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标题: 有关氮气的拓扑结构问题 [打印本页]

作者
Author: MZTNXWXBCLA 时间: 2022-10-31 15:53
标题: 有关氮气的拓扑结构问题
如题，我想用GROMACS得出一个OPLS-AA力场下的C7H16-N2体系的二元扩散系数，C7H16的拓扑结构我是直接把高斯优化好的结构靠LigParGen弄出来的，那N2不是有机分子的话，是需要自己写一个.itp文件吗，请问写的时候除了基本的atoms，bonds，angles。还有什么需要注意的呢

作者
Author: sobereva 时间: 2022-10-31 16:07
N2有专门优化的力场参数，不要用ligarpgen之类普适性拓扑文件构建程序去弄拓扑文件。这就跟水分子一样，都是用文献里现成的专一性的力场参数。

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