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标题: 请问肽和小分子模拟过程中配体的C=O和-OH这两个键总是纠缠到一起怎么办？ [打印本页]

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Author: Yothy 时间: 2022-11-1 09:40
标题: 请问肽和小分子模拟过程中配体的C=O和-OH这两个键总是纠缠到一起怎么办？
本帖最后由 Yothy 于 2022-11-1 14:39 编辑

初学者菜鸟，向各位老师请教。1.我尝试跑一个有机小分子和一条肽链的时候，小分子上有一个碳氧双键（-C=O）和羟基(-OH)在空间上邻近，在跑最后一步md的时候，这两个键会发生错误的结合纠缠（图1），我重新能量最小化并且将emtol值设为50，把nvt，npt和md的步长都设为1fs后，有时能完整跑完100ns，但在条件不变（只改变步数）的情况下还是会发生这样的错误，报错如图2所示（会产生很多类似LINCS WARNING），附件是我的mdp文件，请问这种情况该如何解决?
2.我在跑了100ns后小分子和肽还是结合的，但是再续跑100ns二者就分开了（图3），是否说明该小分子和肽无法结合？模拟过程中配体和蛋白分开是否说明二者不结合？

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Author: 喵星大佬 时间: 2022-11-1 13:40
检查小分子的拓扑文件

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Author: Yothy 时间: 2022-11-1 14:38

喵星大佬发表于 2022-11-1 13:40
检查小分子的拓扑文件

请问怎么检查呀，我仔细看了好像没什么问题这两个键中的氧原子也没有连在一起。（附上了itp文件和主top文件。）

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 15:59
1 如果你是模拟中性水环境中的蛋白质，注意羧基应当去质子化。
如果你就是要模拟COOH，而且模拟过程中你发现O...O距离明显不在合理范畴，说明当前此基团牵扯的参数或者拓扑信息有问题。注意看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8里的相关文字。

2 谈谈分子动力学模拟蛋白-配体复合物过程中配体发生脱离的原因
http://sobereva.com/632（http://bbs.keinsci.com/thread-27434-1-1.html）

作者
Author: Yothy 时间: 2022-11-1 19:22

sobereva 发表于 2022-11-1 15:59
1 如果你是模拟中性水环境中的蛋白质，注意羧基应当去质子化。
如果你就是要模拟COOH，而且模拟过程中你发 ...

好的好的，十分感谢老师的回复

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