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标题: 关于gentor生成构象，可不可以先优化一部分问题 [打印本页]

作者
Author: GHL 时间: 2022-11-1 14:33
标题: 关于gentor生成构象，可不可以先优化一部分问题
已经成功的进行构象搜索了，苷元已经找到合适的构象，但是自己本身还需要计算苷元连接糖苷的结构，文献中大多数均计算的苷元，理由是糖苷对其电子分布影响小，
但是对比同一苷元连接不同糖苷，进行构象搜索。如果考虑分子键的扭转，产生的候选目标就大大增加，可不可以先单纯计算不同糖苷，优化结构后在将其看作一个原子，再对整体的分子进行构象搜索？
这个是本身自己猜想的，不知道是否合理？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-1 15:43
行不通。分子内相互作用会对糖苷的构象产生不可忽视的影响

作者
Author: GHL 时间: 2022-11-1 19:13

sobereva 发表于 2022-11-1 15:43
行不通。分子内相互作用会对糖苷的构象产生不可忽视的影响

大佬，那如果考虑糖苷的话，构象会更多是吗？关于键的旋转，之前设置的是每120，那如果设置每180，会不会有很大影响？

作者
Author: sobereva 时间: 2022-11-2 08:22

GHL 发表于 2022-11-1 19:13
大佬，那如果考虑糖苷的话，构象会更多是吗？关于键的旋转，之前设置的是每120，那如果设置每180，会不会 ...

是

我之前说过，要对一个键旋转360度过程中出现多少个极小点大致心里有数，这属于基本常识知识

例如丁烷中间二面角旋转过程的势能曲线
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显然转这个键就应当每120度转一次，molclus依次优化后才可能三个极小点都得到

作者
Author: GHL 时间: 2022-11-2 09:25

sobereva 发表于 2022-11-2 08:22
是

我之前说过，要对一个键旋转360度过程中出现多少个极小点大致心里有数，这属于基本常识知识

谢谢，sobereva 老师的指导

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