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标题: 求助：PBS提交VASP效率异常变低 [打印本页]

作者
Author: 含光君 时间: 2022-11-1 12:36
标题: 求助：PBS提交VASP效率异常变低
本帖最后由含光君于 2022-11-1 12:45 编辑

各位老师好：
最近我在编译VASP 6.3.0+vaspsol+VTST完毕后，运行make test可正常结束。vaspsol与VTST功能均可正常实现。但实际使用时发现，若使用PBS提交任务（调用56核），计算效率奇慢无比，大概几十分钟一个电子步。而用 mpirun -np 56 vasp_std 在终端提交时，计算效率又很正常。（注：使用的机器为56核，超线程开启）

PBS提交脚本：

#!/bin/sh
#ulimit -s unlimited
#PBS -l nodes=1:ppn=56
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 56 vasp_std > run.log

复制代码

分别用top查看两种不同方式提交任务后的进程信息，发现使用队列提交时，56个进程cpu使用率超过了100%，但总cpu占用率却不到50%。而mpirun命令行提交则进程负载较为正常。如图：

qsub提交：
(, 下载次数 Times of downloads: 13)

mpirun提交：
(, 下载次数 Times of downloads: 12)

重新编译了不带vaspsol和VTST的版本后此问题依然不能消除，并且队列系统提交其他程序的任务也无异常。因此可能是编译VASP本身过程中存在一定问题，编译过程参考了sob老师写的《VASP最简单的安装方法》博文（http://sobereva.com/455），但排查了几天没有头绪，请各位老师指点！

附件为本人编译的过程笔记： (, 下载次数 Times of downloads: 13)

作者
Author: 万里云 时间: 2022-11-1 15:06
这种每个进程CPU占用超过100%的，一般是编译时开了OpenMP，又没有正确设置线程数。

在脚本里把OMP_NUM_THREADS和MKL_NUM_THREADS设置成1试试。

作者
Author: 含光君 时间: 2022-11-1 15:40

万里云发表于 2022-11-1 15:06
这种每个进程CPU占用超过100%的，一般是编译时开了OpenMP，又没有正确设置线程数。

在脚本里把OMP_NUM_T ...

谢谢解答！我去尝试一下！

作者
Author: abin 时间: 2022-11-1 16:12
又是一个超线程受害者。
要么合理配置调度器，
要么关闭超线程。

作者
Author: 含光君 时间: 2022-11-1 21:57
2楼正解！

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