计算化学公社

标题: openbabel转化xyz文件报警会不会影响结果文件 [打印本页]

作者
Author:
GHL    时间: 2022-11-1 12:50
标题: openbabel转化xyz文件报警会不会影响结果文件
采用openbabel将pdb文件转化为xyz文件,转化成功,但是末尾会出现报警信息Open Babel Warning  in OpenBabel::parseAtomRecord
  WARNING: Problems reading a PDB file
  Problems reading a HETATM or ATOM record.
  According to the PDB specification,
  columns 77-78 should contain the element symbol of an atom.
  but OpenBabel found 'H ' (atom 29)
1 molecule converted

  或者

Open Babel Warning  in OpenBabel::OBMol::PerceiveBondOrders
  Failed to kekulize aromatic bonds in OBMol::PerceiveBondOrders (title is Dp.pdb)


作者
Author:
sobereva    时间: 2022-11-1 15:39
转出来的文件正常就行了,不用管
如果真碰上转出来的xyz文件有问题,仔细检查pdb文件本身是否格式有毛病,或者尝试用Multiwfn等其它程序转换。
作者
Author:
GHL    时间: 2022-11-1 19:15
sobereva 发表于 2022-11-1 15:39
转出来的文件正常就行了,不用管
如果真碰上转出来的xyz文件有问题,仔细检查pdb文件本身是否格式有毛病, ...

结构并没有什么问题,就是会像上面的一样报警提示




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