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标题: lammps做npt弛豫时得到密度收敛与实际差距过大，求教 [打印本页]

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Author: Even 时间: 2022-11-1 14:55
标题: lammps做npt弛豫时得到密度收敛与实际差距过大，求教
本人是第一次接触分子动力学模拟，有很多问题不甚了解，还请不吝赐教。
要做的是对聚合物晶体进行动力学模拟计算介电常数，选择的体系是聚环氧乙烷，根据文献内容要先进行弛豫使密度合理，但是在轨迹文件中看到有明显的体积膨胀现象，按照这篇帖子里求助：EM后的NPT出现较大的真空区，如何调整mdp参数 - 分子模拟 (Molecular Modeling) - 计算化学公社 (keinsci.com)的说法，我认为是存在未消除的真空区，于是在液态下跑了足够长的时间，最后得到的密度与实际还是差太多。
data文件是用xtb进行构象搜索得到的能量较低的聚合物晶体的arc文件在MS上附加pcff力场得到的。
我有以下几个疑问：
1.在用fix npt命令进行npt弛豫时，能否直接通过改变参数模拟变温和变压的过程？我看有说npt默认的Nose-Hoover热浴不太适合做变温过程，想请教一下该怎么抉择？
2.在阅读log文件时发现了两个很奇怪的问题，一是初始结构的PotEng列与E_pair列数值都较大，请问这个是建模方式或势函数选择不合理造成的吗？该选择什么样的势函数和建模方式呢？二是在Press一列上我有看到负数压力，压力出现负数的原因是什么呢？
3.如果我直接对体系进行nvt弛豫，得到的结果是否具有参考价值？请问该如何根据体系选择系综呢？
附上in文件、data文件、log文件、dump文件的压缩包。

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