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标题: 求助，跑金板与蛋白质相互作用，金板为何形成团簇 [打印本页]

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Author: qingqingdong 时间: 2022-11-1 09:29
标题: 求助，跑金板与蛋白质相互作用，金板为何形成团簇
想做一下蛋白质在金板上的吸附，理想状态是金板保持形态不动，蛋白质运动逐渐吸附，但是我跑完最小化之后金板就不是整齐的的了，在分子动力学的时候逐渐团成一团，这是为何呢？下面是我的配置文件

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## ADJUSTABLE PARAMETERS                                  ##
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structure       E:/S/Au/1BA4-SL/1ba4-sl.psf
coordinates       E:/S/Au/1BA4-SL/1ba4-sl.pdb

set temperature 310
set outputname    1ba4-sl

firsttimestep    0

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## SIMULATION PARAMETERS                                  ##
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# Input
paraTypeCharmm       on
parameters       E:/S/Au/par_all27_prot_lipid.inp
temperature       $temperature

# Force-Field Parameters
exclude          scaled1-4
1-4scaling       1.0
cutoff             12.0
switching          on
switchdist       10.0
pairlistdist       14.0

# Integrator Parameters
timestep          2.0  ;# 2fs/step
rigidBonds       all  ;# needed for 2fs steps
nonbondedFreq    1
fullElectFrequency  2
stepspercycle    10

# Constant Temperature Control
langevin          on ;# do langevin dynamics
langevinDamping    1    ;# damping coefficient (gamma) of 1/ps
langevinTemp       $temperature
langevinHydrogen off ;# don't couple langevin bath to hydrogens

# Periodic Boundary Conditions
cellBasisVector1 71.391    0       0.0
cellBasisVector2    0.0    52.756       0.0
cellBasisVector3    0.0    0       44.457
cellOrigin       10.1059 10.0712  -4.2650

wrapAll          on

# PME (for full-system periodic electrostatics)
PME                yes
PMEGridSpacing    1.0

#manual grid definition
#PMEGridSizeX       90
#PMEGridSizeY       64
#PMEGridSizeZ       64

# Constant Pressure Control (variable volume)
useGroupPressure    yes ;# needed for rigidBonds
useFlexibleCell    no
useConstantArea    no

langevinPiston       on
langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod  100.0
langevinPistonDecay 50.0
langevinPistonTemp $temperature

# Output
outputName       $outputname

restartfreq       2000    ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq          2000
xstFreq          2000
outputEnergies    2000
outputPressure    2000

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## EXTRA PARAMETERS                                     ##
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## EXECUTION SCRIPT                                     ##
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# Minimization
minimize          6000
reinitvels       $temperature

run 1000000 ;# 1ns

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