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标题: 做小分子NVT的时候出错求助 [打印本页]

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Author: ZHIMING123 时间: 2022-10-31 22:31
标题: 做小分子NVT的时候出错求助
进行到NVT这部分了，然后报错如图，我用另一个配体跑没报错，也就是这个配体有问题，但不知道哪里有问题？如何解决问题？优化这个配体用什么？希望老师们赐教，谢谢。配体pdb在附件

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Author: sobereva 时间: 2022-11-1 05:26
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “NVT 小分子处理” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

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Author: sobereva 时间: 2022-11-1 05:26
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

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Author: ZHIMING123 时间: 2022-11-1 14:38

sobereva 发表于 2022-11-1 05:26
http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

你好，老师，想问下您有无单个小分子的动力学教程？我看官网是水中蛋白的，我想只跑一个小分子。

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 15:32

ZHIMING123 发表于 2022-11-1 14:38
你好，老师，想问下您有无单个小分子的动力学教程？我看官网是水中蛋白的，我想只跑一个小分子。

把其它部分都去了就完了

如果对拓扑文件的概念一塌糊涂，连这都不知道怎么正确处理，建议参加北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html）系统性学一遍，就全明白了

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