计算化学公社

标题: 如何用gromacs计算油水界面中吸附的表活剂的面积 [打印本页]

作者
Author: Jus 时间: 2022-10-31 18:46
标题: 如何用gromacs计算油水界面中吸附的表活剂的面积
本帖最后由 Jus 于 2022-11-1 19:42 编辑

平衡后表活剂夹在油水界面之间，想要计算吸附在油水界面间的表活剂的面积，应该如何操作，谢谢各位大佬的指导 (, 下载次数 Times of downloads: 8)

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 05:34
贴个当前模拟得到的结构图，标清楚图里各个部分，这样才好回答

作者
Author: Jus 时间: 2022-11-1 14:44

sobereva 发表于 2022-11-1 05:34
贴个当前模拟得到的结构图，标清楚图里各个部分，这样才好回答

sob老师好，我上传了图片，这是一个油-表-水-表-油的平衡体系，表活剂的亲油基和亲水基已经分别与油、水界面吸附了，我想算油水界面间表活剂的面积，谢谢sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-2 08:18
如果是指表面活性剂占的截面的面积，我看你截图里表面活性剂已经铺满一层了，就等同于盒子截面面积了，用盒子两个方向尺寸相乘就得到了

作者
Author: Jus 时间: 2022-12-5 16:42

sobereva 发表于 2022-11-2 08:18
如果是指表面活性剂占的截面的面积，我看你截图里表面活性剂已经铺满一层了，就等同于盒子截面面积了，用盒 ...

sob老师好，我是想考察表活剂的吸附性，该表活剂一头有亲油基、另一头有亲水基，想看看它吸附后表活剂亲水的表面积和亲油的表面积各是多少，如果用gmx sasa计算的话我输入的命令该是什么样的呢。谢谢sob老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2022-12-6 08:09

Jus 发表于 2022-12-5 16:42
sob老师好，我是想考察表活剂的吸附性，该表活剂一头有亲油基、另一头有亲水基，想看看它吸附后表活剂亲 ...

结合实际情况举一反三

(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: Jus 时间: 2022-12-6 17:33

sobereva 发表于 2022-12-6 08:09
结合实际情况举一反三

好的，谢谢sob老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)