计算化学公社

标题: 求助freq计算内存不足 [打印本页]

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lr8616    时间: 2022-11-1 10:53
标题: 求助freq计算内存不足
请教各位老师:
用wb97xd/def2svp对有330个原子的分子进行频率分析,最后出现错误:

Erroneous write. Write -1 instead of 454271304.
fd = 4
orig len = 454348224 left = 454271304
g_write


查了论坛的帖子是硬盘的临时文件夹写满了,我输入文件中写的%mem是100GB,查了高斯临时文件夹中产生的rwf文件是331GB,不太明白他们之间是什么关系呀?还想请教老师们该怎么合理的设置?图中是我用的服务器的top命令查询结果,还请各位大大指点! (, 下载次数 Times of downloads: 12)

频率计算的输入输出文件也已上传,万分感谢!! (, 下载次数 Times of downloads: 5) (, 下载次数 Times of downloads: 1)

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xuhj199508    时间: 2022-11-1 11:22
用df -h命令检查硬盘读写是否已满?
如果是硬盘不够,建议加硬盘或者用ORCA尝试。参考http://bbs.keinsci.com/thread-20717-1-1.html
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lr8616    时间: 2022-11-1 11:33
xuhj199508 发表于 2022-11-1 11:22
用df -h命令检查硬盘读写是否已满?
如果是硬盘不够,建议加硬盘或者用ORCA尝试。参考http://bbs.keinsci. ...

谢谢您的回复,查了df -h,centos-share是满的,不知道是啥意思? (, 下载次数 Times of downloads: 14)
是需要清理这个文件夹了吗?

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七尺贱    时间: 2022-11-1 11:42
%mem=100GB是你给的内存,freq比较吃硬盘容量,你这个应该是硬盘空间满了,你可以将Gaussian放缓存文件的scratch目录清理一下
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lr8616    时间: 2022-11-1 11:51
七尺贱 发表于 2022-11-1 11:42
%mem=100GB是你给的内存,freq比较吃硬盘容量,你这个应该是硬盘空间满了,你可以将Gaussian放缓存文件的sc ...

我在提交任务之前清空了scratch目录,然后同时提交了两个freq文件,查看了一下产生的rwf文件一个五百多G,一个三百多G。。
还想请教一下%mem给的内存是什么用处?是不是我这个问题是硬盘存不下rwf文件了,不是给的内存不够呀?
作者
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lr8616    时间: 2022-11-1 12:37
jitou11 发表于 2022-11-1 11:57
内存和硬盘分不清是很经典的问题。

确实是,还请大佬指教
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sobereva    时间: 2022-11-1 15:46
lr8616 发表于 2022-11-1 12:37
确实是,还请大佬指教

内存和硬盘的关系是初中程度的信息技术知识
不具备计算机常识就先去google了解点最基本的硬件知识再说。本论坛不是科普计算化学范畴以外的常识性知识的地方。

(, 下载次数 Times of downloads: 13)


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lr8616    时间: 2022-11-1 18:00
sobereva 发表于 2022-11-1 15:46
内存和硬盘的关系是初中程度的信息技术知识
不具备计算机常识就先去google了解点最基本的硬件知识再说。 ...

谢谢卢老师!还想请问一下对于330个原子的分子用wb97xd/def2svp做频率分析是否可以?还是用b3lyp/6-31G*呢?是不是不能再降低计算级别了?
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sobereva    时间: 2022-11-2 08:19
lr8616 发表于 2022-11-1 18:00
谢谢卢老师!还想请问一下对于330个原子的分子用wb97xd/def2svp做频率分析是否可以?还是用b3lyp/6-31G* ...

用B3LYP比wB97XD便宜得多
6-31G*比def2-SVP略便宜,因为不带氢的极化
如果分子内弱相互作用对体系构象影响大,记得B3LYP加D3校正,见下文
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html

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lr8616    时间: 2022-11-2 10:29
sobereva 发表于 2022-11-2 08:19
用B3LYP比wB97XD便宜得多
6-31G*比def2-SVP略便宜,因为不带氢的极化
如果分子内弱相互作用对体系构象 ...

感谢卢老师!




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