的结构
如果直接写入accd基组，不读入轨道，可以正常结束。
如果用fchk转出来的def2tzvp，不读入轨道，可以正常结束。
如果用fchk转出来的def2tzvp，加上moread读入轨道，就会错误结束。可能就是您之前说的没有正确传过来轨道。       ********************
      1 ELECTRON INTEGRALS
      ********************
...... END OF ONE-ELECTRON INTEGRALS ......
CPU    0: STEP CPU TIME=    0.01 TOTAL CPU TIME=       0.3 (    0.0 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=       0.8 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 36.60%

      -------------
      GUESS OPTIONS
      -------------
      GUESS =MOREAD          NORB  =    86       NORDER=    0
      MIX =    F       PRTMO =    F       PUNMO =    F
      TOLZ  = 1.0E-08       TOLE  = 1.0E-05
      SYMDEN=    F       PURIFY=    F

INITIAL GUESS ORBITALS GENERATED BY MOREAD ROUTINE.

STATISTICS FOR GENERATION OF SYMMETRY ORBITAL -Q- MATRIX
NUMBER OF CARTESIAN ATOMIC ORBITALS=       48
NUMBER OF SPHERICAL CONTAMINANTS DROPPED=    5
NUMBER OF LINEARLY DEPENDENT MOS DROPPED=    0
TOTAL NUMBER OF MOS IN VARIATION SPACE=    43
*** ERROR IN READMO: PROBLEM READING ORBITALS!
POSSIBLY A DAMAGED OR MANGLED ORBITAL INPUT GROUP?
ERROR OCCURED AT ORBITAL=    2 (MODULUS 100= 2),
      ITS LINE NUMBER=    1
DATA READ FROM INPUT WAS ORBITAL=    1 LINE= 11
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY- AT 09:12:31 04-NOV-2022
            580000  WORDS OF DYNAMIC MEMORY USED
CPU    0: STEP CPU TIME=    0.00 TOTAL CPU TIME=       0.3 (    0.0 MIN)
TOTAL WALL CLOCK TIME=       0.9 SECONDS, CPU UTILIZATION IS 36.41%

请问准备inp时，命令是fch2inp ***.fchk是吗？还需要其他参数吗？我看了mokit手册，好像没有参数项。

搭车请教，我看了gamess的manual，def2tzvp算外部基组对吧？

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-4 14:16
本帖最后由 zjxitcc 于 2022-11-4 14:21 编辑

413 发表于 2022-11-4 09:12
我测试了两个水的结构
如果直接写入accd基组，不读入轨道，可以正常结束。
如果用fchk转出来的def2tzvp ...

（1）fch2inp小程序传轨道适用于通常的单点计算（HF/DFT/CASSCF等，传一套轨道），不适合于GKS-EDA（复合型任务）。后者要传多套轨道，光靠fch2inp是不行的，加MOREAD也没用，需要使用MOKIT里的frag_guess_wfn小程序，看此文《GKS-EDA计算简介》中的第3节。
（2）据我所知GAMESS不直接支持def2tzvp基组，程序内置的KTZV/KTZVP/KTZVPP是def2系列，但并不直接等价于def2ZTVP。（恰如同内置的ccd基组对所有元素并不全是cc-pVDZ）

作者
Author: 413 时间: 2022-11-4 15:37

zjxitcc 发表于 2022-11-4 14:16
（1）fch2inp小程序传轨道适用于通常的单点计算（HF/DFT/CASSCF等，传一套轨道），不适合于GKS-EDA（复合 ...

一直报错，gaussian路径应该没有问题

ERROR in subroutine get_gau_path: no ':' symbol found in gau_path=/public/home/users/g09
This error often occurs when your machine has no (or has incorrect) Gaussian
environment variables. Here I offer a correct example:
---------------------------------------------
export g16root=/opt
source $g16root/g16/bsd/g16.profile
export GAUSS_SCRDIR=/scratch/$USER/gaussian
---------------------------------------------
Please check your Gaussian environment variables according to the example shown above.
Also note: DO NOT write 'export GAUSS_EXEDIR', it is useless.

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-4 15:44

413 发表于 2022-11-4 15:37
一直报错，gaussian路径应该没有问题

ERROR in subroutine get_gau_path: no ':' symbol found in gau ...

你用的是很旧的MOKIT吧？现在已经更新到v1.2.5，11月3号了

作者
Author: 413 时间: 2022-11-4 15:50

zjxitcc 发表于 2022-11-4 15:44
你用的是很旧的MOKIT吧？现在已经更新到v1.2.5，11月3号了

我重新下载下试试。谢谢哈

作者
Author: 413 时间: 2022-11-10 23:55
本帖最后由 413 于 2022-11-11 00:10 编辑

zjxitcc 发表于 2022-11-4 15:44
你用的是很旧的MOKIT吧？现在已经更新到v1.2.5，11月3号了

更新：
gamess需要输入相对原子质量。我在第一遍时，没加这个，所以报错。

————————————————————————
请问这是个啥错误？我在MATOM里面写的是整数啊

THE POINT GROUP OF THE MOLECULE IS C1
THE ORDER OF THE PRINCIPAL AXIS IS 1
DFT GRIDS ARE AVAILABLE ONLY FOR INTEGER ATOMIC
NUMBERS, SO -SPARKLES- ARE NOT ALLOWED.
EXECUTION OF GAMESS TERMINATED -ABNORMALLY

作者
Author: zjxitcc 时间: 2022-11-11 02:12

413 发表于 2022-11-10 23:55
更新：
gamess需要输入相对原子质量。我在第一遍时，没加这个，所以报错。

你这是自己写的输入文件吧，跟MOKIT或frag_guess_wfn有什么关系么？

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