计算化学公社

标题: 审稿意见中关于分子动力学模拟中的控温方法该如何回复？ [打印本页]

作者
Author: 418086011 时间: 2022-10-31 16:50
标题: 审稿意见中关于分子动力学模拟中的控温方法该如何回复？
最近用gromacs做分子动力学模拟，过程中始终用Nosé-Hoover thermostat控温。审稿人提到：The use of a global thermostat means instantaneous dissipation of the latest heat, and this is not considered.请问是什么意思？该如何回复？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 05:41
先交代清楚自己模拟的是什么
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）

作者
Author: 418086011 时间: 2022-11-1 09:10

sobereva 发表于 2022-11-1 05:41
先交代清楚自己模拟的是什么
仔细看
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清 ...

抱歉，是模拟的铁表面上甲烷水合物的成核过程，水用的是TIP4P/ICE，甲烷用的联合原子，铁的nonbond参数取自文献。审稿人的这个问题不太清楚是什么意思，该如何回答：The use of a global thermostat means instantaneous dissipation of the latest heat, and this is not considered.

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2022-11-1 13:44
首先Nosé-Hoover热浴就不是global thermostat，通常认为是local thermostat
给你两页PPT看下
(, 下载次数 Times of downloads: 10)
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作者
Author: 418086011 时间: 2022-11-1 14:03

喵星大佬发表于 2022-11-1 13:44
首先Nosé-Hoover热浴就不是global thermostat，通常认为是local thermostat
给你两页PPT看下

非常感谢

。审稿人所说的instantaneous dissipation of the latest heat是什么意思啊？算法的具体细节我不太懂

作者
Author: meneshail 时间: 2022-11-1 17:34

418086011 发表于 2022-11-1 14:03
非常感谢。审稿人所说的instantaneous dissipation of the latest heat是什么意思啊？算法的具 ...

个人理解，Berendsen和V-Rescale这类控温手段都是基于当前的温度对所有分子的速度进行全局的rescale，因此可以认为局部的热量被瞬时扩散到整体了，也就是审稿人的说法。我不是很清楚Nosé-Hoover控温的算法原理，但是如果如4L所说可以被认为是local thermostat的话，仅凭这点就可以直接argue回去

作者
Author: 418086011 时间: 2022-11-1 21:15

meneshail 发表于 2022-11-1 17:34
个人理解，Berendsen和V-Rescale这类控温手段都是基于当前的温度对所有分子的速度进行全局的rescale，因 ...

感谢！还是委婉也回复他吧

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-2 07:26
顺带一提，热浴是不是global也不完全是看热浴，还看程序设置/实现
比如CP2K里用热浴时&THERMOSTAT \ &REGION可以控制热浴的耦合对象，如果用MASSIVE就是作用到每个自由度上

作者
Author: 418086011 时间: 2022-11-2 10:22

sobereva 发表于 2022-11-2 07:26
顺带一提，热浴是不是global也不完全是看热浴，还看程序设置/实现
比如CP2K里用热浴时&THERMOSTAT \ &REGI ...

谢谢社长！

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